孔平仲后期的政治倾向
元祐时期，孔平仲的仕途最为妥顺，他受旧党人物提携，先后以馆职提点江浙铸钱和京西路刑狱公事。受惠于元祐的他，对元祐之政做了不亚于熙丰之政的赞美：“八年之间，四海无事。”（卷二十九《贺坤成节表》）“海内无事，年谷屡丰，里闾之间民，不识于兵革；州县之内吏，或长于子孙。”（卷二十九《贺坤成节表》）后期的孔平仲，其政治情感更亲近旧党，特别是哲宗亲政后，新党将孔平仲硬性归入党附元祐者，更促进了他对旧党的认同。
但是，旧说常举孔平仲知衡州任上被“提举董必劾其不推行常平法”（《宋史》卷三百四十四本传），作为其反对新党的铁证，其实并不能成立。按此事《宋史》本传有简略记载：
绍圣中，言者诋其元祐时附会当路，讥毁先烈，削校理，知衡州。提举董必劾其不推行常平法，陷失官米之直六十万，置狱潭州。平仲疏言：“米贮仓五年半，陈不堪食，若非乘民阙食，随宜泄之，将成弃物矣。傥以为非，臣不敢逃罪。”乃徙韶州。
本传仅摘取数句孔平仲上疏之语，从中难以窥探究竟。幸而《清江三孔集》卷三十五保留了他的《上章丞相辨米事》，于此事记载颇详，节录如下：
……本州今岁以饥出粜元祐八年常平米，元粜五十二，衮纽五十四，见粜五十五，若此衮纽即不亏本，若以元价每斗犹出息三文。而提举司震怒，以为出息之少，须合每斗粜钱七十四文，盖用去年粜价也。七十四文已在衮纽五十四文数内。衡州自来米贱，偶因去年大旱，官粜每斗米钱七十四文，提举司遂将向前年分积下陈腐灰土、鼠矢之物，不问久近，皆要七十四文出粜，计每斗出息二十二文。于法无文，于利无见。夫有市易之政令，有常平之政令。今以常年惠民之法，为市易射利之事，失之矣。法云：“谷价贵则量减钱粜，贱则量添钱粜。”朝廷不惜钱，只欲平价之心，推此可见也。且出给之法，赊贷也，止收息钱二文，折纳兑与转运使也，亦令只依元价。岂有饥民有用见钱籴米二升，反责息之多乎？江上灾伤，至于截上供以赈济饥贫之民，自冬徂春，在在处处散米与人。岂有百姓质衣鬻子，籴米救命，乃幸其急以要之乎？提举般本州元祐八年米往潭州出粜，每斗要钱八十文，计每斗收息二十八文。若隔三年陈米每斗八十文，是即不知在市白米腾长至几文而止，殆非常平本意矣。尝见民间无米，至掘草根、剥木肤以食之，方旱后少粜之际，官中索价虽高，必亦有人来籴。但百姓转见不易耳。况自有通计贵贱量减价不亏本之条，何为而废之也。依条管勾官同州县相度米价，盖欲详究事实也。今提举司处处高唱价直，径行指控他人不与焉，一路多是胁从，惟有衡州谨守诏条，此其所以奏劾兴狱也。且本州籴米，只是检旧本循久例而行。元祐八年，衮纽六十四出粜五十七；绍圣元年，衮纽五十五出粜五十六；二年衮纽五十四出粜五十五，皆不亏本之法也，亦是天下大同如此，何尝容心于其间。而提举司乃以私书见诋曰“怀不平之异意，干非道之私誉”，此诬而胁之也。而奏劾之称“勒令行人付价”，此乃上欺君相矣。本州只据自来米行人逐旬供至实直，依年例量减价粜米，何尝有勒令之事。盖提举司多是巧装事节，诬奏属官。……
衡州元符元年（1098）饥荒，知州孔平仲将常平仓中所存元祐八年（1093）陈米以每斗五十五文（略高于买时原价的五十二文）卖给饥民，如此既不亏本，又赈济灾民，兼解决了陈米的问题，本是一举数得之事。而且衡州自元祐八年以来粜米价格一直维持在每斗五十几文，仅绍圣四年（1097）因大旱粜米价格飙升至每斗七十四文，本是特例，但提举董必却以七十四文为标准，认为孔平仲每斗少收了十九文，计少收官米之值六十万，遂置狱潭州，上书弹劾孔平仲，并写私信诽谤孔平仲“怀不平之异意，干非道之私誉”。孔平仲愤而向章惇上书，将自己谨守常平法“谷价贵则量减钱粜，贱则量添钱粜”之本意，护惜民生，反遭提举司诬奏的过程和盘托出。
按常平仓西汉时已设，宋代更盛，是赈济灾荒的重要手段。宋代常平仓设置广泛，仁宗年间遍布路、州、县三级机构。神宗朝一度将常平仓充作青苗本钱放贷，后发现弊端，遂将常平仓一半用于传统的籴粜、一半用于放贷敛散。元祐元年恢复常平旧法，哲宗亲政后又时而回到半籴粜、半放贷的状态，南宋时的常平仓则大致维持着传统的平籴平粜功能。[14]董必与孔平仲的矛盾冲突，直接源于传统赈灾的籴粜之法，并非由新法的放贷敛散所致，似不宜将此事看做孔平仲反对新法的直接证据。[15]
