合伙企业的税收问题
现行的税收法律、法规和政策是与原有的经济体制相适应、相配套的。而在传统体制下的市场主体是企业与自然人（个人）两分法。企业严格说来不是一个法律概念，但在传统体制下，以企业为本位的立法，使我国的企业具有法律主体价值。在我国的企业立法由过去的身份向资本转变的过程中，市场主体将被法人和自然人这样一对法律概念所取代。在新体系中，并不是所有的企业都具有法人资格，而不具有法人资格的企业，就不是独立的法律主体。这样新体系下的市场主体立法就可能与旧的税收制度相冲突；这种冲突突出地表现在所得税制度的设计。
建国以后，我国的所得税一直是以企业为纳税主体的，个人所得上税制度在改革开放以后才真正建立起来。我国1980年9月首次颁布了《个人所得税法》，1993年10月对之作了修改；但我国个人所得税的征收体制和手段始终没有健全起来，个人所得税的征收在我国仍然是薄弱的环节。而在原单一公有制下存在的企业所得税制度，在企业组织形式多元化的改革开放时代得到进一步的扩展和强化。其表现是，不论企业的投资形式、法律地位如何，凡称为企业都一律征缴企业所得税。
而世界各国的通常作法是，只有具有法律上独立主体资格的企业才征收企业所得税，而对不具有法人资格的企业，如独资、合伙等直接征收投资人的个人所得税，而不征收企业所得税。这种作法是严格遵循了法律主体资格原则，只有在法律上具有人格的营业组织，才能作为纳税主体，缴纳所得税；而不具有独立主体资格的营业组织由其业主缴纳个人所得税即可。因此，在西方国家，只有具有法人资格的公司，对来自企业的利润收入才两次征税，即既对公司征收企业所得税，又对股东分红征收个人所得税；而对独资企业（个体营业者）和合伙企业只征收个人所得税。也就是说对于合伙的利润，不管分配与否只对合伙人征收个人所得税；而对于以后任何形式的分配（包括抽回财产或财产分配）均不再征税。因此合伙企业被称为“直流”企业。合伙与公司之间不同的税收安排被认为是两种企业形态的重大区别，并作为选择企业形态考虑的重要因素之一。
按照世界各国企业税收制度的普遍作法，在企业立法体系确立之后，对于独资企业、合伙企业等再实行征收企业所得税的同时对投资者从企业获得的利润分红或经营所得要缴纳个人所得税（至少在税收制度设计上是如此），就产生所谓的双重征税问题。由于我国在过去体制下实行的是企业所得税而不是法人所得税，因而在1994年工商税制改革中并未接受企业所得税和个人所得税存在“重复”征税的观点。
但是，在税制改革中却承认内资企业所得税的重复征收问题并加以校正。按照《中华人民共和国企业所得税暂行条例》和《财政部、国家税务总局关于印发〈企业所得税若干政策问题的规定〉的通知》，企业从其投资企业分得的税后利润不再计入应纳所得税额缴税。既然企业从其投资企业分得的收入不再缴纳所得税，为什么个人从其投资企业分得税后利润要再缴纳个人所得税呢？因此，在法人企业缴纳企业所得税后再征收个人所得税，至少从与企业相比较的角度是一种不公平的待遇。另外，根据《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法》和《中华人民共和国个人所得税法》，外国投资者（包括自然人）所得的利润给予免税。因此，外籍投资者也不存在企业所得税和个人所得税重复征收问题。随着个人税收制度的完善和征收的严格，旧的税收体制肯定会加重个体业主、合伙人的税收负担，不利于非法人企业公平地参与市场竞争，并可能导致各种规避法律的行为。
因此，在新的企业制度确立以后我国的税收制度也面临改革或调整。可能有两种选择：一种方案是继续延用过去的企业所得税制度，对非法人企业分别征收企业所得税和（从企业分得收入的）个人所得税，但应对这类个人所得税率作出调整，提高扣减基数或（和）降低税率，使个人所得税与企业所得税之和维持在一个合理的水平；另一种方案是与世界接轨，实行对法人企业征收企业所得税和个人所得税并举，而对非法人企业不征收企业所得税，其经营利润属投资者所有，对其只征收个人所得税。这样既可以比较清楚地界定纳税人范围，又可以避免重复征税；从而解决新企业制度体系建立后导致纳税义务人法律地位变化而引起的税负不平等问题。