世界万有皆由心造，虚妄不实
本经认为世界上一切事物，包括世间和出世间的事物，不外乎有五种，称之为“五法”，说“一切佛法，悉入其中”（见卷四）。所谓“一切佛法”包括：三种自性、八识、二种无我。其中最具特色的是对八识的论述，通过这一论述提出世界万有皆由心识产生，即所谓“三界唯心”的结论。
何名五法？一是“名”，即各种事物的名称（如瓶子）、语言符号；二是“相”，是各种“形相”、“色像”，即一切事物和现象，与前者可合称“名相”；三是“妄想”（魏译本作“分别”），“施设众名，显示诸相瓶等心、心法”，即心识与心理活动，说心识及其作用可以造作与“分别”各种名称和一切事物、现象，因为虚妄不实，所以称之为妄想；四是“如如”，“彼名彼相，毕竟不可得，始终无觉，于诸法无展转，离不实妄想，是名如如”，是说由心识显现的一切名相是空无不可得的，而脱离妄想的毕竟空寂的真实境界是如如，也称真如；五是“正智”，使认识与真如相契合，即为正智，“于彼处入正觉”，脱离有无、断常等见。前三者是世间法，后二者是出世间法。
对上述五法作进一步分析，可以归纳出三种性质，也可称为三种“自性”。让我们先看看经文。重要的有关经文有两段：
云何三自性？谓妄想自性、缘起自性、成自性。……妄想自性从相生……有两种妄想自性……谓名相计著相及事相计著相。名相计著相者，谓内外法计著；事相计著相者，谓即彼如是内外自共相计著。是名二种妄想自性相。若依缘生，是名缘起。云何成自性？谓离名相、事相妄想，圣智所得及自觉圣智趣所行境界，是名成自性如来藏心。（卷一）
彼名及相是妄想自性；……若依彼妄想，生心、心所法，名俱时生，如日光俱种种相，各别各别持，是名缘起自性；……正智、如如不可坏，故名成自性。（卷四）
经文的表述有含混之处，按其大意，不外是说：1.名与相，因为是由妄想而生（“内外相计著”，“内外自共相计著”，魏译本[18]作：“妄执名字，戏论分别”，“妄执名字相，分别境界相、事相”），又为妄想所缘，故称之为“妄想自性”；2.从妄想生“心、心所”（心理作用），即心识，依此因缘有种种名相产生，故可称妄想及心识为“缘起自性”；3.超越于妄想的如如、正智是“成自性”，此亦称“自性如来藏心”，是达到解脱的佛的精神境界。后世唯识经典称此三性为“遍计所执自性”、“依他起自性”、“圆成实自性”，表述也比较周密一些，但意思是大致相同的。从解脱论上来说，修行者如何脱离妄执名相的第一种自性，进入达到觉悟的第三种自性呢？关键在如何对待第二种自性，如何改变第二种自性。这就是心识理论所要解决的问题。
《楞伽经》所说的心识包括“八识”，即：如来藏——识藏心（魏译称“阿梨耶识”，后世唯识经典译为“阿赖耶识”），相当于精神主体或灵魂；意（后世唯识经典译作“末那识”），相当于主体意识；意识，统辖调节其它五识的精神功能；五识，五种感觉机能，包括眼识、耳识、鼻识、舌识、身识。说五识时刻与前述的识藏心、意、意识“相俱”。其中占据主体地位的是如来藏——识藏心，有时也简称为“心”。
