“为天下学道者辨其是非，为天下学道者定其宗旨”
神会在南阳期间，与僧人之间也有广泛的交往，对很多佛教问题展开讨论乃至辩论。与神会探讨或辩论佛法的僧人有：真法师、庐山法师、慧澄法师、神足法师、魏郡乾光法师、哲法师、志德法师、蒋山义法师、义闻法师、庐山简法师、牛头庞法师、罗浮山怀迪禅师、牛头山袁禅师、齐寺主、行律师、弟子比丘无行及崇远法师等。其中的崇远法师，当是北宗禅僧或持有北宗见解的僧人。据《菩提达摩南宗定是非论》，崇远是滑台大云寺的僧人（“当寺崇远法师”），“两京名播，海外知闻，处于法会，词若涌泉，所有问话，实穷其原。提婆之后，盖乃有一。时人号之‘山东远’。”开元二十年（732）神会在滑台大云寺举行的无遮大会（僧俗贵贱皆可参加的法会）上，把崇远当成北宗的代表，与他激烈辩论。神会与上述僧人讨论或辩论的佛法有如下主要的内容：空、色空关系、中道、常与无常、真如、佛性、定慧关系、顿悟与渐悟、一行三昧、忏悔能否灭罪、佛心与众生心、诵持《金刚般若经》的功德。
现存《南阳和尚顿教解脱禅门直了性坛语》（简称《坛语》）是神会在南阳期间传法的一个记录。神会登坛向僧俗信徒演说南宗顿教禅法，先带领众人发菩提心（发愿达到最高觉悟），礼拜忏悔，然后说法。主要内容是：（1）把戒、定、慧三学统一在清净的“心性”之上，主张“三学等”，说“妄心不起”、“无妄心”、“知心无妄”分别是戒、定、慧；（2）人人皆有佛性，只是因为被烦恼覆盖而流转生死，如果通过师友的指教觉悟自性，便可达到解脱；（3）提倡禅法以“无念为宗”，修行不离世间，批评北宗渐教禅法。
神会在朝廷士大夫和僧人之间广泛传法，逐渐远近闻名。唐宗密《圆觉经大疏钞》卷三之下〈神会传〉载：“因南阳答［王赵］公三车义，名渐闻于名贤。”天宝四载（745）神会应兵部侍郎宋鼎之请入住洛阳的荷泽寺。
在神会正式入住洛阳之前，曾到过洛阳西北方的滑州。开元二十年（732），神会于此州治所滑台（白马）的大云寺设无遮大会。神会登上讲座（“师子座”），郑重宣告：
今日说者，为天下学道者辨其是非，为天下学道者定其宗旨。
当场与大云寺的崇远法师展开辩论，主要论旨有两个：一、北宗神秀、普寂没有祖传袈裟，不是禅门正统；二、北宗禅法主张渐悟，南宗主张顿悟，顿门优于渐门。弟子独孤沛以神会在这次法会上与崇远辩论的记录为主，又吸收他的其它言论片断，编录为《菩提达摩南宗定是非论》（简称《南宗定是非论》）。
谁是禅门正统，是北宗还是南宗？是这次辩论会上和以后神会与北宗僧人争论的重要问题。
北宗神秀在晚年受到武后、中宗的优遇。在他死后，弟子普寂、义福等人又相继受到朝野的敬重，影响很大。然而对于是谁接替弘忍是真正的继承人，开始没有统一的说法。神秀死（公元706年）后，张说所撰《大通禅师碑铭》（《全唐文》卷二三一）所述的禅法传承世系是：菩提达摩—慧可—僧璨—道信—弘忍—神秀，把神秀奉为六祖；李邕所撰《嵩岳寺碑》（《全唐文》卷二六三）记载的传法世系与不仅与此相同，而且又明确地以普寂为继承神秀之后的祖师。当时嵩岳寺的寺主是普寂之侄坚意，此碑当是秉承普寂之意而撰。北宗史书之一，由神秀、玄赜弟子净觉所撰《楞伽师资记》（撰于公元712—716之间）也以神秀继承弘忍之后。然而，早在神秀去世之前，当弘忍的另一弟子法如死的时候（公元689年），立在嵩山会善寺的《唐中岳沙门释法如禅师行状》碑（《金石续编》卷六），是以法如为继承弘忍之后的。北宗另一部史书，由杜朏所撰《传法宝纪》（当成书于公元716—731年之间）明确地说达摩禅法在经过慧可、僧璨、道信之后，“弘忍传法如，法如及乎大通（神秀）”。
