中心由校、院两级共同管理，实行主任负责制。中心下设实验实训室、实验教学研究室等，其中实验实训室按所属平台由专职实验技术人员管理，实验教学研究室则由各系主任担任研究室主任，主要负责实验室建设和实验教学改革工作。
中心建立了较完善的实验教学质量保障体系和运行维护机制。中心管理制度健全，布局合理，安全设施齐备，无安全事故发生。
