提倡以无为、无事为宗旨，在自然而然中达到解脱
当年灵祐在怀海门下的时候，一日在怀海身旁侍立，怀海叫他看看炉中还有火没有？灵祐拨炉灰看了一下，回说：“无火。”怀海又拨灰细看仍有小火，说：“此不是火？”灵祐当即觉悟，便向怀海致礼表示感谢，并陈述自己的见解。怀海便向他说：“此乃暂时岐路耳。经云：欲见佛性，当观时节因缘。时节既至，如迷忽悟，如忘忽忆。方省己物，不从他得。故祖师云：悟了同未悟，无心亦无法。只是无虚妄，凡圣等心。本来心法，元自备足。汝今既尔，善自护持。”怀海所引的佛经是取自《大涅槃经》上的一段话：“欲见佛性，应当观察时节形色。”[75]借此说明人人自有佛性，但觉悟有早有晚，如果时节已到，便可自然而然地达到觉悟；此时虽然觉悟，但并不以觉悟为意，然而以往掩蔽自己清净本性的“虚妄”烦恼已经断除。怀海借火比喻佛性常在，然后以自悟佛性须等待时机的道理对他进行启发。不知灵祐向怀海陈述怎样的见解，看来怀海对他的悟境是印可的。灵祐在后来传法中是深受怀海这番教导的影响的。灵祐上堂对众僧说：
夫道人之心，质直无伪，无背无面，无诈妄心行。一切时中，视听寻常，更无委曲。亦不闭眼塞耳，但情不附物即得。从上诸圣，只是说浊边过患。若无如许多恶觉情见想习之事，譬如秋水澄渟，清净无为，淡泞无碍，唤他作道人，亦名无事之人。《景德传灯录·灵祐传》[76]
这是他对弟子的基本要求：一、做一个正直的无邪妄之心的人；二、修行不离日常生活，不必逃避现实社会，但应做到不因周围环境影响而产生好恶、取舍的观念或意向（“情不附物”）；三、应当知道以前贤圣告诫过的种种邪妄情欲的见解（“浊见”、“边见”）的危害，不使这些东西染污自性，达到清净无为，做一个“无事”之人。当年怀海在说法中常以“无求人”、“无事人”作为佛的代称（参《百丈语录》）。
慧寂在沩山时向灵祐发问：“如何是佛？”灵祐答：
以思无思之妙，返灵焰之无穷，思尽还源，性相常住，理事不二，真佛如如。（《祖堂集·仰山和尚传》）
“以思无思”，当是以“无思”为思（无念），即舍弃任何特定目标的观想，或不限定任何内容方式的思维。“灵焰”，当指心灵（自性、佛性）的作用。大概是说，应当以不思之思，反思（直观）自性所具有的永恒特质和作用，体悟自性的清净本源（所谓“本来面目”）——“性相常住，理事不二”，达到这种认识之时，就进入契合真如的佛的境地了。据载，慧寂听后“顿悟”，立即向灵祐致礼作谢。慧寂后来在传法中经常向参禅者和弟子引述这段话。
所谓“以思无思”的无念禅法的一个重要要求就是“善恶都莫思量”。对周围环境存在和发生的事物，如果有特定的善恶看法，就会追求自认为善的东西而舍弃恶的东西，于是就会形成好恶感情和取舍的意向，有相应的行为。这样就会产生一系列的烦恼。当初慧能曾对朝廷使者薛简说：“善恶都莫思量，自然得入心体，湛然常寂，妙用恒沙。”（《曹溪大师传》）慧寂对此话十分赞赏，常常引用。他在回答宛陵僧人道存、幽州僧人思益的提问时都曾引证此语。（《祖堂集·仰山和尚传》）
据宋智昭《人天眼目》卷四记载，灵祐曾对慧寂说：
吾以镜智为宗要，出三种生，所谓想生、相生、流注生。《楞严经》云：想相为尘，识情为垢，二俱远离，则汝法眼应时清明，云何不成无上知觉？想生即能思之心杂乱，相生即所思之境历然，微细流注，俱为尘垢。若能净尽，方得自在。[77]
《楞严经》是真经还是伪经[78]，这里不拟论证，但说它是出在唐代中期的经典是不成问题的，在《开元释教录》卷九已经载有此经的目录，谓怀迪译；《贞元释教录》卷十四谓中印度般刺蜜帝诵出，乌苌国弥伽释迦译，怀迪证译。经可以是伪经——中国人撰述的经典，但它在社会上发生的影响却是真实的。此经以详密论证心性是万法之源和解脱之因为其主要特色，禅宗学僧经常引用。灵祐是说，他依据“大圆镜智”（唯识学以转第八识所得之智）提出世界有三种生的见解：想生、相生、流注生，然后引《楞严经》一段话（此出自卷四）加以发挥。他所说的“想生”，是指人的能够思惟的心识（相当于唯识学的“见分”），“相生”是所谓心识变现的境相（相当于唯识学的“相分”），“流注生”是指由心识不断变现和思念诸相的活动。在《楞伽经》卷一有类似的语句：“有二种生，谓流注生及相生”；“诸识有三种相，谓转相、业相、真相”；“自心妄想流注”。对此没有明确解释。从前后文看，此经的“相生”既包括心识，又包括由心识变现的境相，是包括灵祐所说的“想生”和“相生”在内的，而“流注生”就是心识相续不断的活动，是所称的“自心妄想流注”或“心、意、意识（按：三者指如来藏识、末那识与第六意识），自心所现自性境界虚妄之想”。灵祐将世界万有概括为想生、相生、流注生，指出它们都是掩蔽清净自性（心体）的尘垢，都应当“远离”，使“法眼”（为菩萨所具，谓能彻见诸法实相和一切法门）明净，达到最高觉悟。这里所说虽是灵祐站在大乘佛教立场提出的回归法身的最高理想，然而他的真正含义恐怕是鼓励弟子应在日常生活中不断断除各种世间情欲和烦恼。
在《祖堂集·慧寂传》中记载，有一次慧寂从仰山回沩山看望灵祐，问灵祐近来“浮沤识”（“浮沤”，《楞严经》卷二用海中气泡比喻的人的“色身”）是否安宁，灵祐作答之后，反问慧寂：“汝三生（按：指想生、相生、流注生）中，汝今在何生？实向我说看。”慧寂回答：“想生、相生，仰山（按：此用语当是后来记录者所称）今时早已淡泊也，今正在流注里。”灵祐对他说：“若与摩，汝智眼犹浊在，未得法眼力人……”慧寂是说自己心识中的妄念烦恼虽然已经“淡泊”，但仍未停止心识的思维变现活动（实指现实的精神活动），即尚未达到解脱。于是，灵祐说他的“智眼犹浊”，未得“法眼”，并劝他“随处各自修行，所在出家一般。”