难民区内的疯狂“扫荡”
占领下关的几路日军对江上、江岸上的军民毫无人性地枪杀之后，又返回主城区内进行“扫荡”。他们肆意闯入机关、民宅、学校和难民区，毫无顾忌地进行强奸、杀人、掠夺、放火，将从各处搜查出来的“军人”集中起来押到江边进行集体屠杀。
中山北路一带难民所比较集中，主要有交通部、小桃园南京语言学校、金陵大学附中、华侨招待所、司法部、金陵大学蚕桑系、金陵大学图书馆、山西路小学、金陵大学宿舍等。从12月14日起，日军中岛部队反复进入这一带难民区“扫荡”，先后搜查出上万名放下武器的国民党士兵及平民，押到中山码头附近先后遭到屠杀。
日本无条件投降后，1946年1月19日，远东国际军事法庭在日本东京成立，开始对第二次世界大战中日本首要甲级战犯进行国际大审判。1946年4月8日到1949年2月5日，国民政府在上海、南京、广州、北平、徐州、汉口、沈阳、济南、太原和台北等10个地方设立了军事法庭。
国民政府还都南京的当天，蒋介石即发表公告，号召市民用信函的形式，向政府陈述南京大屠杀及其他日军暴行信息及证据。同时，国民政府先后成立“南京调查敌人罪行委员会”“南京市抗战损失委员会”“南京大屠杀案敌人罪行调查委员会”3个调查机构，为东京和南京军事法庭提供证据。这批保存完整的资料，经中国第二历史档案馆、南京市档案馆和“南京大屠杀”史料编纂委员共同努力，由江苏古籍出版社于1987年11月出版，记录和保存了受害者在中山码头日军集体屠杀中的斑斑血泪……
1945年12月22日，时年63岁、住在集庆路160号的徐康氏，其39岁的儿子在这次屠杀中遇难。在呈文中，她说：“……长子徐文鑫，今年39年（岁），煤炭界为业，事变时服务于本京东关头久孚煤炭厂副经理之职。不幸国难当头，敌入侵我国土，是以上海事变，敌人终于二十六年农历冬月十一日沦陷我首都。当时氏夫率领全家避居于难民区内，居住大方巷兵工署内一小房中，连同氏子、店中同事共有20余人。不想敌人入城后，奸淫妇女，屠杀良民，实为惨无人道。敌人于次日，即声言检查中国兵为题，搜索青年。搜至氏之房屋中，将氏子及其同事三人强说是中国兵，氏情急之下奋不顾身，即率领七岁、三岁二孙女跪地哀求，不意敌人兽性大发，不容辩诉，即行带走。全楼中共搜去二百余人，无有下落。约一星期后，有隔房居住之张有仁逃回，言说所被搜去之人次日用汽车装至下关中山码头，当时就拣下十余人，余者完全用机枪扫射后将尸身推入江中，所拣下之人用原车装回中岛部队，留作奴役，本人逞（趁）夜间跳墙逃回。氏闻言之下心甚惨痛，即率领儿媳、孙女向国际委员会投救，承蒙派员调查确实，恳为救济……” (4)
杨绍荣也是幸存者之一。他出生于1912年，镇江人，是家中的长子。1937年10月奉命参加南京保卫战的军队路过他家乡时，要求村中的青年去当兵。村里青年谁也不愿意去，保长决定用抽签的办法决定谁家男孩去当兵。三次抽签过后，他家都没有投到写着“去”的纸片。碰巧，他的邻居家抽到“去”后，男孩却跑了。保长只好又到他家，要求他们指定一个男孩当兵。杨绍荣回家后得知，17岁的三弟去当兵了，于是跑到保长家，以自己换回了三弟。在上海郊区的金山训练１个月后，从镇江乘火车来到下关，被补充到南京卫戍部队中的第八十三师。之后，他随八十三师到句容设防，与日军苦战8天后，被迫撤退到南京。从中华门到下关，想乘船逃走，但江边无船，无奈随部队再折回头到了鼓楼。12月13日，日军在城区“扫荡”时，他不幸成了日军俘虏。
2002年，在日本女教师松冈环采访他时，他说：“到晚上让我们排成队，带到下关的长江岸边。队伍里的人排得长极了。到了中山码头，日本兵把俘虏反绑了，3人一组强行赶往长江边。我因为在最后，就按‘坐下’的命令坐着，没有被绑。天已经完全黑了，周围什么也看不见，我悄悄解下自己的皮带绕在手腕上，装着被绑的样子。接着，日本兵抓住我的手把我拉起来，我的假装也被发现了。日本兵发火了，叫嚷着用刺刀扎我的头。现在还留着3个伤疤。扎过后，日本兵重新用电线把我的大拇指绑住，再用绳子捆了。已经走投无路了。日本兵的做法是让我们3人一组朝江边走，再开枪打死。尸体渐渐堆了起来，日本兵就在上面浇灯油点火。慢慢快轮到我们了，因为反正是死，我们就3人一组自己朝前走。在眼前的人‘啪’的一声被枪杀的同时，我自己也往前倒去……因为手被绑着，我就脚下用力，一点点朝长江边爬去。我想着到水里就不会被烧死了，慢慢地、慢慢地爬进了长江。脚下是尸体，头上也是尸体，肚子贴在岸边，这样我没有被发现。”(5)
幸运的是，在经历一番大逃亡之后，他最终回到了镇江，而他的许多战友或战死在疆场，或被屠杀在江边。
扫荡中，日军三五成群，逐家逐户搜查躲藏在屋内的居民，凡是青壮年，不问其是否军人都被押走，将其杀害。更有甚者，日军还纵火烧屋，迫使居民向外跑出，或诱使其他居民出来救火时乘机将之杀害。中山北路几乎每条小街都裸露着三五具或数十具尸体。许多居民因恐惧而四处奔跑，或在黄昏后为巡逻的日兵所捉，都有就地枪杀的可能，被杀害的居民不计其数。
曾经担任守军营长、沦陷后在南京躲避3个月之久的郭歧，死里逃生后，撰写《陷都血泪史》一书。书中他这样记述：“南京所有的池塘里都堆满了尸体。有的头在外面，有的拳在外面，血肉模糊，惨不忍睹。竹林里面，马路旁边，遍地死尸。兽兵川流不息地一群去了又一群来，所有的大门，都非开着不可。因为兽兵终日骚扰应接不暇，开门稍迟，则刀枪随之，街道上无人敢走，一见抄手走路，便一枪打死，他说你袖管藏着炸弹；见了逃跑的也一枪打死，他说你是中国兵，见了躲藏在防空壕的，不分皂白杀掉。那几天，城里不是三八式的步枪声，就是重机关枪的扫射声，每听一声，即少了一个同胞。……唉！那种残酷真是亘古未有的！”