二、学术贡献
1.经络腧穴
（1）明堂图
明堂图在南北朝时期已经出现，但传写错误较多，造成腧穴定位不一。孙思邈鉴于“去圣久远，学徒蒙昧。孔穴出入，莫测经源；济危扶弱，临事多惑”，故据甄权等所撰内容对经络腧穴进行校勘，并绘制了正人、伏人、侧人三幅明堂图，其中“十二经脉，五色作之；奇经八脉，以绿色为之”，这在针灸发展史上是一个创举，惜图已佚。
（2）手指同身寸
孙思邈认为腧穴必须根据人体高矮、胖瘦等情况精确折取，在《黄帝内经》取穴法的基础上，他提出“中指上第一节为一寸”“手大拇指第一节横度为一寸”“四指为一夫”等指寸法，同时强调取穴要“精思商量”“以意消息”，提出腧穴的准确位置在“肌肉文理、节解缝会宛陷之中，及以手按之，病者快然”。这些观点至今仍有参考价值。
（3）经外奇穴
唐代以前的针灸文献中，经外奇穴数量甚少，《千金方》则以较多篇幅，记载了大量经外奇穴。这些经外奇穴分为两类：一类有穴名、部位及取穴方法，如《千金要方》中的膏肓、寅门、当阳、当容、燕口、浊浴，《千金翼方》中的转谷、始素等，有120余穴；另一类无穴名而有部位及取穴方法，有70余穴。在有名奇穴中，有些源于前代文献记载，但仅有部位而无穴名，孙氏为之命名，如葛洪《肘后备急方》中的“上唇里絃絃者”，孙思邈命名为“悬命”。《千金方》中的无名穴部分在后世多被命名，如孙氏的“十指头”，后世称为“十宣”。
这些补充的经外奇穴给后代医家许多启发，如膏肓，宋代《铜人腧穴针灸图经》将其列入经穴，《灸膏肓俞穴法》收集了孙思邈等人的取穴方法，并对该穴的治疗方法及疗效等进行了专门论述。
（4）阿是穴
《黄帝内经》有“以痛为输”的取穴方法。孙思邈发展了这一取穴法，提出了“阿是之法”，即“言人有病痛，即令捏其上，若里当其处，不问孔穴，即得便快或痛处，即云阿是，灸刺皆验”。由此，“阿是”成为针灸学中重要的类穴，是现代腧穴理论中的一个主要内容。
2.刺法灸法
（1）刺法
孙思邈在刺法上有不少发挥。《千金要方》中载有锋针、毫针、大针、火针、白针、温针、燔针等多种针具及刺法，并各有临证要求、主治病证、疗程、禁忌等阐述。在刺血疗法中，对刺血不当所致出血过多的不良后果，他提出“烧铁篦令赤，熨疮数过以绝血”的火烙止血法。对于痈肿，孙思邈创用了散刺敷药法。
孙思邈还提出了“欲补从卯南，欲泻从酉北”的捻转补泻法及“重则为补，轻则为泻”的补泻原则。
（2）灸法
孙思邈提出，施灸的体位应保持平直，并与取穴的体位保持一致，以“得其穴”，施灸时的顺序应先阳后阴、先上后下、先左后右，且宜在正午以后施灸。
《千金要方》论述了灸量问题，对艾炷大小和施灸壮数做了要求。孙思邈提出“灸不三分，是谓徒冤”，认为艾炷底部直径要达3分以上。他还提出了灸治“生熟”标准：壮数多、艾炷大者为熟，壮数少、艾炷小者为生。对于不同病情，孙思邈提出“外气务生，内气务熟”；对于不同部位，是“头面目咽，灸之最欲生少；手臂四肢，灸之欲须小熟，亦不宜多；胸背腹灸之，尤宜大熟，其腰脊欲须少生”；对于不同体质，则是“若丁壮遇病，病根深笃者，可倍多于方数；其人老小羸弱者，可复减半”。具体应用上，“灸之生熟，亦宜撙而节之”“须以意商量，临时迁改，应机千变万化，难以一准”。
