二、学术贡献
1.经络腧穴
（1）经络理论
经络学说本是独立于针灸疗法之外的理论体系，其产生年代尚不清楚，马王堆出土帛书中仅对十一条不同的“脉”做了简单的描述，但在《黄帝内经》中，经络学说已经基本成熟和相对完整。以十二经脉的气血循环流注为基本框架的经络学说构建了一个既抽象又具体、既思辨又直观、既确定又模糊、既系统又独立的人体内部联络模式，正是经络把全身的脏腑器官、四肢百骸、皮肉筋骨、气血津液、内外上下等联系成一个统一的有机整体。经络气血营运全身内外，协调阴阳，维持人体功能的相对平衡，经络学说也因此贯串于中医学理论的生理、病理、诊断和治疗等各个方面。《黄帝内经》中确立的经络学说不仅为针灸疗法确立了理论上的依据和实际应用上的指导，实际上也成为整个中医学理论体系的主体结构。
《黄帝内经》还提出了根结、标本、气街、四海等理论，其中根结与标本理论主要反映了人体不同部分之间的纵向关系，气街与四海则主要反映了人体不同部位的横向联系。它们是对十二经脉等理论的补充，对指导临床辨证和用穴均有重要意义。
（2）腧穴理论
穴位曾是一个不与经络相连属的独立系统，《黄帝内经》中记载的“以痛为腧”明确揭示了早期穴位的确定方法和应用要点。在《黄帝内经》时代，金属九针的应用和毫针刺法的发展极大地促进了穴位概念的成熟。《灵枢·九针十二原》所言“节之交，三百六十五会……所言节者，神气之所游行出入也，非皮肉筋骨也”，是对腧穴的概念及作用的明确论述。不仅如此，穴位的主治范围不断扩大，开始出现了不同的类别，如五输穴、十二原穴、热俞五十九穴、水俞五十七穴、五脏背俞穴等。特别是在医学理论融合的过程中，经络学说被确立成为整个医学理论体系的主体框架，穴位则附庸于经络系统，成为经脉中运行气血的关键部位，这是穴位发展的重大进步。经穴本身即是根据经脉循行部位和经络病候加以归类的类穴，而经穴的产生进一步导致了相关类穴的增多，如十二经经穴、十二经别（络）穴、六府下合穴、六阳经原穴等。通过对穴位部位和主治内容的择要归类，辨病取穴、循经取穴和对症取穴等针灸施治方法因此具有了广泛而实际的临床意义。
2.刺法灸法
（1）九针
《黄帝内经》对九针的形状和功用做了详尽的论述。九针的出现当与冶金术的发明有关，医疗实践的进步则为九针的应用提供了可能。九针中有些针具并不适合于深刺穴位和施行复杂的针刺手法，员针和鍉针在应用时要求不伤皮肉，实际上是按摩用具。而铍针用于排脓，大针用于泄水，锋针用于泻热放血以治疗痼疾，其临床应用也只是砭石切肿排脓功能的继续，明显应归属于外科。然而，针具的发展却构建了针刺疗法理论体系的实践基础。九针中的镵针浅刺泻气而不泻血，是对砭石刺法的修正。员利针、毫针、长针则可以深刺，扩大了全身各部的针刺取穴，客观上也促进了腧穴概念的深化。特别是毫针最细，刺入后可以留针，能够针对经气的有余不足进行调整，改变了砭石和九针中其他针具只在病变局部施术以祛除病邪的单纯外治方式。在《黄帝内经》时代，各种医疗手段并存，砭石虽仍在应用，但已逐渐被九针所取代。
（2）毫针刺法
九针中的毫针具有扶正和祛邪的双重功能，因此适应了针刺疗法发展的需要，得以在临床上广泛应用，毫针开始取代九针，毫针刺法也逐渐成为《黄帝内经》时代的主要针刺方法。《黄帝内经》进一步把针灸疗法作为临床施治的主要手段，提出了调整阴阳、运行气血、祛邪安正、因时制宜等总体治疗原则，确立了治神、调气、补虚、泻实、刺经、刺络、灸刺并用等基本治疗大法，并且把毫针刺法理论化和体系化，发展了各种只能应用毫针进行操作的针刺方法和补泻手法，最终构建了一个完整的以临床应用为指归的针灸理论体系。后世的各种刺法都是《黄帝内经》刺法的衍绎和发展，而《黄帝内经》中阐述的针灸理论和治则也为汉代以后药物疗法的发展奠定了思想方法的基础。
（3）集类刺法
