《办法》相关规定与合同约定的关系
根据《办法》第二十条的规定，购买共有产权住房需要购房家庭、代持机构和开发建设单位，签订三方购房合同。三方购房合同按时间前后分别对应不同法律关系。购房家庭、代持机构和开发建设单位之间的购房合同，是房屋所有权从开发建设单位名下转移给购房家庭、代持机构按份共有所有权的原因行为，物权变动必有其法律上的原因，物权变动的原因就是引起物权移转、消灭的法律事实。根据各国物权法的规定，物权变动的原因主要有以下三种：其一，法律行为，如合同和单方处分行为；其二，法律行为以外的其他原因，即非法律行为，如时效、先占、拾得遗失物、发现埋藏物、附合、混合和加工；其三，某些公法上的原因，如因公用征收或者没收，而使物权发生变动。[12]这一阶段可以称为前期合同；虽有建设单位参加，但由购房家庭、代持机构之间就双方拥有按份共有所有权后，关于占有、使用、收益、处分权利义务的约定，是按份共有所有权人之间的约定，这一阶段可以称为供后合同。
应该说《办法》是行政管理色彩浓厚的规范性文件，这一点在《办法》第一条中已开宗明义讲到。其第一条规定，为深化本市住房供给侧结构性改革，完善住房供应体系，规范共有产权住房建设和管理，满足基本住房需求，根据住房和城乡建设部等六部委《关于试点城市发展共有产权性质政策性商品住房的指导意见》，结合本市实际，制定本办法。从行政管理的角度看待共有产权住房购房合同，代持机构享有行政优益权。因此，有一种观点认为，共有产权住房购房合同是一种行政合同。《办法》相关规定似乎也佐证了这一观点，如《办法》第三十三条规定，申请人不如实申报、变更家庭户籍、人口、住房、婚姻等状况，伪造或提供不真实证明材料，承诺腾退所租住的公共租赁住房、公有住房但在规定期限内拒不腾退的，已取得资格的，由区住房城乡建设委（房管局）取消其购买资格；已签约的，开发建设单位应与其解除购房合同，购房家庭承担相应经济和法律责任；已购买共有产权住房的，由代持机构责令其腾退住房，收取住房占用期间的市场租金，住房腾退给代持机构后，由代持机构退回购房款。第三十四条规定，共有产权住房购房人、同住人违反购房合同约定，且拒不按代持机构要求改正的，房屋所在地区住房城乡建设委（房管局）可以责令其腾退住房。
然而这种观点并不妥当。行政合同是指行政机关为达到维护与增进公共利益，实现行政管理的目标之目的，与相对人之间经过协商一致达成的协议。行政合同的当事人必有一方是行政机关，享有行政权力，行政机关既是行政主体也是民事主体；行政主体签订行政合同的目的是实现行政管理职能，维护公共利益，而不是为了自身的经济利益；行政主体对于行政合同的履行享有行政优益权，其为了实现行政管理目标，维护公共利益，享有对合同履行的监督权、指挥权、单方变更权和解除权；行政合同双方当事人因为履行合同发生争议，受行政法调整，根据行政法的相关原则，通过行政救济方式解决[13]。
从行政主体来看，前期合同中，卖房人是开发建设单位，买房人是购房家庭和代持机构，行政机关并不是一方合同主体；供后合同中，代持机构的管理权性质为运营管理，而不是行政管理。因此在购房合同中，行政机关并不是一方主体。缺乏行政机关作为主体的合同，在履行发生争议时，无法通过行政救济方式解决。从行政合同的目的分析，共有产权住房购房合同是与具备购房资格条件的购房家庭签订的合同，从代持机构角度来看，只是满足特定群体的利益，而不是普遍面向一般市场主体的利益。行政机关制定的共有产权住房政策，具有深化供给侧结构改革，完善住房供应体系的目的，是为了公共利益的需要。但这是从公共政策的角度而言。从购房合同角度看待，代持机构具有自己的合同利益，因此其不符合行政合同的特征。从行政主体的优益权来看，在购房家庭、代持机构和开发建设单位的三方合同中，《办法》规定的优益权，权利人并不完全是行政机关，如前列举的《办法》第三十三条，解除合同的权利人包括开发建设单位，如此也不符合行政合同的特征。从救济方式看，共有产权购房合同履行争议，《办法》没有规定行政复议程序，当购房家庭违反购房合同约定，我国《行政诉讼法》也未规定行政机关作为原告的诉讼程序，救济渠道受到限制。(https://www.daowen.com)
同为共有产权性质的政策性商品住房的试点城市上海，在《上海市共有产权保障住房管理办法》第四十八条规定，购房人、同住人违反供后房屋使用管理协议的约定，有本办法规定的擅自转让、赠与、出租、出借共有产权保障住房，或者设定除共有产权保障住房购房贷款担保以外的抵押权以及其他违反约定的行为的，房屋所在地区（县）住房保障实施机构可以按照协议约定，要求其改正，并追究其违约责任。在第四十九条、第五十一条、第五十二条规定中，对于违反规定的，予以相应的行政处罚。规定中将合同违约责任与行政处罚按不同性质予以区分。由此可见，共有产权住房购房合同不属于行政合同。从性质上看，共有产权住房购房合同是购房家庭、代持机构与共有产权住房开发建设单位之间的民事合同。
由于《办法》不具有法律法规的效力，所以《办法》的相关规定，如符合法律法规强制性规范的，可配套适用发挥强制性效力；如符合法律法规管理性规范的，也可结合法律法规适用；如其没有法律法规依据的，则不具有法律法规强制性效力。《办法》位阶较低，但系对政策性商品房所作规定，因此可以对社会形成引导或通过法律法规配套使用规范人们的行为。[14]从根本上讲，《办法》属于规范性文件，其规定的共有产权住房制度应当得到实施。因此《办法》的符合法律法规管理性规范的规定和《办法》特别的相关管理规定以及代持机构的优益权利，应当由购房家庭、代持机构与共有产权住房开发建设单位在购房合同中进行约定。由购房合同通过合同约定对各方进行约束。代持机构也需要通过约定进行“管理”。因此，应将《办法》规定转化为合同约定，以使共有产权住房政策落地生根。当然，合同各方还可以就《办法》规定以外的权利义务进行约定。合同需要合同当事人达成一致的意思表示，否则合同不能成立。如果购房家庭不同意把相关规定在共有产权购房合同中，以约定的方式体现，代持机构和开发建设单位或将不会与其订立合同，合同即不能成立，购房家庭即不能通过购房合同取得共有产权住房按份共有所有权。
《合同法》第三十九条第一款规定，采用格式条款订立合同的，提供格式条款的一方应当遵循公平原则确定当事人之间的权利和义务，并采取合理的方式提请对方注意免除或者限制其责任的条款，按照对方的要求，对该条款予以说明。共有产权住房合同当事人订约时，使用的是政府行政管理机关制定的格式文本，格式文本应该包括共有产权住房相关规定，但这并不属于格式条款。因为《办法》共有产权住房相关规定，具有公开公示的效力，既已对合同当事人提示提醒，合同当事人的目的就是签订购买共有产权住房合同，因此，将共有产权住房相关规定以合同约定条款方式体现，属于当事人的真实意思表示，当事人应遵守合同约定的权利义务。