经办管理资源有待整合，制度精细化管理运作水平有待提高
随着医保制度建设的逐步完成，参保人数急剧增加，医保制度的支撑能力建设日益重要。但现有经办服务能力不适应事业的快速发展。各地医疗保险经办机构普遍存在人员编制、经费不足的问题。比如，2008年吉林省医疗保险经办人员与参保人数之比为1∶11196，远远低于现行1∶3500～4000的参考标准，处于超负荷运行状态。其中，长春市医保中心实有人员69人，全市市区城镇职工参保人数为101.6万人，城镇居民参保人数为94.2万人，仅此两项合计为195.8万人，经办人员与参保人数之比为1∶28377。[5]
按照国家规定，各级医疗保险经办机构的经费由同级财政预算内解决，但由于部分县市地方财政困难，使经费难以得到保障，有的县市除人员工资外，办公经费财政预算为零，筹集网络运行维护等专项资金十分困难，直接影响正常工作运转。部分医保中心稽核职能、稽核队伍不健全，医疗、计算机等专业人员缺乏，经办人员素质不高，无法满足不断提高的业务要求。另外，还有不少地区信息化水平低，管理手段落后。
另外，医保经办机构又存在重复建设问题。目前，大部分地区城镇居民医疗保险和新农合分属人力资源社会保障部门和卫生部门管理，因此，双方从上到下各自建立自己的服务队伍、服务系统和组织体系，经办服务资源分散，导致经办机构、定点管理、结算制度、技术标准和信息系统等资源重复建设。这不仅在政策层面增加了协调成本，而且造成重复建设和社会资源浪费。根据厦门等城市财政局估计，参照城市医疗保险信息系统的建设情况，如果再单独建设新农合信息系统，一个城市预计需要再投入约6000万—8000万元（这还不包括每年的维护费用）。[6]
另外，由于医疗保障制度分割，管理方式和信息系统不统一，信息不能共享，实际工作中存在互争参保资源的问题，导致各地普遍存在着城乡居民重复参保的现象，同时财政重复补贴严重导致各级财政负担增加。特别是农民工、乡镇企业职工、在城镇就读的农村学生、被征地农民等人群的重复参保问题非常突出。据天津、成都、厦门、泰州整合医疗保险管理资源后，通过信息系统比对，分别发现有45万、27万、8万、20万人重复参保；南京市栖霞区11万城镇居民参保人员中，有4万人同时又参加了新农合。根据典型分析和大致推算，全国重复参保的比例约占城乡居民参保人数的10%。按2010年参保居民人均财政补贴120元计算，财政将为约1亿参保居民重复补贴120亿元。[7]