神会对北宗禅法的批评
神会把从达摩到慧能的禅法称为“如来禅”。所谓“如来禅”的提法是源自南朝宋译《楞伽经》卷二，认为是大乘最高禅，以达到如来境地，体认空、无相、无愿“三解脱门”，并且普度众生为使命。慧能的弟子之一玄觉（665—713）所著《永嘉证道歌》中有云：“顿觉了，如来禅，六度万行体中圆”，认为此禅具足大乘一切修行功德。唐宗密《禅源诸铨集都序》卷一说禅有浅有深，有外道禅、凡夫禅、小乘禅、大乘禅、最上乘禅（亦名如来清净禅）。从他对如来禅的解释可知，这种禅与《楞伽经》所讲的如来禅已经有所不同，实际上就是神会所反复宣说的顿教无念禅法。禅会在传教过程中从正面宣传南宗顿教禅法的同时，从反面批评北宗的禅法。
北宗的代表人物神秀的禅法可用“观心看净”四字概括，如其《观心论》说：“唯观心一法，总摄诸法”，主张通过坐禅观心“除三毒”，“净六根”，使佛性显现。记述他的禅法的《大乘无生方便门》着重讲坐禅看净。慧能在时已经对此进行批评，《六祖坛经》说，“起心看净，却生净妄”，“看心看净，却是障道因缘”。
神会的直接对手是神秀的弟子普寂、降魔藏（《宋高僧传》卷八有传）等及他们的门徒。他们的禅法基本上是沿袭神秀的传授。他们在北方很有势力，到处“说禅教人”，影响很大。《南宗定是非论》记载：
远法师问：……今日天下诸州近有数百余人，各立门户，缭乱教人者，从谁下出？和上答：从秀禅师已下出。将有二十余人说禅教人，并无传授付嘱，得说只没说；从二十余人已下，近有数百余人说禅教人，并无大小，无师资情，共争名利，元无秉承，乱于正法，惑诸学道者。
神会在这里批评的主要着眼点是他们没有得到正统的“传授付嘱”（无祖传袈裟为法信）。
当神会批评北宗禅法时，北宗崇远特别提到普寂和降魔藏的名字并简单地介绍了他们的禅法，说：
嵩岳普寂禅师、东岳降魔藏禅师，此二大德皆教人坐禅：凝心入定，住心看净，起心外照，摄心内证。指此以为教门。（《南宗定是非论》）
这十二字的大意是：控制精神，入定观心看净，通过起心观想四方上下、内外远近，最后达到眼耳鼻舌身意“六根”清净，使本具的佛性显现。
对此，神会依据南宗的顿教无念的禅法理论从两方面进行批评。
第一，用“不二”的理论批评北宗教人控制身心入定的做法。一方面说这种坐禅方法是“调伏心”（抑制精神），同时又说如果不凝心入定，不住心看净，则是“愚人法”。正确的做法应是采取不偏执任何一方的不二法门，说：
离此调伏、不调伏二法，即是能禅师行处。是故经文：心不住内，不住外，是为宴坐。如此坐者，佛即印可。从上六代已来，皆无有一人凝心入定，住心看净，起心外照，摄心内证。是以不同。（《南宗定是非论》）
“调伏心”、“不调伏心”和“心不住内，亦不住外，是为宴坐”等出自《维摩经》的〈文殊师利问疾品〉和〈弟子品〉。前一段引文的大意是说，如果反对抑制身心（调伏心）坐禅，是愚人的做法；但反过来一味执著坐禅，则是小乘（“声闻）的做法，“是故菩萨不当住于调伏、不调伏心，离此二法是菩萨行”。禅会引用此经文字的目的是批评北宗的强调控制身心的坐禅方法仍没有超出小乘的局限；但同时又不主张彻底否定坐禅的修行方法。他认为慧能开创的南宗禅法是超出两者之上而采取中道不二立场的禅法。后一段引文是维摩诘批评佛的弟子舍利弗选择清净的树下坐禅的话，大意是说，坐禅（“宴坐”）不必脱离世俗生活，也不必选择寂静的场所和采取特定的形式，“心不住内，亦不住外”，“不断烦恼而入涅槃”都属于坐禅。这正是神会所主张的。神会进一步说：
