（一）
太平军刚到湖南时，在益阳、岳州等处捡得数百艘船，并征召船户、水手参军，浩浩荡荡，遮天蔽日，湘军只能在岸上眼巴巴地看着，这一度使得太平军占据上风。太平军因此放弃了北上中原、定都洛阳的计划，选择顺流东下、定都南京。
反观绿营水师，它分为外海和内江两部分，外海水师驻广东、福建沿海，内江水师驻长江沿岸各重点港口。至咸丰初年，外海水师尚存，内江水师早已荒废，且分属各省，作战指挥不能统一。
鉴于水路成为湘军的最大短板，江忠源、郭嵩焘等都曾建议曾国藩建立水师。咸丰三年（1853年）十月，江忠源给曾国藩的信中说：
方今贼据有长江之险，非多造船筏，广制炮位，训练水勇，先务肃清江面，窃恐江南、江西、安徽、湖南北各省永无安枕之日。然窃计海内人才，能办此者，惟吾师一人；能管驾船勇与狂贼相持于波涛险隘之中而不惧者，惟不肖与荫渠、罗山、璞山数人。[14]
江忠源把水师的战略意义，水师船、炮、人三要素，一一陈明，并指出，船炮二者，一定要自造、自制、自练，最后还要自统。一句话，要建立湘军自己的水师。
清廷同样认识到水师的重要性，鼓励两湖、四川等省地方大员兴办水师，湖南巡抚张亮基在左宗棠协助下，匆匆建立一支水师，但没有经过严格训练，水勇素质参差不齐，不久便全军覆没。
曾国藩虽然对水师比较感兴趣，但毕竟时间有限，湖南全省没几个会制造战船的工匠，所以他想调广东水师来援，但最终未能成行。所以，他决定自造战船：
该匪以舟楫为巢穴，以掳掠为生涯，千舸百艘，游弈往来，长江千里，任其横行，我兵无敢过问者……再四思维，总以办船为第一先务。[15]
该提议得到咸丰帝的认可，户部从各处调拨7万两支应，并同意曾国藩截留漕米以作军需。(https://www.daowen.com)
战船确实是个新鲜事物，曾国藩一度无处下手。第一方案是造木排。方法是“编杉为排，宽约七尺，长约丈有五尺，剡其两头，以便劈水疾行，前后安放两轮，如翻水车；旁施两桨，头尾置舵，顺逆皆可驶行；置大铁钉于头，以便冲击逆船；上置帐房一架，如京师所谓西洋房子者，顶及四围皆用夹布，每日三次浇水，以御枪炮”。[16]当造成后一看，只能用在湘江里，如果“放于重湖大江，则排身短小，难压洪涛”。[17]宣告失败。
第二方案是造舟。两湖赛龙舟风气很盛，曾国藩命人以龙舟为例“依葫芦画瓢”：
余初造战船，办水师。楚中不知战船为何物，工匠亦无能为役。因思两湖旧俗，五日龙舟竞渡，最为迅捷。短桡长桨，如鸟之飞。此人力可以为主者，不尽关乎风力水力也。遂决计仿竞渡之舟，以为战船。[18]
但是一经试验，这些战船也不能投入战场。
找来找去，找到了从长沙前来的守备成名标和从桂林前来的同知褚汝航，两位将官虽不会造船，但大体能说出战船的样子，重点介绍了快蟹船、舢板船、长龙船等的造法。于是曾国藩雇衡州、永州等地的能工巧匠，在衡阳设造船总厂，湘潭设分厂，兴工赶制。
造战船最大技术难题在于装备火炮。火炮沉重，后坐力大，战船容易被震裂。曾国藩命人反复设计、不断修改，“凡枪炮刀锚之模式，帆樯桨橹之位置，无不躬自演试，殚竭思力”[19]，终于造出了梦寐以求的战船。咸丰四年初，曾国藩编练成功国内最先进的内河水师，有大小战船361艘，装备大小火炮570门，水勇10营5000人，交由褚汝航、彭玉麟、杨载福等人统带。
据王定安《湘军记》记载，水师营制：凡水师，快蟹船一，营官领之；长龙船十，三板船十，诸哨官领之；合二十一船为一营。后来，曾国藩认识到在内河水域作战，大船未必好用，所以采取去大、减中、增小的方针，对水师装备进行了改进，水师灵活性进一步提高。
太平军水师多为民船，经受不住火炮的后坐力，只能用来运兵运粮。湘军水师一经建成，即占据了战略主动。曾国藩依靠这支水师，配合陆军部队，一时让太平军招架不住。特别是第二次田家镇战役，太平军水师因被杨载福等人偷袭烧毁而覆灭，万里长江又落入湘军水师之手。
虽然李秀成、陈玉成等在陆上东西奔驰，取得一定战果，但始终未能在长江掀起大的波澜。《清史稿》评价，论平“寇”之功，以曾国藩创立舟师为首。