真正能证成其接近旧党立场的是朝廷诏书及孔平仲的自我表述。
孔平仲罢知衡州虽不直接关涉新旧之争，但随后朝廷的诏书处分却有着较浓的党争气息。元符元年九月丙辰，“朝奉大夫充秘阁校理孔平仲特落秘阁校理，送吏部与合入差遣。诏以平仲党附元祐用事者，非毁先朝所建立，虽罢衡州，犹带馆职，故有是命”。（《长编》卷五百二）元符二年五月庚申，“诏朝奉大夫、新知韶州孔仲平责授惠州别驾、英州安置……平仲以元丰末上书诋讪先朝政事……故有是责”。（《长编》卷五百一十）复贬单州团练副使、饶州居住（《东都事略》卷九十四）。元符三年三月，徽宗虽诏复其官，但章惇所改定制词仍数其前罪云“议毁先烈，谪居岭服”（《宋会要辑稿》职官三）。
对于“党附元祐用事者”和“元丰末上书诋讪先朝政事”这两项罪名，孔平仲自己倒是部分认账的。元符三年诏孔平仲复单州团练副使、饶州居住，他所上《饶州居住谢表》（卷二十九）即云：“臣学问蹇浅，智识钝昏，妄陈答诏之言，自掇投荒之辱。”此后所上《叙复朝奉大夫谢表》（卷二十九）亦云：“又陈伏罪，遂斥遐陬，泣血追愆，岂由上疏？观过于党，或可知仁。”
孔平仲因吕公著荐举入朝，确曾多次对吕氏表示拥戴；而且元祐三年四月，范纯仁自同知枢密院加太中大夫、右仆射兼中书侍郎，时任江南东路转运判官的孔平仲为作《江东贺中书侍郎启》（卷三十二），也曾指斥新党人物：“自二御之当极，斥群邪之误朝。然而异意相窥，馀党犹在。”更重要的是，绍圣四年岁末旧党的朔党党魁刘挚卒于贬所，孔平仲闻讯后作《祭刘相》（卷三十七）云：
维元符元年五月丁卯朔四日庚午，具位孔某，谨以清酌庶羞致祭于故丞相[16]刘公之灵。呜呼，惟公学问之富，德谊之尊。初为小官，以言绌逐。晚登大用，直气不衰。屏除奸邪，善类得职。民受其赐，国以至今。道有屈伸，数有亨塞。皦皦而殁，穷亘天地。时清事白，岂待久远。旅榇南来，将还故土。重惟孔子，识公最旧。平仲不肖，亦出陶镕。方在羁孤，百不如礼。为具至薄，所丰者诚。尚飨。
毫不掩饰地认为元祐期间刘挚击弹新党的所为是“屏除奸邪，善类得职”，并相信刘挚被贬之冤终会“时清事白”。元符元年正是新党得势之时，孔平仲逆流而作的祭文，无疑代表了自己的真实想法。《长编》于“党附元祐用事者”数句下小字注云：“《新录》辨曰：元祐贤材之盛，如平仲辈，皆一时之望，而史官概诬以党附用事者。”似有为孔平仲鸣不平之意。其实尽管“党附”二字有些言重（孔平仲并未结党营私），但他后期同情旧党的立场还是明显的。
至于“元丰末上书诋讪先朝政事”“非毁先朝所建立”“议毁先烈”等，更是一项无法避免的原罪。按元丰八年三月，哲宗即位，高太后垂帘听政，应司马光多次请求，同年六月丁亥，朝廷下诏，“中外臣僚及民庶并许实封直言朝政阙失、民间疾苦，在京于登闻检鼓院投进，在外于所属州军驿置以闻”。（《宋会要辑稿》帝系九）由于哲宗刚刚即位，诏书中要求的“直言朝政阙失”，实际上是指神宗一朝的“阙失”，这也意味着凡应诏上书者不论其立场如何，都可被人指为“诋讪先朝政事”。如曾布所云：“一言之差，一向搜求，有何穷尽？……近上臣僚悉已行遣，执政中唯臣与蔡卞不预，章惇而下皆不免指陈，侍从、言事官、监司亦多已被责，今所余者不过班行、州县官之类。”（《长编》五百五）韩忠彦亦说：“哲宗即位，尝诏天下实封言事，献言者以千百计。章惇既相，乃制局编类，摘取语言近似者指为谤讪，前日应诏者大抵得罪。”（杨仲良《宋通鉴长编纪事本末》卷一百二《哲宗皇帝·逐元祐党下》）
有论者指出：“哲宗亲政，除了绍述熙丰之政、贬谪元祐臣僚外，还重修元祐《神宗实录》、将元祐臣僚章疏加以编类、对元祐看详诉理所之旧案重加审定。”[17]其中仅编类章疏局就投进了从神宗去世至哲宗亲政前的臣僚章疏1900册，因言语获罪者难以数计。这一场无限扩大的文字狱，几乎将元祐时期所有的中央官僚都网罗进去，孔平仲元丰八年曾有上疏[18]，虽只是就《易》之“贲”卦阐述治天下在于“君子小人之分”的泛泛之论，但也难以幸免于党祸。