《黄帝内经》中载录了数十种不同的针刺方法，并对其进行了初步的归类，如三刺、三变刺、五刺、五输刺、五邪刺、五节刺、九刺、十二刺等，其中大多为毫针刺法。这些刺法或注重疾病的性质、病变的部位和病症的轻重，或强调穴位的选择、针具的应用和手法的变化，从不同侧面反映了《黄帝内经》刺法灵活多变而又以祛邪为基本思路的操作特点，对于今日的针灸临床仍然具有十分重要的应用参考价值。
（4）浅深之刺
刺分深浅是《黄帝内经》针法的典型特征，体现了《黄帝内经》针法施治重在祛邪、祛邪须直达病所的基本治疗思路。早期的穴位多处于肉眼可见的血脉所在或易于触摸的肌表部位，刺法较为简单，直刺局部即可祛邪外出。随着穴位和经脉的融合，穴位的深层空间大为扩大，气血流注和因邪致病的理论不断深化，浅深之刺因此具有了广泛的临床意义。九针中的长针和大针都是用于深刺，而用于浅刺的镵针和锋针则有着泻气和泻血的分别，病邪所在的不同部位决定了浅深之刺的丰富内容，既要准确辨明病邪的所在施行针法，同时又要把握人体不同结构的生理特性和病变特点而避免有所误伤，便成为浅深之刺的操作关键。
（5）迎随补泻
迎随补泻是《黄帝内经》中针法补泻的重要内容，反映了古人对疾病治疗的基本认识。生命由气构成，气的运动即是生命活动，而疾病则是邪气侵犯人体的结果，因此扶正以御邪气和及时祛邪外出便成为理所当然的临床思路。经脉和穴位都被认为是有形有质的具体结构，是人体之气聚散来去和邪正相争的关键所在，也是补泻手法具体操作的主要处所。经脉和穴位中运行的气则被看作是具体而微、可感而知的客观物质，其中既包括了人体的正气，也包括了致病的邪气。对气实质和气机运行的朴素理解，决定了针法补泻主要是针对气的补泻而言，并且具有形象直观的操作特征。在迎随补泻中，首先要感知到穴位之中经气的存在，然后在气机的运动变化过程中，进一步体察经气的盛衰变化，把握住经气运动来去和聚散的时机，及时应用或补或泻的针刺手法。迎即夺其盛，引邪气外出，为泻；随即济其衰，使正气复聚，为补。迎随补泻的具体操作展现了针法补泻的原始内涵。
（6）灸法
《黄帝内经》中针灸并行，“陷下”之疾常用灸法施治，所用灸材主要为艾。《灵枢·背腧》阐明了灸法补泻的原则，即“以火补者，毋吹其火，须自灭也；以火泻者，疾吹其火，传其艾，须其火灭也”。
《素问·骨空论》提出了根据年龄施灸的灸量“随年壮”，“壮”作为灸法的计量单位，即首见于《黄帝内经》。
3.针灸治疗
《黄帝内经》各篇论病都以针灸治疗为主，并阐述了“守神”“治神”“因天时而调血气”等总则和针对不同病情的具体针灸治则如“盛则泻之，虚则补之，热则疾之，寒则留之，陷下则灸之，不盛不虚，以经取之”等。
《灵枢·九针十二原》提出“凡将用针，必先诊脉”。《黄帝内经》的脉诊法包括对十二经脉、络脉和异常血脉的诊察。脉诊结果既可用于判断疗效、选择治法，还可以用于决定针刺的补泻原则、针刺深度以及是否留针等治疗参数，如《灵枢·禁服》所说：“盛则泻之，虚则补之，紧痛则取之分肉，代则取血络且饮药，陷下则灸之，不盛不虚，以经取之，名曰‘经刺’。”
《黄帝内经》中记载了热病、疟疾、癫狂、水肿、心痛、腰痛、咳、胀、风、痹、痿、厥等40多种病证的主要临床表现和针灸治疗方法，对证候表现的辨析、病因病机的把握、治疗原则的确定以及针灸治法的应用等各个方面都进行了深入的阐述。
《黄帝内经》的大部分针灸处方仅为对症取穴，且选穴较少，但也有综合运用远道取穴、局部取穴和辨证取穴法的论述，如《灵枢·四时气》载：“腹中常鸣，气上冲胸，喘不能久立，邪在大肠，刺肓之原、巨虚上廉、三里。”
《灵枢·卫气行》《灵枢·逆顺》中重视针刺时机，强调应逢时候气而刺，这一观点为后世时间针法所本。《黄帝内经》载有根据季节、月相和日节律的时间避忌，如《素问·八正神明论》所云：“月生而泻，是谓藏虚；月满而补，血气扬溢，络有留血，命曰重实；月郭空而治，是谓乱经。”在这些论述的基础上，后世逐渐形成了针灸避忌学说。