企业的运营——治理结构
企业成立以后要依靠一大批自然人来运营，而且这些人不可能杂乱无章，必须按照一定方式组织起来。这就要建立决策机构、执行机构等管理机关，并分配对内协调指挥、对外代表企业的权力。在这方面，合伙企业与公司企业存在较大的差别。
最明显的区别是，公司股东被“剥夺”了直接行使经营管理公司的权力（也称控制权）；而法律赋予每一位合伙人平等经营管理合伙企业的权力。也就是说股东没有对外代表公司从事交易及其他法律行为的权力，而合伙人则平等地享有经营管理权、享有代表合伙企业行为的权力。因此公司企业被认为是所有权与经营管理权（控制权）相分离的企业，而合伙企业被说成是所有权与经营管理权合一的企业。
形成这种差别的原因主要是公司具有法人资格，而合伙没有法人资格。合伙企业既然不是法人，它就没有企业自身的意思机关，合伙人共同的意志就是合伙企业的意志。公司既然是一个独立的人，就应该有自己的意志表示机关，这种机关的意志反映股东的意志，但性质上区别于股东的意志，也不是全体股东意志的相加。公司的意志表示机关就是股东会、董事会、监事会；这三机关都能代表公司为一定的法律行为，而只有董事会或董事长和董事具有法定的对外代表公司的权力。公司机关的权力构造被认为是一种分立与制衡关系。
但是，上述区别既不意味着股东不能参与公司的经营管理，行使控制权，也不意味着合伙人必须或必然行使经营管理企业的权力。在公司管理体制中，股东尤其是大股东被选举为董事或董事长，行使控制权是非常普遍的现象。在规模较小的有限责任公司，法律允许不设立董事会，往往由股东会或全体股东行使公司的经营管理大权，而下设的执行董事仅仅充当的是经理的角色。不过，无论股东是作为董事行使控制权，还是股东会直接行使经营决策权，他们的性质都有别于合伙人。股东作为董事所享有的权力不是法律直接赋予的结果，而是该股东被选举为董事的结果，而董事的权力则是公司法规定的。股东成为董事行使控制权的基础不是对企业的所有权，而是基于自己的管理能力，被选举担任了董事这一职务；他在这里的角色是董事而不再是股东，他是作为公司的代理人或代表人而不是作为其他股东的代理人行使权力的。即使行使董事会职权的股东会，它也是作为公司的意思机关而不是全体股东意思的体现。因此法人制度使得行使控制权股东或股东会，不是代表股东自身而代表公司，因而区别于合伙人基于投资、基于所有权而行使的控制权。
同样，合伙人也并不是非得行使经营管理权。现代合伙企业立法开始允许合伙人推举合伙事务（营业）的执行人（我国的合伙企业法也作出类似规定），由合伙事务执行人代表全体合伙人负责合伙事务的执行。合伙事务执行人是由全体合伙人协议推选的，是全体合伙人的代理人或受托人。当然这种允许合伙推选合伙事务执行人只是为了合伙企业经营的便利，而不是剥夺其他合伙人的经营管理权。合伙事务的执行人并没有也不能完全排斥或取消其他合伙人的经营管理权；相反，他的权力是其他合伙人授与的，其他合伙人可以随时收回委托或授权。同时，法律也规定了必须由全体合伙人才能决定的事项，这也确保合伙人享有重大事项决策权的基本制度。由此可见，某些合伙人自愿放弃经营管理权所导致的“两权”分离现象根本上区别于公司中的权力构造。公司中的两权分离是一种制度化构造，而合伙企业中的“两权”分离是合伙人的委托或授权，是建立在合伙人的意愿基础之上的。
因此，由于公司与合伙企业存在着不同的制度设计，即使股东可能握有经营管理大权，合伙人也可能自愿放弃自己的某些经营管理权力，但两者存在根本的区别。一个是本来没有权力而因股东们的同意（选举）而享有了公司法赋予的权力；另一个是本来拥有权力，而自愿交给他人行使了。除非合伙人自愿，谁也不能剥夺任何一个合伙人的经营管理权，不能把任何一个合伙人排挤在经营管理范围之外。这与股东之间互相拉选票，选举自己或自己的董事，排斥其他形成显明的对比。
总之，从所有人是否享有经营管理权角度，合伙企业与公司形成两种不同的制度安排，合伙企业本质上仍属于所有者与经营者合一的经营或治理模式；而公司则是所有者与经营者相分离的经营模式。而在合伙人人数超过一定规模的情况下，授权他人经营也就成了必然现象。所有人担任经营者角色，能使经营者象对待自己的事务那样尽责尽心地经营，亦即不存在激励问题；而非所有人经营管理企业，就存在如何约束和激励经营者的问题。公司制度之所以受到推崇，就是因为存在一个制度化的解决方案。合伙的成功与否也主要取决于合伙人之间能否建立永久的信任关系。因此，合伙企业与公司是两种不同的制度安排，各有其存在的价值和合理基础，其本身不存在什么好坏优劣之分。至于两种组织形式的选择，主要取决于当事人的喜好，那些不愿意放弃管理权的人，合伙是最佳选择；如果希望“坐享其成”，那么最好选择公司。