二、学术贡献
1.刺法
（1）十二字分次第手法、下手八法
卷四“三衢杨氏补泻”中有“十二字分次第手法”和“下手八法”，这是杨氏对《黄帝内经》《难经》针刺手法、《针经指南》手指补泻十四法及家传经验的总结。“十二字分次第手法”即爪切、指持、口温、进针、指循、爪摄、针退、指搓、指捻、指留、针摇及指拔，形成了一套比较完整的针刺术式，除“口温”法外，其余诸法迄今仍有实用价值。清代的医学教科书《医宗金鉴·刺灸心法要诀》中的《行针次第手法歌》，即参考了《十二字分次第手法歌》。“下手八法”，为揣、爪、搓、弹、摇、扪、循、捻，包括了双手的操作。
（2）徐疾补泻
《灵枢·九针十二原》提出“徐而疾则实，疾而徐则虚”，对此《灵枢·小针解》释为“徐内而疾出”和“疾内而徐出”，而《素问·针解》释为“徐出针而疾按之”和“疾出针而徐按之”，两者不尽相同。杨氏对此做了解释，认为“徐疾”有两解，“一解作缓急之义，一解作久速之义”，即一指进出针的快慢，一指留针时间的久暂。这一解释调和了《灵枢·小针解》《素问·针解》的注解差异，完善了徐疾补泻的操作程序。
（3）刺有大小
在卷四“经络迎随设为答”中，杨继洲提出“刺有大小”，将补泻法分为平补平泻和大补大泻。平补平泻是“阳下之曰补，阴上之曰泻”，即提针引阴气上为泻，插针引阳气下为补，用于“阴阳不平”，目的在于使“内外之气调”。大补大泻针对“阴阳俱有盛衰而设”，该法在施术部位分层施行补泻手法，以“使经气内外相通，上下相接，盛气乃衰”。
“刺有大小”理论为杨氏首创。相对“大补大泻”，杨氏所说的“平补平泻”实际上是轻刺激的“小补小泻”，与近代所说不补不泻的“平补平泻”不同。
2.针灸治疗
（1）针药并重
杨氏精于针灸术，但治疗时针灸药兼施，他在卷三“诸家得失策”中指出治病“不容一律，药与针灸不可缺一”，因为“疾在肠胃，非药饵不能以济；在血脉，非针刺不能以及；在腠理，非熨焫不能以达”。
（2）奇穴的运用
杨氏在治疗时，灵活选用经穴或奇穴，不拘泥于定法。在卷三“穴有奇正策”，他指出“变通随乎症，不随乎法；定穴主乎心，不主乎奇正之陈迹”。他总结实践经验，采用了膝眼、食仓、太阳、印堂、大骨空、小骨空、金津、玉液和中魁等奇穴，配合经穴施治。
（3）处方
《针灸大成》为部分病证拟定了两组处方，如卷九“治症总要”中的中暑、中风、迎风冷泪等症，常有“前穴不效，复刺后穴”之说。这种主方和备用方并举的处方不见于其他著作，反映了杨氏丰富的临床实践经验。
3.针灸文献
《针灸大成》以杨氏《卫生针灸玄机秘要》为基础，又采辑了《医经小学》《神应经》《乾坤生意》《针灸捷要》《医学入门》《针灸聚英》《古今医统》等书籍中的大量针灸文献，这为针灸学文献的保存、校勘提供了丰富的资料。