中心实行中心主任负责制,主任负责制订中心战略发展规划和发展定位目标,中心副主任、秘书负责日常管理工作,统筹调配教育教学资源。中心实验教学指导委主任负责审定实验教学计划和实验教学内容,并向中心主任就如何实施中心实验教学战略发展规划提出建议。定期召开中心管理工作联席会议,通报、协调和处理相关工作。中心教师采用专职和兼职人员相互补充的方式,每个实验室及每台大型精密仪器的管理均落实到人,确保实验室安全。建立了实验室智能物联网管理系统,实现了安全、高效、方便的管理。