对“南方宗旨”和修改《坛经》的批评
慧忠从一位来自南方的禅僧（即“南方禅客”）那里得知南方的禅僧传法的情景：
彼方知识，直下示学人，即心是佛，佛是觉义。汝今悉具见闻觉知之性。此性善能扬眉瞬目，去来运用，遍于身中，挃头头知，挃脚脚知，故名正遍知。离此之外，更无别佛。此身即有生灭，心性无始以来未曾生灭。身生灭者，如龙换骨，蛇脱皮，人出故宅。即身是无常，其性常也。南方所说大约如此。（《景德传灯录》卷二十八）
慧忠认为这种说法已经离开佛教的基本教义，并使他联想到自己到各地游方的见闻：
若然者，与彼先尼外道无有差别。彼云，我此身中有一神性，此性能知痛痒，身坏之时，神则出去，如舍被烧，舍主出去。舍即无常，舍主常矣。审如此者，邪正莫辨，孰为是乎？
吾比游方，多见此色，近尤盛矣。聚却三五百众，目视云汉，云是南方宗旨。把他《坛经》改换，添糅鄙谈，削除圣意，惑乱后徒，岂成言教！苦哉，吾宗丧矣！若以见闻觉知是佛性者，净名不应云：法离见闻觉知。若行见闻觉知，是则见闻觉知，非求法也。（《景德传灯录》卷二十八）
南方禅客所介绍的“南方宗旨”主要有两点：一是认为“即心是佛”中的“心”（心性）与“见闻觉知”（也就是佛教所说的“妄心”，即人们平常的意识和精神活动）是等同的，离开平常的“见闻觉知”也就没有佛；二是认为人的心、心性也就是灵魂，相对于有生灭的肉体来说它是永恒的，在人死亡时它可以脱离人的肉体。
慧忠认为这种观点与《大涅槃经》所载佛批评的“先尼外道”的“身常我”的观点（见该经卷三十九）是一样的，是颠倒是非、混淆邪正之论，并批评南方禅僧把这种观点加到《六祖坛经》当中，歪曲了“圣意”，是不能容忍的。他所引的佛经是《维摩诘经·不思议品》，原文维摩诘（净名）居士的话应是：“法不可见闻觉知，若行见闻觉知，是则见闻觉知，非求法也。”这里的“法”相当于真如法性，自然也可以解释成佛性。慧忠也主张“即心是佛”，因此他对此话本身并不批评，他批评的是把心、心性看作是“见闻觉知”的见解。他认为把佛性看成就是人们平常的见闻觉知，看做是与真如（真如之心，真心）相对的“妄心”，是歪曲了佛经的原意。他说：“菩提、涅槃、真如、佛性，名异体同；真心、妄心、佛智、世智，名同体异。缘南方错将妄心言是真心，认贼为子，有取世智称为佛智，犹如鱼目而乱明珠。不可雷同，事须甄别。”（《景德传灯录》卷二十八）[44]他认为，这种观点的错误在于没有真正认识一切皆空的道理，如果认识到“阴、界、入”（可以看做是一切物质的和精神的现象）皆空、身心空寂，没有“一物可得”，便不会有上述见解。他是主张“身心一如”的，身心皆为佛性，并且皆为空寂“不可得的”。
据《景德传灯录》卷五〈志道传〉，慧能的弟子志道曾有过类似观点，认为人的“色身”（身体）无常，但“法身”（相当精神）永恒，遭到慧能的批评后，他“作礼而退”。然而慧忠批评的不会是志道，而很可能是怀让的弟子马祖道一。马祖先在南康（治所在今江西赣州），大历（766—779）年间到到洪州（治所在今江西南昌）传法，他不仅主张“即心是佛”，而且主张“心外无别佛，佛外无别心”；“凡所见色，皆是见心”（《景德传灯录》卷六〈道一传〉）；“平常心是道”，“一切法皆是心法”（同上）。[45]在这里，马祖立足于般若不二法门，不强调曲别真心与妄心，真如与万法，而是认为人们的生活日用不离菩提，平常的心识和精神都是佛性，都是成佛之因。宗密在《中华传心地禅门师资承袭图》卷二对以马祖为代表的洪州宗禅法作了这样的介绍：“洪州意者，起心动念，弹指动目，所作所为，皆是佛性全体之用，更无别用。全体贪瞋痴，造善造恶，受乐受苦，此皆是佛性。……如一念命终，全身都未变坏，即便口不能语，眼不能见……故知能言语动作者，必是佛性……”据此，马祖及其法系的人是认为日常驱使人们思虑、感受、动作的意识和精神活动都是佛性的作用，除此之外没有别的称做佛性者；人死之后，即使身尚未腐烂，但因佛性已经离身，便再也不能有任何言语行动了。这不正是慧忠所批评的观点吗？然而，能够说马祖的主张没有经文根据吗？《维摩经》本来就以强调不二法门著称，而按照不二法门来考察问题的伸缩性本来就很大，又何况其〈佛道品〉有“一切烦恼皆是佛种”、“一切烦恼为如来种”等说法呢！
从禅宗史书记载来看，慧忠与马祖法系的人是有来往的，例如马祖的弟子蒲州麻谷山宝彻、伏牛山自在两位禅师就曾参访过慧忠。他听自在禅师说马祖用“即心即佛”教示学人时，表示说：“是什摩话？”当听说马祖还说过“非心非佛”、“不是心，不是佛”时，便勉强表示认可，笑说：“犹较些子。”（《祖堂集·慧忠传》）意为还差不多。伏牛自在禅师问他是如何主张时，他以字谜回答：“三点如流水，曲似刈禾镰。”前一句是“心”字上的三点，后一句是“心”字下面的一捺，共同组成“心”字，表示他也主张“即心是佛”。关键是对“心”的理解。慧忠反对把日常的“妄心”看作佛性，并反对把身、心（佛性）绝然公开，认为不仅认为众生有心，有佛性，而且无情之物，包括肉体本身也有（甚至“是”）佛性，是佛身。他曾对南方禅客说：“我之佛性，身心一如，身外无余，所以全不生灭；南方佛性，身是无常，心性是常，所以半生灭，半不生灭也。”（《祖堂集·慧忠传》）当然，他批评的对象不仅是针对马祖及其弟子的，也是针对其他持类似观点的禅僧的。
至于慧忠批评有人修改《六祖坛经》，笔者在《敦煌新本六祖坛经》后附的论文中已作了探讨，这里不再赘述。[46]
慧忠死于大历十年十二月九日（已进入公元776年），不知年岁，《宋高僧传》本传谓其“期颐之年”，意为百岁，暂且存疑。代宗派中使临吊，敕谥号曰大证禅师，诏丧邓州党子谷香岩寺。弟子有吉州耽原山应真、长安千福寺志诚、光宅寺智德、邓州香岩寺道密等，据载达万人。《景德传灯录》卷十三把唐肃宗、代宗、开府（误作“开封”）孙知古也作为慧忠的弟子。据《金石续编》卷十四，慧忠著有《般若心经序》，讲“心”为万法之源，“但了心地，故号总持；悟法无生，名为妙觉”。宋代大中祥符二年（1009）被书刻成碑。