神会在北宗的势力范围内传法，对于北宗的传法世系十分敏感，认为以神秀或法如为继承弘忍之后的六祖皆是出于普寂的授意，表示强烈的反对。在滑台大云寺与北宗僧人的辩论中特别提到这点。他说：
今普寂禅师在嵩山竖碑铭，立七祖堂，修《法宝纪》，排七代数……
普寂禅师为秀和上竖碑铭，立秀和上为第六代。今修《法宝纪》，又立如禅师为第六代。谁是谁非？请普寂禅师子细自思量看。”（《南宗定是非论》）
前一段是批评普寂擅自授意在嵩山撰刻《嵩岳寺碑》，又让人修《传法宝纪》，编造禅门七代传法世系，自己以七代自许；后一段批评《大通禅师碑铭》以神秀为六祖与《传法宝纪》以法如为六祖的说法是矛盾的。
实际上杜朏撰写《传法宝纪》是否受普寂或其门人的委托还是有疑问的。普寂本人并不承认神秀是继承法如之后。同样，李邕在普寂死后为他写的《大照禅师塔铭》记载：开元二十七年（739）普寂临死前对门人说：“吾受托先师（按：神秀），传兹密印，远自达摩菩萨导于可，可进于璨，璨钟于信，信传于忍，忍授于大通，大通贻于吾，今七叶矣。”（《全唐文》卷二六二）可见普寂对达摩以来七代传承世系的看法是十分明确的。
为了对抗北宗的传法世系说，确立南宗的正统地位，神会编造了南宗的祖统说（详后），主要是说慧能是弘忍的法定继承人，是禅门的六祖，最重要的证据是慧能从弘忍处受传从菩提达摩以来代代相传的袈裟，而北宗的神秀、法如等皆无此祖传袈裟。
神会在南阳、滑台大力弘法之时，正值北宗普寂、义福等人受到朝野尊崇的时候。神会宣称北宗不是禅门正统，继承达摩禅法的是慧能而不是神秀或法如；北宗禅法主渐，劣于南宗顿教禅法，不能引导信众达到解脱。这种论调不能不引起普寂及其门徒的震惊和忌恨。因此，神会接连受到来自北宗的迫害是十分自然的。宗密《圆觉经大疏钞》卷三之下〈神会传〉载：
因洛阳诘北宗传衣（按：传承祖传袈裟）之由，及滑台演两宗真伪，与崇远等持论一会，具在《南宗定是非论》中也。便有难起，开法不得。
然能大师灭后二十年中，曹溪顿旨沉废于荆吴，嵩岳渐门炽盛于秦洛（按：原作‘嵩岳’，此从宗密《圆觉经略疏钞》卷四）。普寂禅师，秀弟子也，谬称七祖，二京法主，三帝（按：此当指唐中宗、睿宗、玄宗）门师。朝臣归宗，敕使监卫，雄雄若是，谁敢当冲？岭南宗徒（按：原作‘途’），甘从毁灭……
荷泽（按：指神会）亲承付属，［讵］敢因循？直入东都，面抗北祖，诘普寂也。龙鳞虎尾，殉命忘躯。侠客沙滩五台之事，县官白马；卫南卢、郑二令文事，三度几死。商旅缞服，曾易服执秤负归。百种艰难，具如祖传（按：此当宗密《禅门师资承袭图》中所说的《祖宗传记》）。
引文中除了有关神会遭难的记述因文字过于简略不好理解外，其它还是比较清楚的。
