二、学术贡献
1.经络腧穴
（1）经络理论
《难经》认为心包有名而无形，与心合为一脏，但另有一条心包经的别脉，因此五脏六腑有着十二条经脉。对于《灵枢·经脉》中所说的“是动则病”和“是主某某所生病”，《难经》则以气血的病变先后加以解释。《难经》还把阳跷之络、阴跷之络、脾之大络和十二经之络合称为十五络脉，反映了当时医家对经络构成的不同认识。
《难经》明确提出了“奇经八脉”的概念，这是对《黄帝内经》经络理论的发展，奇经八脉纵横交错，或行于中，或行于侧，不属脏腑，别道而行，从而为以十二经脉为主体的气血流注循行提供了必要的补充，构建了经络系统气血运行的基本框架。
《黄帝内经》中有关奇经八脉的内容纷杂散乱，《难经》则梳理和确定了奇经八脉的循行与分布：督脉行于脊柱之里；任脉行于腹里；冲脉并足阳明之经，夹脐上行；带脉起于季胁，回身一周；阳跷脉起于跟中，循外踝上行，终于风池；阴跷脉亦起于跟中，循内踝上行，至咽喉而交贯冲脉；阳维脉起于诸阳会，阴维脉起于诸阴交，两者共同维络于身。《难经》还明确指出了奇经八脉的病症和证候特点，如督脉之病是脊强而厥、冲脉之病是逆气而里急、阴跷之病是阳缓而阴急、阳跷之病是阴缓而阳急等。这些论述奠定了奇经八脉的理论基础。
（2）腧穴理论
《难经》在《黄帝内经》所述基础上，以方位和季节进一步阐述了五输穴的意义。井穴应东方春，为五输穴之始，故称“所出为井”；合穴应北方冬，为五输穴之终，故称“所入为合”。《灵枢·本输》提出井穴的五行属性，即阴井木、阳井金。《难经》在此基础上，完善了五输穴的五行属性，并从阴阳相配、刚柔相济的角度，解释了阴经五输穴与阳经五输穴配属不同五行的道理。这是母子补泻和子午流注等方法的理论基础。《难经》还概括了五输穴的主治病证，即“井主心下满，荥主身热，俞主体重节痛，经主喘咳寒热，合主逆气而泄”。
关于原穴，《难经》认为：原气即脐下肾间动气，是生命之本；三焦为原气之别使，六腑属阳，而三焦原气行于诸阳，因此在六腑阳经上设置了三焦之气留止的部位，命名为原穴。至于阴经则是“以输为原”，五脏六腑的疾病都可以取原穴治疗。
《难经》首次提出了八会穴理论，即腑会中脘、脏会章门、筋会阳陵泉、髓会绝骨、血会膈俞、骨会大杼、脉会太渊、气会膻中，用于治疗热病。
《难经》还指出，五脏六腑的募穴都在属阴的胸腹部，俞穴都在属阳的腰背部，为“阴病行阳，阴病行阴”之故，这就从理论上解释了脏病取俞穴，腑病取募穴的原因。
此外，《难经》阐述了三焦的部位，指出上、中、下焦之治分别位于膻中、天枢和阴交。
2.刺法
（1）进针和出针
《难经·八十难》解释了经文“有见如入，有见如出”的含义，即是以指下“气至”“气尽”的感应作为针法入针、出针时机的判断依据。
（2）四时刺法
四时刺法是传统刺法的一项重要内容，《黄帝内经》中有多处论述，《难经》则明确提出应“春夏刺浅，秋冬刺深”，并指出应该“春夏各致一阴，秋冬各致一阳”，具体操作则是春夏针刺宜先深后浅，秋冬针刺宜先浅后深。
《难经·七十四难》中引录了“春刺井，夏刺荥，季夏刺俞，秋刺经，冬刺合”一段经文，从五输配属五行的角度阐释了四时分刺五输的意义。该段经文不见于传本《黄帝内经》，其中的四时与五输的对应关系也与《灵枢·顺气一日分为四时》中所说“藏主冬，冬刺井；色主春，春刺荥；时主夏，夏刺输；音主长夏，长夏刺经；味主秋，秋刺合”有异，反映了五输穴与四时相配的不同模式。
（3）针刺浅深
《难经·七十一难》提出“刺荣无伤卫，刺卫无伤荣”，阐述了针刺深浅宜忌，即刺在阳分的卫气，针刺应浅，须横针而刺；刺在阴分的营气，针刺应深，故应先用左手按压所刺之穴，待卫气散开后才进针。
（4）针刺补泻
《难经》提出“当补之时，从卫取气；当泻之时，从荣置气”，认为补法当取卫阳，泻法当刺营阴。至于体内正气的偏盛偏衰，则应根据阴阳的有余不足，先补后泻，使营卫通行。
《难经》认为，针刺补泻并不一定要进出针配合呼吸，而是强调刺手和押手的配合，即“知为针者，信其左；不知为针者，信其右”，得气后可采用“推而内之”的补法或“动而伸之”的泻法。
《难经》提出了“虚则补其母，实则泻其子”的母子补泻原则。对于肌肉浅薄，不便于应用针刺补泻手法的井穴，《难经·七十三难》则据母子补泻的原则提出了灵活变通的解决方法，即实则泻其子，“当刺井者，以荥泻之”。
对《黄帝内经》提出的“迎随”，《难经》指出：“所谓迎随者，知荣卫之流行，经脉之往来，随其逆顺而取之，故曰迎随。”这一解释是后世以时间或针尖所向解释迎随的源头。《难经》还以母子补泻来解释迎随，使迎随的内涵进一步扩大。
3.针灸治疗
对《黄帝内经》“虚则补之”“实者泻之”“不盛不虚，以经取之”等治则，《难经》分别解释为“虚则补其母”“实者泻其子”“正经自生病，不中他邪也，当自取其经”。根据这些解释，后世医家多从病机角度理解《内经》的虚实治则。
对于《黄帝内经》“无实实，无虚虚”的原则，《难经·八十一难》则以肝、肺二脏的虚实为例，从五行生克的角度说明了虚实病证的正确治则，进一步阐述了“损不足而益有余”的危害。
《难经·七十五难》还以五行生克理论为依据，提出对“东方实，西方虚”的脾虚证，可以“泻南方，补北方”。这一方法强调五行系统的整体建构以及各脏之间的彼此关联，体现了《难经》重视整体把握的临床思路。后世将此法称为泻南补北法。