二次平均法程序繁杂，如果投标人数量多，又不采用电子自动评标的话，二次评标法相对比较复杂。另外，通过符合性审查后，技术因素只作为合格性评审，其他基本上由价格决定，专家基本上无自由裁量操作空间，不能充分发挥专家的咨询作用。
