中心实行主任负责制，负责中心的统一管理和资源调配。副主任负责实验教学管理与其他日常工作的管理，实验课教学实行主讲教师责任制。为了提高运行效率，中心在人员、仪器设备、教学安排方面实行了统一管理，从而实现了资源的共享、人员的合理流动和实验开放。另外，在虚拟仿真实验教学管理方面，建立了统一的信息管理平台，学生可通过该平台进行网上预约、答疑、资源下载，同时可在线进行虚拟仿真实验学习。
