运行机制：内控漏洞，质量不高

新农合管理经办机构定位及人员设置问题。目前，从中央到地方都没有一个新农合管理经办机构的编制规定，市、县的管理经办机构的编制、人员问题没有得到有效解决。有的虽然成立了机构，正式工作人员大都是从医疗卫生单位内部调剂，来自不同专业和岗位，人员结构和工作配备不尽合理，专业性不强、素质不高。虽然中央、省等合作医疗管理部门先后开展了不同层次、不同内容的培训，但作为一个面向农民、管理带有医疗保险性质的全新工作，对基层新农合管理人员来说还是一个全新的挑战，如高平市新农合管理中心实有工作人员8名，正式在编2名，借调乡卫生所6人。

内控机制存在诸多漏洞。基层经办机构内设机构不够健全、人员素质参差不齐，致使内控机制产生诸多漏洞。首先是各县（市、区）“新农合”基金管理机构由于核定的编制不能及时落实到位，致使其机构内设岗位不尽科学，不能确保不相容职务的相互分离，增加了基金的安全运行风险。其次是基金管理机构从定点医疗机构借调人员，严重影响了经办人员的质量，容易产生由于个人或集体舞弊导致的风险。同时由于新农合管理机制和医疗机构同属一个系统，一个主管部门，管理起来不可避免掺杂“人情”和“面子”问题，也给管理带来了一定困难和困惑。而且至目前新农合尚没有法律层面上的监管依据，监管力度不得不大打折扣，给监管工作带来很大困难。例如：晋城市阳城县和城区新农合管理中心的经费收支由县卫生局统一核算，财务不独立，没有设置专门账户核算日常经费及专项资金的收支情况，未建专人专账进行账务处理；陵川县和泽州县财务印章和个人名章全部由会计一人保管；阳城县新农合的补偿单据初审、核算、复审全部为一人；高平市城镇居民医保补偿单据初审、核算、复审也全部为一人。(https://www.daowen.com)

服务效率低下，质量不高。由于新农合和城镇居民医保经办机构属于事业单位，不存在竞争压力，且医保各项工作有一定的专业性，对经办人员的业务水平要求较高，然而，在实践中，很多地方的现有经办机构工作人员考录上无相关硬性规定，导致业务不熟练从而极易造成工作上的失误，医保服务效率低下，质量不高。例如，晋城市泽州县新农合中心由于工作人员对业务不熟悉，在2011年1月5日填制的医药费补偿单中将本应按2010年住院补偿的单据按2011年的慢性病比例进行了补偿。