从历史观来看中医药的科学属性
稍有历史常识的人都不可否认中医药学是中华五千年文明的重要体现。从《黄帝内经》到《伤寒论》，从神农氏尝百草到李时珍的《本草纲目》，乃至现代中医药科研的累累硕果，都业已证明中医药学已经发展成为一座宏大的医学宝库。现代科学的每一次兴盛和发展，不仅没有抹杀掉中医，相反却更深刻地揭示了中医药学的科学内涵。
中国古代的哲学成就了一套人类思维的完整体系，而中国传统医学则是其在医学实践上的结晶。中医的“藏象学说”就是充分利用了中国古代哲学的智慧，集中反映了中医对人体生理病理的认识。有人把这种认识方法归类到“黑箱理论”或“灰箱理论”，这是颇有道理的。
在医学研究上，西医理论以精确、局部、解剖等为主要特征，讲究实证，与“白箱理论”相类似；与此相对应，中医则讲究辨证、整体、循环，讲究经验推衍，与“黑箱理论”或“灰箱理论”相类似。由于“黑箱”或“灰箱”过程难以控制，化学成分表达非常复杂甚至很难表达，这就造成了西医与中医在科学属性上的差异。事实上，用西医标准来衡量中医，本身就是谬论。
在现代控制论中，研究非线性系统时，多用黑箱或灰箱辩证法则。所谓黑箱理论，是对尚不知道内部结构的物体，通过看到或测量到的输入和输出信息而加以认识的系统。所谓灰箱理论，是对粗略知道一点关系来进行推断认识的系统。控制论常常把我们研究和控制的对象看作一个黑箱，它的内部结构和性能是未知的，有待去研究。研究黑箱的一种办法是打开黑箱，例如化学家提纯物质将其分解成各种元素、生物学家解剖动物与植物、工程师把机器拆成零件等。这确实是一种认识事物的有效途径。但是，在打开黑箱的过程中不干扰黑箱本身结构的那种黑箱是不多的。而且打开了黑箱，会发现它原来也是由一些小黑箱组成的。自然界是不可穷尽的，打开了一个黑箱只标志着我们认识到了事物的某一层面。在任何特定的条件下，人们在认识事物的过程中总是不得不跟一些当时还不能打开的黑箱打交道。控制论注重在不打开黑箱的条件下，建立一套科学的研究方法。中医正是把人体当作一个黑箱来研究的。
例如，人体的重要脏器多在头颅、胸腹腔内，好像深藏在柜匣内的珍宝一样，是一个整体不能随便打开分离来看的。中医采用由外表推测体内，从病变表现推知无病时的生理作用的方法，来认识人体脏腑的功能——这就是中医总结“藏象学说”的思想方法。
《素问·玉机真脏论》说：“善者不可得见，恶者可见。”人体正常生理状况下，所反映的各脏腑的信息，常难显示出各自的特殊功能；只有在异常的病况下，才较易获知某脏腑的功能作用，故中医将所观察到的病理信息与正常生理功能对照而加以综合分析，或采用类比演绎法反向推导其生理功能以逐步完成对脏象的认识。
如风寒伤肺而引起咳嗽时，患者可兼有畏寒、发热、鼻塞、流鼻涕等证候，从而推断在生理情况下肺是与皮毛相联系（肺主皮毛），且肺的外窍在鼻（肺开窍于鼻），等等。这种凭“望、闻、问、切”四诊观察外部证候表现而推断体内脏腑病变的经验，《素问·阴阳应象大论》曾做过深刻的概括：“以我知彼，以表知里，以观过与不及之理，见微得过，用之不殆。善诊者，察色按脉，先别阴阳，审清浊而知部分；视喘息，听声音，而知所苦；观权衡规矩，而知病所主”。
中医对中药药性的认识和对针灸经络的认识，同样类似于黑箱-灰箱理论的认识方法。现在来看中医用药（或针灸）如何准确地调节人体功能：比如中药丹参（黑箱A，有效成分不清楚，中医称为活血化瘀药），当患者颜面青紫时（黑箱B，为什么青紫，不清楚），当A输入B时，那种X类型的瘀血就消退了。如此类推，C输入D，Y的问题解决了；或E输入F，Z的病情更加严重，甚至死亡了。通过几千年来这种万亿次在真实患者身上的模拟和反馈调节，就形成了这种有别于西医而临床上却十分有效的临床医学处理体系。