中心在建制上受学校和学院双重领导，坚持实行主任负责制，主任由学校直接任命。学校管理主要体现在政策支持、岗位设置、项目审批和经费保障上；学院主要进行学科建设和人员管理，形成校、院两级职责分明又有机结合的二级管理体制；中心负责实验教学、实验教学改革、成果转化、建设规划、技术培训、创新活动组织和新实验装置的开发及日常管理工作。