《千金方》充实了《肘后备急方》的隔蒜灸法，并在治疗发背等病证时发展出了隔豆豉饼灸、隔泥饼灸、隔葶苈灸等，为外科病提供了不少新的治疗手段。书中还有一些器械灸法，如苇筒灸等。
孙思邈注重治疗方法的变通，如治疗蛇毒，若无艾，则可“以火头称疮孔大小热之”而应急。
3.针灸治疗
（1）知针知药
古代医家对针灸和药物治疗的认识有所分歧，“或有偏攻针刺，或有偏解灸方，或有唯行药饵”。孙思邈认为：“良医之道，汤药攻其内，针灸攻其外。”只有这样，才能“病无逃矣，方知针灸之功，过半于汤药矣”；故在《千金方》中，孙氏反复强调了“知针知药固是良医，内外相扶，病必当愈”，针灸与药物相结合，两者不可偏废的主张。
孙思邈认为针与灸各有适应证。有些病证灸不如针，如“崩中带下，因产恶露不止，中极穴……妇人断绪最为要穴，四度针即有子。若未有，更针入八分，留十呼，得气即泻，灸亦佳，但不及针”；而有些病证则宜灸不宜针，如“心痛冷气上，鸠尾上一寸半，名龙颔，灸百壮，不针”；另外有些病证如偏风半身不遂等，则宜针灸兼施。
（2）辨证施针
孙思邈继承了王叔和的学术思想，主张针灸应在察脉辨证的基础上进行。他说：“凡欲针灸，必先看脉。”“每针常须看脉，脉好乃好下针，脉乱勿乱下针也。”根据《脉经》的有关记载，孙氏在其著作中记录了许多察脉用针施灸的条文，如“尺脉紧，脐下痛，宜服当归汤，灸天枢，针关元补之”“凡微数之脉，慎不可灸”“脉浮热甚，勿灸”。
（3）医未病
孙思邈重视疾病的预防和早期治疗，认为“上工医未病之病”“神工则探究萌芽”。他记载了宦游吴蜀之人“择体上三二处灸之”预防传染病，灸百会、风池、大椎、肩井、曲池、间使、足三里防治中风等预防保健灸法。
此外，灸法还可用于已病防变，如“痈疽初发如微，人多不以为急，此实奇患，惟宜速治之，治之不速，病成难救”。在具体操作上，针、灸、药皆可施用。如中风，可“针耳前动脉及风府”，亦可“速与续命汤，依输穴灸之”。又如脚气，“初得脚弱，使速灸之，并服竹沥汤，灸讫可服八风散，无不瘥者，惟急速治之”。从未病到已病，孙氏有全面的预防思想，针灸预防措施贯穿其中。
（4）孔穴主对
《千金要方》提出“孔穴主对法”，将一些疾病按部位分成头面、心腹、四肢3类，其余不可按部位分者，又按病种分为风痹、热病、瘿病、杂病、妇人和小儿等大类，以此将主治同一类病证的腧穴集中编排，穴名在上，主病在下。这种主治编排给临证选穴提供了便利。
4.针灸文献
《千金方》收集了大量针灸处方，除散见于各病证主治项下的针灸处方外，《千金要方》的29～30卷，《千金翼方》的26～28卷还专论针灸，辑录了400余条针灸处方，涉及病证100余种，填补了唐代以前针灸学文献的空白，对针灸学的发展做出了重大的贡献。
除个人的医疗实践经验之外，孙思邈在《千金方》中还以不少篇幅记载了前代医家的经验，并提出自己的见解，如指出南朝秦承祖《针灸图》的错误、转载南朝徐嗣伯的灸风眩法、唐代以前医家支法存的灸脚气法、陈延之《小品方》的针灸处方及相传扁鹊、郭玉、范汪等人的针灸经验等。这些记载不仅是研究唐代以前针灸学成就的重要文献，也是后世的临床参考资料。
现已佚失的唐代以前针灸学著作，有部分内容赖本书而得以保存，如唐初针灸学家甄权的著作及其事迹，虽《唐书》有传，但叙述简略，其著作《针方》1卷、《明堂人形图》1卷、《甄氏针经钞》3卷也久已亡失，而《千金方》则对甄权及其事迹做了不少介绍。