以银行间交易市场为主（1997年至今）
2000年4月30日，中国人民银行发布《全国银行间债券市场债券交易管理办法》（中国人民银行令〔2000〕第2号）。
2002年4月9日，中国人民银行发布《金融机构加入全国银行间债券市场有关事宜公告》（中国人民银行公告〔2002〕第5号，已失效），将金融机构加入银行间债券市场由准入审批制改为准入备案制，银行间债券市场向所有金融机构敞开了大门。至此，我国多层次的、以银行间市场为主的债券市场体系基本形成。
2002年以后，债券市场的发展主要表现为债券品种的不断丰富，尤其是企业债券品种不断完备。
2005年4月20日，中国人民银行、中国银监会发布《信贷资产证券化试点管理办法》（中国人民银行、中国银行业监督管理委员会公告〔2005〕第7号），标志着资产证券化正式进入中国的资本市场。
2005年5月，短期融资券试水，并且在发审上实行注册制，这为企业债券的市场化发行奠定了基础，也是信用债市场开始加速的起点。
2007年10月，第一只公司债券面世交易所市场。2008年4月，中期票据问世，实行注册制，在期限上丰富了企业债券品种。2009年4月，由财政部代发的第一只地方政府债问世，填补了我国地方债的空白，同年11月，我国第一只中小非金融企业集合票据发行成功，进一步完善了企业债券品种。
2010年12月21日，中国交易商协会发布《银行间债券市场非金融企业超短期融资券业务规程（试行）》（中国银行间市场交易商协会公告〔2010〕22号），超短期融资债券推出。
2011～2012年，因金融危机而暂停的各资产证券化试点陆续重启。
证券交易所市场由中国证监会管理，一度成交量很少。为改变这一状态，繁荣交易所市场，2015年1月15日，中国证监会发布《公司债券发行与交易管理办法》（中国证券监督管理委员会令第113号），将公司债券细化为面向公众投资者公开发行、面向合格投资者公开发行、非公开发行三类方式。该办法还对公司债券公开发行建立了投资者适当性制度。与此同时，中国证监会还取消了以往公司债券只能由上市公司发行的限制，将公司债券发行主体扩大为所有符合条件的公司制企业（除地方融资平台），并且加快审批流程。这一系列的举措，加上中国证监会交易所系统本身较强的证券市场管理能力及丰富经验，使2015年之后的交易所系统债券市场迅猛发展。同年，由于地方政府债务置换开展，地方政府债也大幅度增加。
2018年3月2日，上海证券交易所发布《关于开展“一带一路”债券试点的通知》（上证发〔2018〕8号）。该通知发布后，相关主体可以通过三种方式在上海证券交易所发行“一带一路”债券融资：一是“一带一路”沿线国家（地区）政府类机构在交易所发行的政府债券；二是在“一带一路”沿线国家（地区）注册的企业及金融机构在证券交易所发行的公司债券；三是境内外企业在上海证券交易所发行，募集资金用于“一带一路”建设的公司债券。
2018年1月18日，中国银监会、中国人民银行、中国证监会、中国保监会和国家外汇局联合发布《关于进一步支持商业银行资本工具创新的意见》（银监发〔2018〕5号），明确了商业银行资本工具创新是应对风险有益尝试的定位，支持商业银行通过多种渠道发行资本工具，为银行发行各类创新型资本工具创造了有利条件。
2018年3月27日，为充分发挥信用评级的功能，推动银行间债券市场对外开放，促进信用评级业务和银行间债券市场健康发展，中国交易商协会组织市场成员制定了《银行间债券市场信用评级机构注册评价规则》（中国银行间市场交易商协会公告〔2018〕6号）、《非金融企业债务融资工具信用评级机构自律公约》（中国银行间市场交易商协会公告〔2018〕7号）及《非金融企业债务融资工具信用评级业务调查访谈工作规程》（中国银行间市场交易商协会公告〔2018〕8号）。
由于金融风险激增，首批公司债券在2018年开始陆续到期，违约债项增加等因素引发金融风险大爆发，国家出台政策加强金融管控，去杠杆，防风险。
2018年2月24日和3月28日，财政部接连发布《关于做好2018年地方政府债务管理工作的通知》（财预〔2018〕34号）和《关于规范金融企业对地方政府和国有企业投融资行为有关问题的通知》（财金〔2018〕23号），从规范金融企业对地方政府和国有企业投融资行为出发，与地方政府债务管理等政策形成合力，共同防范和化解地方政府债务风险。