实验中心实行校、院两级管理的中心主任负责制。学校管理主要体现在政策支持、岗位设置、项目审批和经费保障上,中心自行负责建设与运行管理;实验中心主任直接由学校任免,全面负责中心的科研、实验中心规划、实验教学改革工作。实验中心设副主任两名,协助主任管理实验中心,并具体负责市政与环境工程分中心和建筑环境与设备工程分中心的工作。