今言坐者，念不起为坐。今言禅者，见本性为禅。所以不教人坐身住心入定。若指彼教门为是者，维摩诘不应诃舍利弗宴坐。（《南宗定是非论》）不管坐禅还是不坐禅，关键是能否做到“念不起”（无念）和“见本性”。按照神会的说法，北宗禅法固守传统禅定形式，修行重视从浅入深的程序和层次，而不是“直了见性”，体悟“不二”之理的顿悟。
第二，用“定慧等”、“无念”的理论批评北宗禅法对达到觉悟有障碍。据《南宗定是非论》记载，他认为，真正的坐禅应与无形无相的“真如”相应，既不观想四大颜色，也不观想内外远近，既无“作意”，又无“不作意”，是一种无念的状态，如果“有出定入定及一切境界，非论善恶等，皆不离妄心，并有所得；以有所得，并是有为，全不相应”；北宗的“凝心入定”禅法，不仅不与“菩提”相应，而且是障碍觉悟的，指出：“但一切时中见无念，不见身相，名为正定；不见身相，名为正慧。”
南宗重“心”，神会更重“知”，不仅认定“定慧等”，而且认定戒、定、慧“三学等”。他在《坛语》中说：
妄心不起名为戒，无妄心名为定，知心无妄名为慧。是名三学等。
所谓“妄心不起”、“无妄心”和“知心无妄”，实质上都是“无念”的不同表述。可见，“三学等”是等在无念之上，也可以说是等在与无念相契合的“知”或“慧”之上。北宗神秀、普寂等人的禅法把戒定慧看作是彼此独立的三学，戒是“诸恶莫作”，是各种防非止恶的戒条规范，此且不论；他们把定、慧关系看作是“先定后慧，以定发慧”，认为只有通过禅定才能引发智慧，禅观又以内外、染净、迷悟等的对立面的存在为前提，然后把心、内、净置于主导地位，进行观心看净的自我净化的精神修行活动。神会在《坛语》中表示，佛性的“空寂”的本体上是有“知”的，从它能分辨世间事物来说是慧；从它对一切不作“分别”，无所好恶、取舍来说是定。如果修习北宗禅法，去“凝心入定”，就要执著非善非恶的“空”（无记空），受到束缚，是得不到智慧的；如果起定以后通过思辨事物得到智慧，那么此时则无定。这样必定是把定、慧分离，达不到解脱。如果能够按照南宗禅法修行，“一切善恶，总莫思量”，不修凝心入定，也不观心看净，才能真正做到无念，达到解脱。
最后应当指出，在神会身上有两个不可克服的矛盾：一是理论与生活实践的矛盾。如果按照他的“无念”禅法理论，应当不念是非、善恶、无所取舍，但他却以“不惜身命”的无畏精神与北宗辩论是非、邪正，争夺禅门正统地位。这虽可用“俗谛”、“方便”的理论加以解释，但实际上问题并未解决。二是理论体系内部的矛盾。虽然主张“无念”、“不取于相”、“不念善恶”，说梁武帝“造像写经”没有功德，但却不厌其烦地宣传听闻、书写、受持、读诵《金刚般若经》的功德（在《南宗定是非论》的后半部分占有很大篇幅）。从我们来看，存在这种矛盾并不难理解。神会当时与北宗辩论，争夺势力范围，不得不反复从理论上论述南宗禅法的高明，而要在广大僧俗民众中传教，就不能不宣传普通人都容易听懂的善恶功德之类的教义。因为《金刚经》不仅为南宗禅法提供重要理论依据，并且从唐初以来在社会上特别流行，所以他很自然地把宣传诵持《金刚经》的功德置于十分突出的地位。