不断地根据实际情况来做反馈调节，是实践出真知的法宝。治愈、中毒或死亡，正反两方面的教训，都被记载下来加以总结。中药、针灸是否有效的试验，全部在患者身上进行。现在看来，药物不经过动物实验就用在人体身上是不符合道德的。但在远古时代，这却是唯一的办法。在与病魔做斗争的过程中，人们完全是“摸着石头过河”。古书说：“神农尝百草，一日而遇七十毒。”就是用人体作为药物是否有毒试验的写照。通过观察黑箱整体输入输出的不断反馈调节，毒性和副作用就用增减药物或用量的办法降低和消除，这就由单味用药逐渐演变成多味用药的过程，经临床实践反复验证，最终形成了比较固定的方剂，“君、臣、佐、使”一应俱全。西医虽然按药理学常常无法测出中药及中药方剂的有效成分，这不过是目前的西医方法无法做到的事情，但按中医理论将中药用在临床是肯定有效的。
辨证论治是中医临床治疗理论的精髓，现在让我们再来分析一下中医是怎样采取一种不打开黑箱来调节人体进行辨证论治的。辨证论治中的受控量（或被调查量）基本只限于症状变量系统，而症状变量系统在被调查过程中是可以在不干扰人体正常生命活动的情况下建立的。在对人体内部构造的认识中，与西医采用解剖学等打开黑箱的方法了解人体内实质性系统、器官不同，中医的脏象、气血、经络等学说采用综合症状变量系统变化的方法，建立了一个易于从外部进行控制的人体构造模型。在基本调节法上，中医以阴阳学说为中心，广泛地采用了负反馈调节法。
中医在治疗功能异常的疾病方面远远领先于西医，实在归功于不打开黑箱的研究方法。在模拟人体黑箱功能和根据输入输出做精确的反馈调节的技巧，达到了出神入化的地步。由于社会的发展、人类生活习惯和环境造成的疾病谱改变，功能异常的疾病凸现出来，因而当今的中医得以在世界范围内大派用场。这样，中医学方法就准确地实现了黑箱理论的基本原则，这也是中医治疗许多疾病，远胜于西医的地方。
中医以数千年亿万患者的疾病和生命做临床试验，从而不断积累并总结出一套行之有效的治疗理论和方法。现存的10多万种中医古籍（约占中华古籍的三分之一），成为后人健康医疗取之不尽的宝库。中医认识人体生理病理的方法与现代控制论中黑箱-灰箱理论相类似，足以证明历代前贤的聪明才智是何等的出类拔萃。
既然现代科学控制论认为黑箱白箱都是研究事物的有效科研方法，并且实践证明各有长短，那就没有必要认为只有西医的白箱+经典科学的方法才是研究医学问题的唯一正确方法。诋毁中医的所谓“科学斗士”将自己的无知反说是中医的错误，并还声称高举科学的大旗，实在是对科学态度的讽刺。
基于以上利用现代科学控制论对中医药科学属性的分析，我们再来从哲学角度分析一下中医“阴阳五行”的科学内涵。
古代的阴阳学说引进中医学领域的时候，已经不仅仅是对立统一、一分为二的矛盾法则，也不再限于“天地之道”的宏阔无着，更不同于算命的阴阳先生的把戏，而是和人体的脏腑、气血、形体结构、生理功能、病理变化、诊断技术、药物性味、治疗法则等进行有机结合，几乎“无处不在”。而且，阴阳学说进入人体这一复杂领域，就演化成了三阴三阳的六经体系，使阴阳学说不再是“用古代汉语写成的唯物辩证法”，而是把阴阳的性质差别与三阴三阳数量的分歧，完美结合，成为质量与数量结合在一起的学说。
五行学说进入中医学领域，不同于八卦所代表的纯自然物质元素，而是把金、木、水、火、土赋予了中医系统结构论的具体概念，把时间的春夏秋冬的不间断发展、回归，与东西南北中、天之五气、地之五味、人之五脏，贯穿起来，融为一体，使天地万物动态、和谐、平衡相处，成为生克制化、无时不在、无处不在、时空结合的完美学说。
这些哲学思想较早地被中医学吸收，并牢固地与基本理法内核结合在一起，给原始医学以系统的世界观和方法论，使其更为系统和完善，这也是使中医学摆脱巫术，成为科学的重要因素。