根据这段记述，神会在应兵部侍郎宋鼎之请正式入洛阳之前，曾到洛阳与北宗的人辩论过，而在滑台大云寺与北宗僧人的辩论是规模最大的一次。在玄宗之时，以普寂为首的北宗受到朝廷的尊崇和保护，在秦洛两京广大地区很有势力。他们对于神会的诘难、批评予以回击，使神会三度几乎丧命。具体起因是：侠客之事（沙滩、五台，意不明，或许是发生事情的地方）、滑州卫南县（今河南滑县与濮阳之间）卢、郑二位县令文书之事。为这些事或被送往白马（滑台）县衙遭受官司（古代“县”、“悬”相通，“县官”或即“悬官”，意为身陷县衙，久处不决），或直接受到人身迫害，前后三次几乎死去。“商旅缞服，曾易服执秤负归”，大概是过往商旅发现受害的身命垂危的神会，给他换上衣服，自穿丧服把他背回去。从宗密的文意来看，神会受迫害的背景是北宗所为。因此，在神会正式入住洛阳之前，曾有一段时期不能继续传法，《圆觉经大疏钞》所说“便有难起，开法不得”，当即指此。
神会因在朝廷士大夫之间传法逐渐出名，天宝四载（745）应兵部侍郎宋鼎之请入住洛阳荷泽寺，此后被称人为荷泽神会、荷泽大师。他在荷泽寺仍经常向僧俗信徒传南宗禅法，批评北宗禅法。《历代法宝记》记载：
东京荷泽寺神会和尚每月作坛（按：原作‘檀’）场，为人说法，破清净禅，立如来禅；立知见，立言说，为戒定慧，不破言说。云：正说之时即是戒，正说之时即是定，正说之时即是慧，说无念法，立见性。
引文所说的“清净禅”即北宗的观心看净的禅法，所谓“如来禅”是指慧能的南宗禅法。据《南阳和尚问答杂徵义》，神会与志德法师、门人蔡镐都说过如来禅，无非是“无念”、“无住”，领悟自性本来清净。在《南宗定是非论》中也提到如来禅。关于重视“知见”，在《坛语》中也多有记载。至于“立言说”，在现存神会文录中虽不见记载，但他在说法中重视《金刚经》，反复宣传诵持此经的功德。引文中的“正说之时即是戒……”，也不见于现存的《坛语》等语录之中。
神会以荷泽寺为中心，继续与北宗论战。《历代法宝记》记载：“天宝八载中，洛州荷泽寺亦定宗旨”，当是有根据的。神会还有针对性地建立慧能的灵堂，立碑宣示禅门六代祖师的世系。《宋高僧传》卷八〈慧能传〉载：
会于洛阳荷泽寺崇树能之真堂，兵部侍郎宋鼎为碑焉。会序宗脉，从如来下西域诸祖外，震旦（按：指中国）凡六祖，尽图缋其形。太尉房琯作《六叶图序》。
这里所说的中国禅门六祖自然是菩提达摩—慧可—僧璨—道信—弘忍—慧能，是否认北宗以神秀或法如为继承弘忍之后的六祖的。神会在慧能灵堂内除撰文记述六祖事迹外，还配有绘画，立着兵部侍郎宋鼎撰写的碑，太尉房琯为此撰写关于禅门六代祖师的文字。据宋赵明诚《金石录》卷七，宋鼎（误作“宋泉”）所撰为《唐曹溪大师碑》，时间是天宝十一载（752）二月。由于神会的积极传法，人们对曹溪慧能及其禅法有了更多的了解，信徒也日增。《宋高僧传·神会传》说：“致普寂之门，盈而后虚。”《圆觉经大疏钞》卷三之下说：“曹溪了义大播于洛阳，荷泽顿门派流于天下。”虽然有些夸张，但也反映了南宗在北方迅速发展的事实。
神会在北方弘传南宗并非是孤立的行动，与他同时在各地推广南宗的还有慧能的其他弟子，例如南岳怀让（677—744）及其弟子马祖道一（709—788）在现在的湖南、江西；青原行思（671—738）及其弟子石头希迁（700—790）在现在的江西、湖南，还有如《历代法宝记》所记载的范阳到次山的明和尚、太原府自在和尚，也传慧能的“顿教法”。其他还有一些，如《景德传灯录》卷五所载，有韶州法海、吉州志诚、匾担山晓了、河北智隍、洪州法达、寿州智通、江西智彻、信州志常、广州志道、永嘉玄觉、司空山本净、婺州玄策、曹溪令韬、南阳慧忠等。