二、学术贡献
1.经络腧穴
《甲乙经》卷二主要阐述经络理论，其中特别重视“十二经脉”，并将“十二皮部”和“十二经别”作为十二经脉络脉理论体系的一部分；而经筋列于标本、根结之后，与骨度等身形结构内容置于卷末，提示了经筋理论与经脉理论的差异性。卷四主要内容为脉诊，但前三节均以“经脉”为题，提示脉诊可能与经脉理论的形成密切相关。
《甲乙经》的腧穴采取了头面、躯干部位分区及四肢按经列穴的排列方式，卷三依此原则将所有腧穴归于头、背、面、耳、颈、肩、胸、腋胁、腹、手太阴、手厥阴、手少阴、手阳明、手少阳、手太阳、足太阴、足厥阴、足少阴、足阳明、足少阳、足太阳等35类。后世的《千金方》《医心方》《针灸资生经》等著作均参照了这一编排体例。
《甲乙经》共载腧穴349个，其中单穴49个、双穴300个。书中具体记述了各穴别名、部位、取法、归经、交会、针刺深度、留针时间、艾灸壮数等内容。
《甲乙经》记载有70余腧穴的别名，此为其他晋代以前文献所少见。这些别名对穴位的位置或作用特点做了形象概括，如承山又名鱼腹、地机又名脾舍等。
《甲乙经》完善了特定穴理论。该书首次提出了郄穴部位，增补了三焦的俞募穴和手少阴经五输穴。此外，交会穴首见于《甲乙经》，这些论述为后世考订经穴提供了依据，也扩大了腧穴的主治范围。
《甲乙经》对不同部位腧穴的针刺深度做了具体说明，如一般头面、颈部诸穴刺3分，肢体末端、背部、胸胁等处刺3～4分，肩部5～7分，腹部8～10分等。这些内容提高了对针刺安全性的认识，是针灸学的一大进步。
2.刺法灸法
《甲乙经》卷五集中了针刺工具、针刺理论及操作、刺灸禁忌以及误刺后果等论述，体现了对针术、针具、针道的一体化和系统化认识，构建了针灸操作的理论体系。
3.针灸治疗
《甲乙经》的卷七至卷十二为临床治疗部分，包括内、外、妇、儿等科病证的针灸治疗。全书共收载腧穴主治800余条。该书对腧穴主治的论述，是将同一类疾病集于一起，先详述病机，再根据疾病的不同证候而取用不同的穴位。这种以病统穴的排列方法，有利于临床和教学参考。
《甲乙经》的治疗处方多为单穴，以局部取穴和循经选穴为主，并大量选用特定穴。
4.针灸文献及其他
《针灸甲乙经》是在《素问》《针经》《明堂孔穴针灸治要》的基础上，结合《难经》等著作的部分内容编撰而成。皇甫谧将这些内容按主题分类，使“事类相从”，同时删去了原先文献中的重复内容及不切实用的“浮辞”。这一改编确立了针灸学的理论体系；它所形成的针灸学科框架，包括了脏腑、气血、经络、腧穴、脉诊和病因病机等基础理论，刺法灸法等临床技能，以及各科病证和针灸治疗等临床应用。这一结构模式为后代针灸专著所继承。
《甲乙经》可被视为《黄帝内经》等书的最早分类辑本，为后世医家校注《黄帝内经》提供了参考。《甲乙经》保留了最早的腧穴专著——《明堂孔穴针灸治要》的原文，为研究和辑复古《明堂孔穴针灸治要》提供了文献依据。