二、学术贡献
1.腧穴
《黄帝内经》是中医学的经典著作，该书提及部分腧穴，但定位简略，主治证也不多。《明堂孔穴针灸治要》是腧穴专著，它汇集了东汉以前医书中的针灸内容，继承并发展了《黄帝内经》的腧穴理论，在腧穴的定位、主治等方面论述更为详细。
在腧穴数目上，《明堂孔穴针灸治要》增补了不少《黄帝内经》中未载的穴名。《黄帝内经》共载腧穴100余，《明堂孔穴针灸治要》则增至349个，奠定了现有经穴的基础。
在腧穴的定位和主治证方面，《明堂孔穴针灸治要》将《黄帝内经》中所载的一些针刺部位和主病落实到具体穴位上。如《素问·缪刺论》中所说的“手中指次指爪甲上”“足大指爪甲上”“足小指爪甲上”“足小指次指爪甲上”等，在《明堂孔穴针灸治要》中则命名为关冲、大敦、至阴、厉兑等，使腧穴的定位和主治更为明确。
《明堂孔穴针灸治要》还详细地记述了每一穴位的归经及交会关系。如《针灸甲乙经》卷三每个穴位之后都有“……脉气所发”或“……脉，……脉之会”之类的文字，明确了腧穴与经络的关系。这也是后世绘制经络循行图的主要依据。
在刺灸法方面，《明堂孔穴针灸治要》论述了每一穴位的针刺深浅、留针时间和施灸壮数，将针灸经穴的方法具体化，对临床具有指导意义。
对于腧穴主治证，《明堂孔穴针灸治要》在《黄帝内经》的基础上作了补充和删改。如《灵枢》中的“天牖五部”穴的绝大部分内容为《明堂孔穴针灸治要》所吸收；《灵枢·厥病》中的五条“厥心痛”，《明堂孔穴针灸治要》中有三条在症状和取穴上与之基本相同；《灵枢》中“六腑下合穴”的主治症状，《明堂孔穴针灸治要》有所发展；《灵枢》中十五络脉的主病，绝大多数为《明堂孔穴针灸治要》的络穴所继承。《明堂孔穴针灸治要》还将《黄帝内经》中经脉病候（即是动病、所生病）落实到该经所属的穴位上，使腧穴主治更加充实和完整。
此外，《明堂孔穴针灸治要》增加了部分特定穴的内容，如《黄帝内经》中未提及的募穴、郄穴、交会穴和心经的五输穴等。《明堂孔穴针灸治要》在《黄帝内经》提到的十五络穴之外，还载有“别络穴”，如足太阳络穴除“飞扬”外，还有“别络”委阳；任脉络穴除“鸠尾”外，还有“别络”会阴等。
2.针灸文献
《明堂孔穴针灸治要》是后世很长一段时间内腧穴理论的经典文献，对腧穴理论的发展起到了重要作用。
晋代皇甫谧主要根据《明堂孔穴针灸治要》与《针经》《素问》三书，编成《针灸甲乙经》。
六朝时期，此书有多种不同名称和卷数的传本。《隋书·经籍志》载有《明堂流注》6卷，《明堂孔穴》5卷、重见2卷，《明堂孔穴图》3卷，《明堂蛤蟆图》1卷，《神农明堂图》1卷，《黄帝十二经脉明堂五脏人图》1卷，《黄帝明堂偃人图》12卷等。
《旧唐书·经籍志》和《唐书·艺文志》均载有“明堂经脉类”。据《唐六典》等书所述，《明堂孔穴针灸治要》在唐代是官方医学教材之一。杨上善、杨玄操、甄权等医家曾将《明堂孔穴针灸治要》重新修订，并加注释：杨上善撰注《黄帝内经明堂类成》，甄权修订《明堂人形图》，杨玄操撰注《黄帝明堂经》。当时的一些医学著作对此转抄引用，如《千金方》中的“明堂”部分来源于甄权的《明堂人形图》；《外台秘要》中的“明堂”部分来源于《针灸甲乙经》《千金方》及甄权和杨玄操的著作。这一时期可以说是“明堂”学术的鼎盛时期。
在隋唐时期医学的影响下，日本、朝鲜等国也在同时期的医学法令中将该书列为医学的必习教材之一，如日本701年的《大宝律令》、757年的《天平宝字勒令》和820年的《弘仁勒令》等。
宋代官修著作《太平圣惠方》提及“夫为医者，先须谙《甲乙》《素问》《明堂》《针经》……”但1027年（北宋天圣五年）以后，王惟一等奉诏编撰的《铜人腧穴针灸图经》逐渐取代了《明堂孔穴针灸治要》一书的位置，《明堂孔穴针灸治要》自此在国内渐至失传。