中心实行主任负责制，负责中心的规划、管理和建设，由学校聘任。同时，中心设置实验管理岗1个，负责实验设备维护和中心工作的信息化管理等，实行坐班制。
中心拥有健全有效的管理体制，有与之相匹配的一系列规章制度，如：实验室管理守则、设备仪器管理制度、教师守则、学生实验守则、教师考核细则等。自中心成立以来未出现过一次安全责任事故。
