二、学术贡献
1.腧穴
（1）明堂图
《刺灸心法要诀》中同时绘制了经脉循行图和经穴图。前者主要展示经脉在体内、体表的循行路线和分支，并标记联系部分和腧穴；而后者主要展示经脉循行的有穴通路及其上分布的腧穴。此书首次分别经络图与经穴图，强调了两者的不同，为后人正确理解两者的关系提供了启示。
本书不仅绘制了十二经脉图，还首次编绘了奇经八脉图，对后世经脉图的绘制有借鉴价值。
（2）特定穴
《刺灸心法要诀》重视特定穴的临床应用。如该书将每一经的原穴与络穴配合，结合原络穴主治，编成“十二经表里原络歌”，突出了原络配穴的临床应用。书中转载刘纯《医经小学》中“经脉交会八穴”的“八脉交会八穴歌”，对其详加注解；另又将八穴的主治逐一编成歌诀，并加注阐释，使八脉交会穴理论进一步完善。
（3）腧穴主治
《刺灸心法要诀》卷八十五按头部、胸腹部、背部、手、足部的顺序，编撰了144个常用穴的主治歌诀。这些歌诀简明扼要，重点突出，比较全面地论述了腧穴的主治。此外，部分穴位的主治有所补充，如“合谷主治破伤风，痹痛筋急针止疼，兼治头上诸般病，水肿难产小儿惊”“列缺主治嗽寒痰，偏正头痛治自痊，男子五淋阴中痛，尿血精出灸便安”，所述的一些主治内容在其他文献中少有记载。
2.刺法灸法
元明时期的医家根据《黄帝内经》的论述提出了“针有泻而无补”之说，《刺灸心法要诀》对此也有论述。“九针式图并九针主治法歌”中提出：“九针之用，凡所取者，皆言有余之实邪，则针之不宜于治虚也，从可知矣。”但同时认为，“毫针者，因取法于毫毛，故名之也。主刺邪客经络而为痛痹，邪气轻浅者也。凡正气不足之人，用此针刺之，静以徐往，渐散其邪，微以久留，缓养正气，则寒邪痛痹浮浅之在络者，皆可平也”。
对于毫针操作，“行针次第手法歌”完整地描述了操作过程，论述了从取穴、持针直至拔针等12个操作步骤，确定了针刺的标准化程序。
在灸法方面，《外科心法要诀》以铜钱、核桃壳等作为灸具，是器械灸的进一步发展。
3.针灸治疗
《刺灸心法要诀》末卷记载了难产、胎衣不下、中恶等急症的救治方法，多用奇穴救治，所用奇穴共14个。
书中载有一些较有特色的治疗方法，如疯犬咬伤采用罐法和灸法结合，即在咬伤处“急急用大嘴砂酒壶一个，内盛干烧酒，烫极热，去酒以酒壶嘴向咬处，如拔火罐样，吸尽恶血为度，击破自落，上用艾炷灸之，永不再发”；另外如灸腋气（腋臭）法为剃毛涂膏后艾烧，灸蛇蝎蜈蚣蜘蛛咬伤用隔蒜灸伤处等。