扬子江的江面都变窄、变红了……
在持续数周的“扫荡”中，无数难民倒在血泊之中，中山码头成为众多难民最后张望的地方。
日军举行入城仪式的前夕，即12月16日，将在山西路难民区中搜查到的4000多名青年拉着长长的队伍，一起押解到中山码头附近实施屠杀。
时年24岁、当年8月刚结婚的裁缝刘永兴与父母、弟弟同住在张家衙，日军攻入南京以后，全家为了躲避战火都躲到了大方巷的华侨招待所的难民区。他也是这次大屠杀中幸存者之一，1984年，面对调查人员询问，刘永兴仍心情难以平复。他说：
冬月十四日（公历12月16日）是一个大晴天，我们全家躲在屋子里面，不敢出来。下午三时左右，一个日本兵闯了进来，向我和弟弟挥了挥手，要求我们跟他走，我们只好跟他走，因为我们看到一个姓钱的私塾先生因不听日本兵的命令而遭到了枪杀。出门后，一个汉奸翻译官对我们说，要我们到下关中山码头去搬运东京运来的货物。我们发现，同时出来的还有我家附近的三十多个人，我们先被带到一个广场，天快黑时，广场上坐满了人。日军叫我们六个至八个人排成一排，向中山码头走去。
我和弟弟走在平民队伍的前头，我看到一小队拿着枪的日军走在最前面，接着是三十多个被俘的国民党军警，后面才是被抓来的平民百姓。队伍的两旁有日军押着，还有用马拖着的三十几挺机枪，队伍的后面是骑马的日军军官。一路上我们看到路两旁有不少的男女尸体，大部分是平民百姓，也有一部分是中央军。
到了下关码头江边，发现日军共抓了好几千人，日军叫我们坐在江边，周围架起了机枪。我感到情况不妙，可能要搞屠杀，我心想，与其被日军打死，不如跳江寻死，就和旁边的人商量一起跳江。日军在后边绑人以后，就用机枪开始扫射。这时，天已经黑了，月亮也已经出来了，许多人纷纷往江里面跳，我和弟弟也跳了下去。日军急了，除继续用机枪扫射外，又往江里面扔手榴弹，跳江的人有的被炸死了有的被炸得遍体鳞伤，惨叫声、呼号声响成一片。一阵混乱之后，我和弟弟失散了，以后再也没有找到弟弟。我随水漂流到军舰旁边，后来我又被波浪冲回岸边，我伏在尸体上，吓得不敢动弹。突然，一颗子弹从我背上飞过，划破了我的棉袍。猛烈的机枪声，把我的耳朵震聋了，至今还没有好。机枪扫射之后，日军又向尸体上面浇汽油，纵火燃烧，企图毁尸灭迹。夜里面，日军在江边守夜，看见江边漂浮的尸体就用刺刀乱戳，我离岸较远，刺刀够不着，才免一死！
天快亮时，我从江边爬上岸来，看到侥幸活下来的人不足十人，岸边的人，一个个被烧得焦头烂额，惨不忍睹。当时，我在江里泡了一夜，全身麻木，也不知道害怕了。我换了一身死人的衣服，爬到一个农民挖的防空洞里面，在洞里面躲了一天，一天没有吃东西，也没有喝水，又饥又渴，（冬月十五日）天快黑时，我又从防空洞里爬出来，由于不识路，只好乱跑。我跑到三所村，那儿有个尼姑庵，庵附近住了不少农民，我跟他们说好话，才住了下来。后来我又被日军抓去做苦力，烧茶做饭，直到阳历十二月二十八日才回家。(6)
居住在难民区鼓楼三条巷三号楼上的市民徐进，是这场屠杀中的幸存者，在1946年1月的呈文中，他说：“民国二十六年12月16日下午约二时，有持枪日军数名侵入室内，令窃民及全屋居民凡男子均须到大门外站队，挑剔年轻者另站入青年人队。该队系由居住鼓楼、大方巷、五条巷、挹华里、四条巷、聚槐村、三条卷、合兴里等处青年顺序组成，共约千人。由持枪日军二十余人监督前进，经过聚槐村、云南路、阴阳营、宁海路、山西路，沿中山北路出挹江门，过中山桥到中山码头，向右首转弯沿江边马路约距中山码头五百米处，突令站住，由押队日军二十余人，将事前准备的草绳，将全体同胞两手背绑。是时约午后五时，队前部忽然一片悲哀凄惨的哭声震起，接着机枪、步枪一阵紧似一阵，这时日寇逼迫每四人为一组向江中跳。这千余赤手空拳的同胞，两手又被绑住，无法与敌人拼命，情知是死，皆高呼：‘打倒日本帝国主义！’可怜这千余同胞就在激昂的呼声中被暴敌残杀了。窃民排在队尾，下江时天已大黑，江边已填满，只好伏在尸堆上，枪弹如雨点般落在无辜同胞的身上，射击究竟有多少时间已不知道。其时已骇晕了，惟心中尚明白身上未曾中弹，直至火笠帽（汽油烧在军人遗下的笠帽上）投到身上，才惊醒过来，赶快钻入尸堆中。此时全身皆浸蚀在水中，寒风吹来冷彻骨髓，突闻岸上枪声连发数响，系未死者上岸，被看守日寇打死。此时离窃民不远，有两三人低声讲话，窃民爬去替他们将绳子解开，始知有一人未中枪，一姓窦者住聚槐村六号中三枪，另一人中一枪，然皆未中要害，仍伏在尸上。直至次日（十七日）天色将晓，大雾弥江，日寇见一夜无事，早跑开原防（地）烧火取暖。四人乘此良机上岸，爬过马路，经过一块空地，跑入英人房屋，与看房子中国老者相商，暂时留住。”(7)
