红卍字会在难民区成立了掩埋组
由于要举行入城仪式，日本大使馆特务安村三郎找到安全区国际委员会，要求他们迅速组织清理马路上的尸体。自1937年12月22日起，世界红卍字会南京分会在难民区成立了掩埋组，开始从事收埋尸体工作。
世界红卍字会总会1922年设立于北京，最早的领导人是前清道台杜秉寅，后为徐世光、熊希龄、王正延等人。在全国各省市共设分会、支会300余个，互为平行关系，均直属总会领导。南京及其近郊设有南京分会、南京下关分会、八卦洲分会、上新河分会等数家。南京分会成立于1923年，会址设在小火瓦巷24号，会长由陶锡三担任。该会设董事长1人，副董事长2人，常务董事5—6人，均由会员大会推举，下设总务、储计、防灾、救济、慈业、交际等6股。在1938年5月18日填报的一份《南京红卍字会难民区办事处员夫名册》中，“会长”项下依次并列陈冠麟、许定一（别名澄之，即许传音）、杜肖岗三人。
入土为安是国人对丧葬的重要礼仪。
参加收埋尸体者，着深蓝色褂或背心，其前胸后背都印有白底红十字，或佩戴特制袖章；后来埋尸体人多了，来不及制作衣服，便以袖章为记。由于红卍字会的埋尸活动可以帮助日伪当局整理市容、清扫卫生，从而也使得日军大屠杀的罪证不再继续公开暴露于市井，因而得到了日军的同意和批准。
尽管掩埋队不断雇用人员，夜以继日地工作，但大街小巷和马路上的尸体太多了，根本来不及掩埋。而日军司令部催促“恢复交通”的命令一个接着一个。只好将死人一个接着一个地叠起来。先从马路上抬到巷子里，沿着墙壁往上垛，野狗、野猫和老鼠在尸堆中觅食做窝。一到夜间，犬吠猫叫，阴风凄凄。
掩埋尸体不仅量大面广，而且每天都要忍受着心灵的折磨和煎熬。
当年17岁的南京红卍字会的掩埋队员左润德在接受作家徐志耕采访时说：
我收尸都在城南，这一带有100多。破肚拖肠的看得多了，中华门、光华门到处都是。一辆车上三个人，两个小工，收一个记一个。一具死尸一张席子两报绳，一卷一扎就完了。江东桥是国民党军队撤退时修的。日本兵过河，就用尸体填。汽车一开，往下塌，又加上土。桥下全是尸体，数不清妇女是最惨的，大多是被强奸以后杀死的。评事街一条巷子里面有一个女尸，被日本兵四肢捆在床上，下身塞着一个“正广和”的汽水瓶。我给她解开了手脚，我哭了。(2)
尸体有的在防空壕里，有的在路边，有的在家里堂屋，有的还在床上，大多是被枪打死的，有的是被刀刺死的，许多泡在水里的尸体不成个儿了，一钩，膀子、腿掉了……
世界红卍字会南京分会又称万国红卍字会、南京红卍字会。在该会于1945年呈报的《民国二十六年至三十四年慈善工作报告书》中称：“自二十六年12月13日南京沦陷以后，城内外被敌日残戮之军民，遗尸遍地，臭气熏天，既碍卫生，又违人道，得敌日之商许，及沪会援助，扩永久掩埋组，增派员夫达600名，分配城郊各处，逐日从事掩埋。惟原存棺木千具已罄，改用芦席包裹，撒以石灰漂粉消毒，分区丛葬，共计义冢70丘，掩埋尸体43121具，历4月之久工作完竣。斯为世界红十字会有史以来掩埋工作之最大记录。”(3)
由于遇难者众多，许多尸体无法就地掩埋，后来掩埋队选中了中华门外普德寺附近的低洼处作为新的掩埋地。1937年12月22日，在此葬280具，12月28日葬6468具，以后又陆续在掩埋。
根据档案记载，当时的慈善机构在江边收集了很多尸体，然后就用卡车一车一车运送到普德寺这一带埋掉。但是，他们为什么要纵穿南京城，将遇难同胞的尸体从城北运到城南来呢？
通过查看民国时期的地图，我们看到，民国时期普德寺一带人烟相对稀少，有大片的山地洼塘，可能是掩埋尸体比较方便，才会有这么多全城各处运来的尸体。除了普德寺一带的尸体外，埋葬的近万具遇难同胞尸体，应该来自南京城的许多地方，甚至从城北长江边运送过来。
据世界红卍字会南京分会统计，该会12月22日开始，第一天在清凉山埋葬尸体129具，在中华门外望江矶等处埋葬尸体650具。12月28日，一次收殓6468具，埋葬在中华门外普德寺，后来逐渐增加到9721具。工作陆续做到第二年夏天还没有完结，到10月底，才把数字做一总结，共埋葬男女尸体43071具。对照该会战后呈送审判战犯军事法庭的统计表，其数字稍有出入。经逐一核正，自1937年12月22日至1938年10月30日的10个月中，共在城内收埋尸体1793具，其中男尸1759具，女尸8具，孩尸26具；在城内外收埋尸体葬于城外者41330具，其中男尸41235具，女尸75具，孩尸20具；总计收埋尸体43123具。
曾参加世界红卍字会南京分会尸体掩埋的高瑞玉悲愤地对徐志耕说：“雨花台的坟山都是我埋的，现在还在嘛，那地方以前叫宪兵操场。一个坟山埋千把人，你算算，百十米长，3米深，一个人宽，10个人一垛，正好1000人一个坑。我们那个队埋了1个大坟、2个小坟，有1个小坟堆埋的是女尸。每天早上去，晚上回来，我们队有4部车子，工人不少是从江北招来的。收尸的满城都收，汽车上有白布红卍字旗子，坟山埋人时也插上卍字旗。我们埋了几个月。我管埋尸的，每天埋了多少，用自来水笔记下，回来报告给账房。账房叫周建玄，大个子，胖胖的，今年活着的话有90多岁了。”
据当事人回忆，由于尸体太多，许多尸体残缺不全，衣衫不整，有的泡在水中，腐败变形……他们先挖好坑，坑上架着跳板，拉尸车一来，钩子钩，芦席卷，10个一排垛起来，一排一排垛过去，上面堆上土。有时候日本兵也有来帮忙掩埋的，是工兵部队，人不多。他们胆子大，在尸体身上到处摸，摸出手表、钢笔、金戒指、大洋、钞票，都往腰包里装，发了死人财。人死了，本来要烧纸钱，给他们到阴间里用。日本人连阴间的钱也不给他们带到地下去。人烂了，死尸身上的银洋钱变成黑色，钞票颜色淡了，还有一股臭味……
1945年2月6日下午2时，在南京中山东路励志社国防部审判战犯军事法庭审判谷寿夫时，当宪兵们把一袋又一袋从中华门外发掘的人头骨倒在长桌上，全场沸腾了，红卍字会副会长许传音历数了他目击的日军罪行。他说：“红卍字会统计的埋尸4万余具，实际数字远远超过，因为日军不准我们正式统计。”