II主要争议：股东应以何种方式请求公司进行费用补偿
对于合理诉讼费用的补偿问题，不论是从公平性上考虑，还是基于激励股东积极运用股东代表诉讼机制维护公司利益的政策立场，对胜诉后股东参与诉讼的合理费用进行补偿都比较有说服力，因此该规定的价值本身在起草过程中并未受到太多质疑，主要的争议集中在具体的实现机制上。
对于胜诉后，股东如何请求公司进行合理费用的补偿，存在着不同意见。一种意见认为，为了避免股东与公司之间对律师费、调查费、评估费、公证费等合理费用的分担发生纠纷而另行诉讼，应当在《公司法解释（四）》中明确股东如果对其所支出合理费用一并主张的，法院应予以支持。这种观点主要考虑到股东为了维护公司利益提起诉讼，如果再要求股东另行起诉主张费用补偿，会增加股东诉累，也会造成司法资源的浪费。同时，根据民事诉讼法的规定，第三人是可以被判决承担民事责任的，因此公司作为股东代表诉讼的第三人，直接判令公司承担责任没有法律障碍。
与上述“股东可以一并主张、法院一并处理”相对的路径是“另行起诉”模式。主张股东应当“另行起诉”的观点认为，股东代表诉讼的被告本是董监高或他人，其解决的争议也是公司与这些主体之间的，而股东请求公司承担合理诉讼费用是一个独立的费用请求之诉，这是两个完全不同的“诉”，不宜同案解决，应当另案起诉。因此主张，司法解释应当明确股东对公司的“费用补偿”之请求需另案起诉。
对于上述争议，司法解释未予以处理，一定程度上意味着《公司法解释（四）》认为上述两种途径并非“非此即彼”进而必须择一明确的关系。这种处理不管对股东还是法院都留下了充分自主的空间，以便法院能够根据实际案件中的具体情形进行处理。如果股东一并主张了对合理费用的补偿，那么基于便利性地解决问题的考虑，法院可以进行一并处理；但如果股东在代表诉讼中没有对费用问题提出要求，那么胜诉后，股东仍可另行向法院提起主张合理费用补偿的诉讼。
另有意见提出，应当在费用补偿条款中加入股东可以请求从公司实现的权益中优先受偿这些费用的规定，但对于此种问题，司法实践中已经有此类操作，无须司法解释对如此细节性问题做详细规定。