在这次屠杀中多处受伤、幸免于难的梁廷芳，曾出席日本东京远东国际军事法庭和南京军事法庭，用肩上的伤疤和目睹事实作证。在南京军事法庭上，他控诉说：“当日军占领南京时，我们在一个难民营里。16日，日本士兵把我们押到下关的长江边。我们4人一排，队伍大约有3/4英里长，我估计有5000人。当我们到江边时，日本士兵命令我们站成一排，前面是机枪，日本士兵将机枪对着队伍。两辆卡车运来了绳子，人们被5个一组反捆着手腕。我看见第一个人被步枪打死，然后尸体被日本人扔到江里。大约有800名日本士兵在场，包括军官，其中一些在轿车里。我们在江边排着队，在我们的手腕被捆之前，我有朋友说他宁愿跳江淹死也不愿这样死。……离开难民营，大约在7点到江边，捆俘和开枪屠杀一直持续到凌晨2点。当时天上有月亮，我看到所发生的事情，我戴着手表。在屠杀持续了4个小时后我和我的朋友决定逃跑。我们冲到江边，并跳了下去。机枪向我们开火，但我们没有被打中。江边有一陡坡，我们发现水只有齐腰深，我们躲在陡坡下，阴影使得日本鬼子看不到我们，但他们用机枪向我们扫射，并打中了我的肩膀。上面的屠杀一直持续到凌晨2点。由于失血，我昏了过去，当我在早上醒来时，我的朋友已走了，他后来告诉我，他以为我死了。然后我爬上江堤，躲在附近的一个草棚里，时间大约在2点，天还没有亮。我在小棚里待了三天，没有食物和水。后来，来了一个日本士兵，烧那个草棚。当草棚被点燃后，我爬了出来，那个日本士兵发现了我。一名日本军官审问我，我告诉他我是一个平民，是日本士兵雇来挑东西的苦力。这个军官没有问我受伤问题。该军官给了我回家通行证，我就回来。”(8)
曾根一夫1937年参加日军上海派遣军，参加了淞沪战役和攻占南京战役，在《我所记录的南京屠杀（续）》中，他写道：“我记得大概方位是从下关沿着扬子江边下游方向过去一点的一个空地。空地地势有点高，扬子江混浊的江水就从旁边流过。就在那块空地上，每一百人左右为一组拖出来，然后用机枪扫射。……我看到了被成千上万的鲜血染红的大地，看到了漂浮的尸体横陈江中，多得似乎使扬子江的江面都变窄了，因此不难想象事件当时的情形。听一开始就在现场看的人说，当被带到空地的中国人背对扬子江站好后，机枪就从前面扫了过来，三分钟不到，一百多人就倒下了。当所有人都倒下后，再驱赶下一批被杀者过来，让他们先把尸体拖着扔进扬子江后，再把他们杀死。就这样不断反复进行，半天时间内杀了恐怕有上万人。”
当年只有12岁的季和平，住在下关，被日本兵抓到后，强制去捞江中的尸体。他说：“在宝塔桥现在有派出所的地方，我碰到一个日本兵，被他抓到了一号码头。到那里一看，中山码头上上下下全是尸体，密密麻麻的，连长江水都看不见了。那真是可怕。接着，日本兵把铁丝交给我，命令我把尸体一个个系起来，串成一串，日本兵用船把尸体往下游方向拖去。这是因为长江里全是尸体，船不能通行了。只有我一个人干活，在最冷的时候叫我从早到晚干了整整一天。周围有许多日本兵，但没有人下水。有头的人用铁丝扎住脖子，没头的人用铁丝扎进手脚系住。一根铁丝扎一个人，把铁丝（十到二十具）算一组，交到日本兵手上，日本兵把铁丝系在带马达的船后，把尸体拖走。船有两条。水中全是尸体，又浮着轮胎和木板，这种情况下船是不能往来的。尸体在冬天也是臭的，颜色什么的记不住了，都胀得大起来了。收拾的时候又扔来了新的尸体，虽然我稍稍收拾了一下，但还是没个完。这一带尸体多得连水都看不见的状态持续了一个月左右。我在大冷天里光着脚回去，路上也全是日本兵。路上也躺满了尸体，用长军刀砍脑袋也看到过。尸体里有无头的，有被枪杀的。尸体有女人、孩子，有老人，有年轻人。水里的尸体基本上是有头的，宝塔桥一带看到的尸体大多是无头的。尸体本来横七竖八分散在路上，为了开辟道路，就在路边堆起来，堆得有一个人那么高。”(9)
1947年，南京军事法庭对战犯谷寿夫的判决书及附件中对这一屠杀事件予以认定，并列在附件中：
民国二十六年12月18日（即农历十一月十六日），在大方巷难民区内，将青年单耀亭等四千余人押送下关，作机枪射杀，无一人生还。(10)