早期唯识经典在对第八识的说法上尚末取得一致。第八识既被看作是精神的主体，有时也被看成是世界的本源。有的经典虽把它看作是清净无染的佛性，称之为“如来藏”，然而在有的场合又把它看作是包含清净、污染两个方面的现实的精神主宰者，称之为“识藏”或“阿梨耶识”。《楞伽经》就属于这种情况。也有的在第八识之外另立第九识，称之为“阿摩罗识”（意译“无垢识”），相当于清净无染的佛性。《摄大乘论》、《转识论》属于这种情况。按照宋译《楞伽经》的经文推断，实际是认为第八识具有“体性”与“相用”两个方面的。从体性来说，它是清净无染的，称它是如来藏，说“如来藏自性清净”，是无生无灭的（相当于《《大乘起信论》中的“心真如门”）；从相与用来说，称它是识藏（魏译本作阿梨耶识），是被情欲烦恼污染或掩蔽的佛性，是有生有灭的（相当于《《大乘起信论》中的“心生灭门”）。前者为后者依止的本体，后者为前者的外相和作用，具有变现万有无常现象的能动功能。这种意思在经文中是有表述的。卷四有两段文字，不妨全部引用：
如来藏是善不善因，能遍兴造一切趣生。譬如伎儿，变现诸趣。……为无始虚伪恶习所薰，名为识藏，生无明地，与七识（支那校本注：梵本意云：第七识）俱，如海浪身，常生不断。离无常过，离于我论，自性无垢，毕竟清净。其余诸识，有生有灭。意、意识等，念念有七，因不实妄想，取诸境界种种形处，计著名相，不觉自心所现色相，不觉苦，乐，不至解脱……
善、不善者，谓八识。何等为八？谓如来藏名识藏心、意、意识及五识身，非外道所说。……五识身者，心、意、意识俱（魏译本为：五识身共意识身）。善、不善相，展转变坏，相续流注，不坏身生，亦生亦灭，不觉自心现，次第灭，余识生，形相差别摄受（支那校本注：意识与五识俱执取形相差别）。意识、五识俱相应生，刹那时不住，名为刹那。……刹那者，名识藏如来藏、意俱生识习气刹那（支那校本注：勘梵唐二本云：由意俱生转识习气而为刹那）。无漏习气非刹那，非凡愚所觉计著刹那论故，不觉一切法刹那非刹那，以断见坏无为法……[19]
引文中的“趣生”，意为轮回的趋向。在魏译本作“五道生死”。五道是佛教所说五种轮回的生命主体和处所，包括天、人、畜生、地狱和饿鬼，也可解释为众生与世界。“习气”是“种子”的另一种译名，指心识所蕴含的能引发思想、行为和“变现”造作众生和世界万有现象的功能。“漏”是烦恼的另一种说法。“无漏习气”是指作为心的体性的如来藏所含有的清净的觉悟基因，也可以理解为佛性。在这里把如来藏与识藏（阿梨耶识）混在一起，说“如来藏”即“识藏心”，或只称“如来藏”，或统称“识藏如来藏”。但在第一段引文中明确解释说如来藏“为无始虚伪恶习所薰，名为识藏”。总之，这两段引文是说：
1.如来藏是世界众生和万有的本源；
2.如来藏受本有的“虚伪恶习”（佛教所说的“无明”烦恼、业力）薰染，成为第八识“藏识”。它与作为主体意识的“意”和“意识”、五识互相伴随（相俱），发生种种精神活动，不断“妄想”，执著“境界”、“名相”，不认识世界万有是“自心所现”（或称之为“自心现量”），看不到“一切众生界，皆悉如幻”和空、虚妄的本质（参卷一），由此产生贪爱等等烦恼和“常见”、“断见”等等见解，使人流转生死。
3.作为心的本体的如来藏是众生达到觉悟解脱的内在依据（菩提种子），是清净无染和不生不灭的。
对于世界是唯心所造，“自身现量”，虚妄不实的思想，本经有不少描述和比喻。其中把“心”（识藏）比作“海”，把无明烦恼比做“境界风”，说如同大海由风吹起由海浪一样，心识由于“境界风”的吹动，产生种种“识浪”，于是形成各种妄想和烦恼，不能了解诸法“自性”，达不到解脱。有一首偈被后世禅宗常常引用，其中说：“藏识海常住，境界风所动，种种诸识浪，腾跃而转生……譬如海水变，种种波浪转，七识亦如是，心俱和合生，谓彼藏识处，种种诸识转。”（卷一）只有通过认识一切空无，断除无明烦恼，达到心识的转变，才能觉悟解脱。