紫金山主阵地的失守
1937年12月上旬，大举进犯南京的各路日军先后突破外围郊区和县城，对南京城形成三面包围态势。与此同时，日华中方面军向所属部队通告了《攻占南京城要领》：“设法劝告其开城以和平方式入城。”并要求：“各师团各选派步兵一个大队为基干的部队先入城，在城内分地区扫荡。”“在敌之残兵仍据城进行抵抗的情况下，将到达的全部炮兵展开，进行炮击夺取城墙，各师团以步兵一个联队为基干的部队进入到城内进行扫荡”。
南京保卫战打响时，最初守卫计划是坚守外围汤山、龙潭、青龙山一线，阻滞敌军一周左右的时间。外围阵地被突破后，由于兵力不足，守军开始重点防守乌龙山炮台、紫金山、雨花台一线。奉令守卫紫金山、孝陵卫、岔路口到工兵学校一线的教导总队。官兵均为国民政府陆军军官学校的学员，全副德械武装，被公认为最有战斗力、最精锐的部队，全队总指挥为桂永清。
12月9日，日军已兵临城下，日军飞机不停地围绕城垣扔下炸弹，攻城的大炮朝着古城墙猛烈开火，南京城四周砖石飞迸，烟尘滚滚！
为了迫使中国军队投降，中午时分，一架日军飞机在南京城上空盘旋了几圈，雪花般的《劝降书》从空中飘落下来。劝告守军缴械投降，中国守军官兵义愤填膺，以猛烈的炮火回击了劝降活动。
拂晓时分，日军集中兵力攻击紫金山东麓老虎洞阵地。日空军连续投掷了数不尽的重磅炸弹，炮兵也集中火力向守军阵地轰击，在炮火掩护下步兵连续发动冲锋。到下午时，守卫在紫金山、蒋王庙的教导总队伤亡惨重，守军第五团一营营长罗雨丰壮烈殉国，不得不放弃老虎洞阵地，退守紫金山第二峰主阵地。
10日拂晓，紫金山战斗进入白热化的激烈对抗。日军进攻重点转移到紫金山第二峰，在坦克的掩护下，日军步兵分两路向紫金山第二峰、陵园新村、孝陵卫西山阵地推进。教导总队第一、三两团战车奋勇抗击，一举击毁日军坦克2辆，拼命阻止敌人的进攻。《南京地区抗日战争史》记载，战斗中，第一团战车防御炮连连长王峻和全连官兵全部壮烈牺牲。10日夜，日军第十六师团所属步兵第三十三联队再次向第二峰发起猛攻。由于补给困难，守军以手榴弹、石块、大刀进行顽强抵抗，并组织200余名官兵从左侧进行反冲锋，毙敌甚多。
1l日至12日，围绕紫金山第二峰与西山主阵地，中日两军日夜鏖战。为夺取紫金山阵地，日军派出了大量增援部队，施放气球高悬空中，指引炮兵射击，飞机、坦克、步兵一齐出动，硝烟弥漫，枪炮声震撼山谷，卷起的石块夹着尘土和血肉，充满着血腥味。
在南京城已三面被围、形势十分严峻的情况下，唐生智一面命令部队做好巷战准备，一面严令部队不准擅自撤退。但是一个个令人沮丧的消息不断传到守军司令部。下午3时，唐生智向部队下达了撤出战斗、分头突围的命令，指示“教导总队如不能全部突围，有轮渡时，可向滁州集结”。
12日下午6时，紫金山第二峰与西山阵地相继被日军突破。
傍晚，教导总队官兵陆续撤出战斗，分散向下关、龙潭方向溃退。
据战后统计，总兵力35000余人的教导总队，安全撤离的仅为4000余人，损失30000余人。应该说，南京保卫战从一开始就指挥混乱、战术呆板、撤退混乱、支援策应不力，撤退时更是组织无方，导致这一支精锐的教导总队损失惨重，许多精兵并未在阵中牺牲，反而牺牲在撤退路上和日军搜捕中，作为指挥官的唐生智、桂永清有不可推卸的责任。
12月13日上午，日军第十六师团占领了中山门、太平门、光华门等处城门。第三十三联队留下第六中队作警戒，余属开始在城郊“扫荡”。近千名没有来得及转移的官兵、伤员及被俘被捕的军民，被关在拉有铁丝网的太平门城墙一隅，有的手脚都被绑了起来。
当晚，第六中队奉命在太平门城下集中枪杀了这批俘虏，指挥官的一声令下，拉响了事先埋在他们脚下的地雷，顿时血肉横飞，嘶哑的叫喊声连成一片。
残暴的日军还从城墙上往下抛洒成桶的汽油，点火灭迹……
为防止留下活证，第二天，日军又派出少量士兵，逐一检查，用枪刺刺杀尚未断气的人，然后又将尸骸推入深沟，表层覆盖上就近取来的泥土。
此次暴行，共有1300多名中国人遇难。