57000多人遇害得到军事法庭的确认
草鞋峡大屠杀中，遇难同胞数量巨大，除部分尸体残余骸骨被日军抛到江里外，部分尸首遭焚外，还有部分残骸堆积在江岸和幕府山各处。在1938年2月21日至3月6日期间，世界红卍字会南京分会救济队掩埋组，分别共5次收殓尸体4296具，多数就近埋在幕府山下，部分遗体掩埋在下关的石榴园。
当年6月，天气渐暖之后，经大雨和江水冲刷，幕府山下出现大量遇难者的露骨，尸体腐烂的臭气弥漫乡里，几里路以外就能闻到。当地居民推行金国桢为代表向日伪南京市卫生局上书，要求日伪南京市卫生局出面组织人员、财力掩埋这一带遗留的尸体。
日伪南京市卫生局招募工人20余名，于6月13日至7月上旬住宿在草鞋峡沿江处，重新对遇难者尸体进行掩埋。自草鞋峡至鱼雷营沿江岸高处，在幕府山山脚下共垒起8座大坟，收瘗埋葬尸骨3575具，并在草鞋峡的一处大坟前立下“民国廿六年 草鞋峡无主孤坟墓”一块约2米高的竖形石碑。
当年，在日伪南京市卫生局给日伪南京特别市政府的报告中，如是说：
由六月十三日至七月六日止工作二十四天，共收瘗及迁葬尸骨三千五百七十五具。选定地势较高、离江较远之地作大型土坟一座，并竖碑一方，以资纪念。又掩埋男女尸体十二具，孩尸三十七具，施大棺十二具，小棺一具。(9)
1939年开春后，由于掩埋尸体太多，随着尸体腐烂和自然下沉，宝塔桥至草鞋峡又出现大量露骨，市民叫苦不迭，再次向日伪当局举报。日伪南京市卫生局不得不再次组织工人20余名，进行掩埋，共收瘗及迁葬尸骨3075具。
由于无人管理，草鞋峡无主孤坟墓碑后来不知所终，如今在江东门纪念馆内，陈列着当年的复制品。
草鞋峡遇难同胞大屠杀的事实，理所当然地得到远东国际军事法庭和南京审判战犯军事法庭的确认，并将日军在草鞋峡进行的大规模屠杀分别写进《判决书》中。
南京审判战犯军事法庭判定：
同月（即1937年12月）18日夜间，复将我被囚幕府山之军民57418人，以铅丝扎捆，驱集下关草鞋峡，亦用机枪射杀，其倒卧血泊中尚能挣扎者，均遭乱刀戳毙，并将全部尸骸，浇以煤油焚化。
远东国际军事法庭也在其《判决书》中确认，被拘禁的57000余人“遭受了饥饿和拷问，以致许多人都死掉了，许多未死的也被机枪和刺刀杀死了”(10) 。