重庆医科大学是1998年全国首批临床医学博士、硕士专业学位试点单位。2011年,获准重庆市临床医学专业学位研究生教育综合改革试点单位。2013年,成为教育部、国家卫生和计划生育委员会第一批临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革试点高校。针对专业学位教育存在的问题和医疗卫生行业需求,学校以临床医学硕士专业学位教育与住院医师规范化培训的有机融合为切入点,系统开展了临床医学硕士专业学位培养新模式的改革与探索。