脱颖而出得深造 大师指点益启智
由于医疗工作业绩突出、医德高尚、医风端正、服务热情，李军多次被评为先进工作者，先后入了团、入了党。1976年12月他被推荐进入陕西中医学院深造，开始了系统的科班学习阶段。上学期间，他一边刻苦学习医学课程，成绩优秀（毕业外科考试成绩竟达满分）；一边还担任学院团委宣传委员，负责班级及团委的黑板报、壁报的撰稿书写宣传工作。每次由他主办黑板报时，多种娟秀的粉笔字体总能吸引一群围观的师生，成为学院当时一道风景线。此外，在课余时间，他常常钻进图书馆研读历代前贤医案。他认为中医学是一门实践性非常强的学科，前贤医案是理论与临证的结晶产物，细细品味无疑会增强对现阶段中医理论学习的深入理解。他在研读前贤医案过程中，每遇经典医案都要抄录下来，细心揣摩其辨治精要，并写下自己的心得体会，以加深印象。日积月累的研读，使他对学习前贤医案的学习方法有了更加清晰的认识。他系统归纳整理了研读前贤医案时的要点：一是细心分析写作特点（计有正叙式、倒叙式、夹叙夹议式、直叙式、简叙式等），二是深刻领会诊治要点，三是善于识别玄虚之词，四是精读与泛读要有机结合。这样一来，李军对课堂上的理论学习更加认真，体会也更加深刻。1978年初夏，他聆听了张学文教授的“活血化瘀法临床应用”学术报告，深有感触。会后，他将张教授学术报告中所列举的病案进行了认真研读，从分析病因病机、使用理法方药、探讨用药经验等方面逐一添加按语，后辗转送至张教授手中。时任医疗系主任的张学文教授见到他的病案分析后大为赏识，认为该学生悟性高，分析能力和文字组织力强，是个有培养前途的好苗子。随后，张教授将他多年来收集记录临证病案的笔记本都交给了李军，让他学习整理。李军如鱼得水，一则感激张教授对自己的信任，二则庆幸能获得学习聆教的机会。此后，在课余时间他全身心地投入到了医案文稿的整理之中。李军先后整理出110余个张教授诊治的典型血瘀证病案，添加按语后请张教授指点错漏之处。他在每次聆听张教授教诲后反复对文稿进行修正，并遵从张教授的指点认真研读了唐容川的《血证论》及王清任的《医林改错》等名著。在此过程中，他对血瘀证和活血化瘀法的应用理论有了更进一步的深入认识，并从中体悟到了活血化瘀法的精妙所在。根据学习心得，他汇总探析历代先贤及张学文教授的治瘀之法，总结出了活血化瘀十种常用治法：理气祛瘀法、温经化瘀法、清热化瘀法、祛风化瘀法、化痰活血法、渗湿活血法、攻下化瘀法、养阴化瘀法、补气化瘀法、祛瘀止血法。
在此基础上，李军继续协助张学文教授整理临床医案、医话、学术报告讲稿，在本科阶段协助张老出版了《瘀血证治》一书。
通过以上的学习总结和大师的谆谆教诲指点，李军对中医基本理论的理解、对辨证施治的理法方药应用以及临证辨治经验有了质的飞跃，这为他日后在中医学术上及临床技能上的提升奠定了坚实的基础。
俗话说，功夫不负有心人。1979年10月本科毕业时，200多名学生中只有十余人留校任教，李军便是其中之一。留校工作后，他不满足于现状，深感自己理论功底还不扎实，渴望能够继续深造。于是他一边在内科急诊工作，一边积极准备报考研究生。1981年他又以优异的成绩考取了母校的温病专业研究生，师从张学文及郭谦亨教授。在读研期间，他在多位名师大家的教导下，在攻读硕士学位课程的同时，深入系统地精读了《黄帝内经》《伤寒论》《金匮要略》《温病条辨》《瘟疫论》《临证指南医案》《温热论》等名著，他常常被中医经典理论的精彩论述所折服，并每有心得便做读书笔记，条分缕析，以不断夯实自己的中医基本理论基础。他在学习中医经典理论时，常常带有探索精神，力求从字里行间读出蕴含的深义，并将各家学说进行纵向和横向比较，结合作者所处的时代特征、中医文化的历史变迁、中医学术受当时哲学思潮的影响等情况，来综合评价其学术价值。他认为只有这样才能更好地传承发展中医学。
例如，他在研读《黄帝内经》（以下简称《内经》）时，发现《内经》中对脑的生理病理在不同篇章中均有散在论述，涉及脑有主管精神、意识、思维、触觉、痛觉等功能，但却强调“心主神明”，仅将脑列为奇恒之腑。带着这些疑问，他将《内经》中有关脑的论述一一摘录成卡片，以便日后进行更加深入的理论探讨。正是这些资料的积累，为他日后在学术上倡导“脑当为脏论”“脑的生理病理新说”积淀了理论支持。
又如，他在研读《金匮要略》时，将读书笔记整理为《〈金匮〉论瘀证病机初探》，发表于1983年第3期《陕西中医学院学报》上。
在研读叶天士《温热病篇》时，对先贤叶氏所论“先安未受邪之地”一语深有感触，他将读书笔记整理为《先安未受邪之地刍议》，发表于1984年第7期《新中医》杂志上。文中先从“怎样先安未受邪之地”议起，一要“未病防病”，二要“已病防传”；然后论及“先安”应注意的问题，一要勿闭门留寇，二要勿开门揖盗。文笔流畅，所言皆为深切感触而发。
他在研读中医四大经典著作时，因书中言及“粗工”“失治误治”给患者造成的伤害而感触颇深，为此他对文中论述的有关“失治误治”篇章逐一归纳整理，结合现实医疗实际情况条分缕析，撰写了一篇《中医的医源性疾病》论文，发表于1983年第1期《陕西中医学院学报》上。文中，他统计《伤寒论》对论述六经病变的326个重要条文（据全国高校《伤寒论选读》第3版教材载）中，竟有67个条文是专为或涉及有关“中医医源性疾病”的论述。他对中医医源性疾病的概念、成因、预防措施等方面，从医者的个人悟性、学识水平、辨证论治思维能力等层面和不同角度进行了全面剖析，为预防中医医源性疾病长鸣警钟，时至今日阅读此文对后学者来说仍具有新意。
在研究生就读期间，李军不仅更深入系统地学习了中医经典医籍，而且对导师张学文教授的温病学学术思想和临床经验进行了认真的学习和总结。他总结道：张老对急症温热病的诊治，在学习叶天士、薛生白、吴鞠通、王孟英等温病学家有关温病学理论的基础上，继承前贤的学术观点，结合自己临床经验，率先提出自己的独到见解，主张重视“毒”在温热病病因病机中的作用，指出热毒与血搏结为瘀，存在于温热病卫、气、营、血各个阶段，不为营血分所独有；独创“毒瘀交结”理论，总结出八种清热解毒、活血化瘀之法，可酌情贯穿应用于卫、气、营、血的各个阶段之中。此外，他还整理了张老有关内科急症学、颅脑水瘀证理论等资料，这些内容在后来出版的《瘀血证治》（修订版）、《疑难病证治》、《张学文医学求索集》等书籍中均成为主要部分。因为这些突出的表现，1985年初研究生毕业后，李军又顺利留校在内科教研室开始了医、教、研工作。