大庙改为“中国抗战阵亡将士纪念堂”
1945年8月，日本战败投降，“日本神社”被改建为“中国抗战阵亡将士纪念堂”。据中国文史出版社《鼓楼民国建筑》（2006年版）记载，日本战败投降后，国民政府曾将此处作为军官训练团驻地，后又改作中国童子军总部。“神社”内原来的日军牌位被扫地出门，“神社”的“大庙”被改为“中国抗战阵亡将士纪念堂”，换上在抗战中牺牲的中国军队将士的灵位。附属建筑也被辟为陈列室，展示中国军队接收自日军的战利品。“小庙”则专门用来陈列中国军队从日军手里缴获的战利品。何应钦曾经在此树立过纪念抗战的石碑，可惜今已不存。如今“神社”的“大庙”前的草坪上还有一块石碣，上面写着“国民政府主席蒋中正手植”，旁边是一棵黑松，据说是蒋介石亲手种下的。
中华人民共和国成立以后，围绕“日本神社”的去留，社会各界争论了许久。后来成为江苏省体育局（原江苏省体委）的办公场所。1980年，省体委扩建时，曾计划将此建筑拆除，经著名建筑学家童寯多方奔走，最终得以保留。与南京菊花台的日军“表忠塔遗迹”一样，五台山“日本神社旧址”不仅具有特殊的文物价值，而且提醒着后人永远不要忘记日寇发动侵华战争的那段历史。
1992年3月，“日本神社”旧址被列入南京市文物保护单位。但是，文物保护单位的名称却羞涩地写着：“南京五台山1号建筑”，似乎不大情愿刻上“日本神社”的字样。在中华书局2006年3月出版的《鼓楼区志》记载的全区46处重点文物保护单位中，也仅有这一处是以地址作为建筑名称的。
古话说，知耻而后勇。一个知耻、敢于直面耻辱的民族，才是一个有希望的民族。
2011年12月，在社会各界及有关专家的呼吁下，记录着国耻的“日本神社旧址”作为南京重要近现代建筑被列为“江苏省级文物保护单位”，升级为江苏省文物保护单位。
如今，“神社”建筑多被拆除，只剩下正殿和侧殿。2005年10月，第十届全国体育运动会在南京举办期间，小庙曾作为志愿者培训中心。2012年2月，为利用建筑的基本功能，大庙租给省建七公司作为其办公场所，省体育局老干部活动中心移到了小庙。好在使用单位对这个建筑还注意保护，“神社”的结构和原有风格保存完好。如有参观者光临，新主人也能简单介绍建筑物的由来和些许故事。
(1) 张宪文主编，王卫星编：《南京大屠杀史料集9·日军官兵日记与书信》，江苏人民出版社2006年版，第135页。
(2) 张宪文主编，王卫星编：《南京大屠杀史料集9·日军官兵日记与书信》，江苏人民出版社2006年版，第159—160页。
(3) [日]松冈环编著，沈维藩译：《南京战·被割裂的受害者之魂——南京大屠杀受害者120人的证言》，上海辞书出版社2005年版，第180页。
(4) [日]松冈环编著，沈维藩译：《南京战·被割裂的受害者之魂——南京大屠杀受害者120人的证言》，上海辞书出版社2005年版，第187—188页。
(5) [日]松冈环编著，沈维藩译：《南京战·被割裂的受害者之魂——南京大屠杀受害者120人的证言》，上海辞书出版社，2005年版，第282页
(6) 同上书，第165—166页。
(7) 张宪文主编，孙宅巍编：《南京大屠杀史料集》5， 江苏人民出版社2005年版，第152页。
(8) 南京市鼓楼区地方志编纂委员会编：《鼓楼区志》，中华书局出版社2005年9月版，第1506页。
侵华日军南京大屠杀
汉中门外遇难同胞纪念碑
位置：虎踞路与汉中门大街交界的西北侧，
南京市政府1985年立。
一九三七年十二月十五日下午，避难于国际安全区之本市平民和已解除武装之军警共二千余人，遭日军搜捕后，被押赴汉中门外用机枪扫射杀害，其伤而未死者或乱刀补戳，或纵火活焚，尸骸蔽野，惨绝人寰。至次年二月十一日、十八日两天始由慈善团体南京红卍字会收殓得遗骸共一千三百九十五具，掩埋于汉中门外广东公墓及二道埂子一带。悲夫！今人孰料于此熙来攘往之地曾是往昔日军肆虐之场而有众多同胞罹难于此者乎！爰立此碑以志其事，庶我国人牢记惨史，毋忘国难，居安思危，奋发图强，同心同德，振兴中华。