遇难者多为粤军战俘
仙鹤门一带是日军从东边进攻南京城的主要战场之一。在这里，中国守军的将士与侵华日军第十六师团发生过非常惨烈的交战。
根据典籍记录和仙鹤门附近老人的回忆，仙鹤门附近“万人坑”内，埋的应该多数是抗战的士兵，抗战中被日军包围无奈放下武器的官兵，而这些手无寸铁的俘虏，无疑遭到了侵华日军的集中屠杀。
1937年12月初，在日军炮火猛烈轰击和飞机狂轰滥炸下，中国守军官兵在南京外围汤山、龙潭、淳化与敌搏击数日，12月8日，汤山、龙潭防线被攻陷后，中国守军官兵向南京城下溃退。
日军第十六师团沿沪宁铁路、沪杭公路经龙潭—栖霞—尧化，一部沿汤山—索墅—麒麟门，一部沿汤山—索墅—光华门—中华门等线多头向南京城进逼。在飞机、装甲车的掩护下，一路上以放火为号，到一村烧一村。
12月12日晚，守城中国军队奉命突围，第六十六军与第八十三军就是从这里杀出一条血路冲出去的。
《侵华日军南京大屠杀档案》记载，第六十六军与第八十三军由太平门集结出发，计划经汤水、句容向宁国附近集中。13日拂晓，于仙鹤门“与敌遭遇，发生激战，我军奋勇前冲锋，将敌击退”，毙敌兵三四百名，敌骑五六十匹，毁敌炮2门，不断与日军展开血拼。其后，越过京芜铁路继续南下，在空山、狮子山一带，又“与步炮空联合约四五千之敌遭遇，发生激战，屡围屡攻，再三肉搏，牺牲壮烈”，毙敌千余，毁敌炮数门、战车3辆、铁甲车1辆、汽车2辆。(1) 突围战中，中国部队遭到了重大伤亡，仅第六十六军（当时约有7000人）在这场战斗中损失约3000人。在南京守军的撤退中，只有第六十六军与第八十三军，是杀开血路，成功突围的。
参加此次遭遇战的日军炮兵中尉泽田正久事后也回忆说：“13日夜，在城外的仙鹤门镇，友军骑兵部队遭到了保卫首都敢死队约一万人的大规模袭击。”
12月13日凌晨，日军攻陷南京城。
被俘的官兵和被抓来的无辜市民遭到残忍的报复，日军将国民党兵用铁丝、绳索一个一个串起来，押到附近的池塘和低洼农田，分割圈禁起来。
被日军集体枪杀的中国俘虏的尸体堆积如山
连续数日，马群镇至仙鹤门一带枪声不绝于耳。嚎叫声、叫骂声混成一片……在敌指挥官的命令下，7000余名放下武器的士兵和青壮年无助地倒在血泊中，血流成河，惨不忍睹。
次年初夏时分，仙鹤门一带的麦田里还有大批年前大屠杀时留下的遇难者尸体，腐臭难闻。陆续返乡的村民们自发地组织起来收集腐尸，有的尸体仅存残缺的骨骼，也被就地集中掩埋。