现代化建设时期(1989—2003)
1.加强以党支部为核心的村级组织建设
1990年开展支部分类达标升级活动。针对各类支部的不同特点，分别采取相应措施。对一类支部“防骄破满”，帮助上水平；对二类支部“激发活力”，推动升台阶；对三类支部“综合治理”，促进换新貌。以乡镇为单位，对农村党支部成员进行了为期70天的思想、组织、作风、纪律整顿，使28个瘫痪、半瘫痪班子的问题基本得到解决。1993年7月，经上级有关部门批准，高密县第一个村级党委在高密镇南关村成立。南关村党委隶属于高密镇党委领导，下设2个党总支，22个党支部，有173名党员。1995年对纳入市级管理的69个后进村实行分类指导，采取不同措施加强治理整顿。对23个党支部书记无合适人选的村，从乡镇机关和企事业单位选派干部担任村党支部书记；对46个虽有党支部书记，但班子软弱涣散又尚无其他合适党支部书记人选的村，从乡镇安排46名副科级领导干部包村。无论下派挂职，还是领导成员包村，都与党委签订责任书。市委组织部建立后进村转化档案，统一考核管理。
为适应农村市场经济的发展，把农村基层党组织建设成富有战斗力的坚强堡垒，1996年5月，高密市委对乡镇党委抓农村基层组织建设提出了“六过硬”标准:村级组织和农村干部队伍建设过硬。到1997年，40岁左右的干部在村党支部班子中所占比例达到70%以上，班子成员老化问题基本解决；具有高中、中专文化程度的要达到50%以上，懂经营、会管理的发展经济的带头人达到75%以上。农村党员队伍过硬。到1997年，85%以上的村配齐电教设备，凡有劳动能力的党员都能掌握1至2门实用技术，30%以上的党员达到农村技术员水平；每年发展的新党员，35周岁以下的不少于70%，消除5年以上不发展党员的村，95%以上的党员达到合格党员的标准。党风廉政建设过硬。1997年达到村账、村钱乡镇双代管。此外，还提出了精神文明建设过硬和民主法治建设过硬和经济建设过硬。
1997年3月，在柴沟、柏城、姜庄等乡镇进行村级规范化建设试点，对村级组织配套建设、村级民主政治建设、村级经济管理工作、村级精神文明建设等制定规范。在取得经验的基础上，召开了全市村级规范化建设工作现场会，推广了这一经验。
1998年开展了“怎样当好农村支部书记”的研讨活动，通过“官教兵、兵教官、兵教兵”这一生动活泼的形式，促使农村基层干部转变作风、提升素质。按照中央提出的“五个好”的目标要求，1999年市委组织部拟定了《高密镇村党支部、村民委员会工作规范》，并由市委办公室转发各乡镇参照执行。指导各村制定了《村民自治章程》，着力健全完善制度，规范办事行为。对村党支部、村委会工作配合不协调的44个村，开展了“谈一次话(分别与村党支部书记、村主任谈话)，送一盘录像带(市委组织部摄制的《农村党支部、村委会工作规范》)，做一次表态发言(召开党支部、村委会联席会议，由党支部书记、村委会主任分别进行表态承诺)”活动。
2.强化乡镇企业党建工作
为适应乡镇企业发展和现代企业制度的需要，1992年高密县委作出《关于进一步加强乡镇企业党建工作的意见》(高发〔1992〕6号)，对乡镇企业党组织的设置、地位、作用、班子建设和党员队伍建设等方面提出了明确要求。当年4月份，潍坊市乡镇企业党的建设工作座谈会在高密召开，高密县委、高密镇党委和南关村党总支分别在会上作了典型发言。
1994年5月，高密撤县设市。为适应建立现代企业制度的需要，1995年，高密市重点加强了市直企业、乡镇企业和新兴经济组织的党的建设，不断调整完善股份制企业、外商投资企业和个体私营企业等新兴经济组织中的党组织设置。本着有利于企业生产经营、有利于发挥党员作用的原则，在国合流通企业广泛开展“共产党员挂牌服务”活动，全系统2000多名党员积极参与，挂牌上岗，提高了发挥先锋模范作用的自觉性，在党员中形成了比、学、赶、超的良好氛围。在乡镇企业中普遍开展“党员责任区”活动，全市乡镇企业共建区1773个。通过建立党员责任区，进一步发挥党组织的战斗堡垒作用和党员的先锋模范作用。同年省委组织部“组工信息”登载了这一做法。
为深入贯彻落实党的十四届四中全会精神，切实加强企事业单位党的建设，1995年5月，高密市委在市直企事业党组织和党员中开展了集中教育整顿活动。教育整顿分集中教育、组织整顿、建章立制三个阶段进行，主要围绕“三学三增”来展开:学习建设有中国特色的社会主义理论，学习党章，学习孔繁森等先进人物；增强党员的党性观念，增强宗旨观念和增强带头本领。通过活动开展，解决了部分党员党性观念淡化、模范带头作用发挥不够，部分党员特别是青年党员干部吃苦精神差，部分党员干部廉政勤政透明度不高，部分领导班子不团结，新建企事业单位党组织设置不健全等问题。1997年3月，高密市城市信用社将在基建中节省下来的20万元资金上缴市委，设立“诚信党建基金”，重点奖励那些在急、难、险中涌现出来的党员英雄人物和党建先进单位，救助那些为党的事业作出突出贡献、群众威信高、生活有特殊困难的党员干部和模范人物。
3.加强思想政治教育工作
为深入贯彻党的十三届四中全会和《中共中央关于加强党的建设的通知》精神，大力加强党的建设和思想政治工作，使广大党员、干部和群众提高辨别是非的能力，坚持正确的政治方向，1989年10月至1990年1月，高密县在全县广泛开展了坚持四项基本原则，反对资产阶级自由化的教育，在党内集中进行思想、组织、作风、纪律整顿。整顿分三阶段进行。在学习阶段，主要学习党的十三届四中全会公报和邓小平、江泽民的讲话及县委编印的《毫不动摇地坚持共产党的领导》《只有社会主义才能救中国》《保持和发扬艰苦奋斗的优良传统》等辅导教材；在反思阶段，对照学习内容，认真总结一年来的工作，反思一年来的思想、言论和行动，特别是在动乱和反革命暴乱期间的思想状况和表现，认真总结经验教训；在整改阶段，针对存在的问题，制定了措施并进行了整改。
根据省、市委的部署，1990年4月至7月，高密县在全县各级党组织和广大党员中开展了“学党章、正党风”教育活动。这次教育活动以坚持四项基本原则，反对资产阶级自由化、改进思想作风、提高政治素质为重点，坚持党的宗旨，始终同人民群众保持血肉联系；认清形势，坚持共产主义理想，坚持社会主义道路；坚持党的工人阶级先锋队性质；党员条件和党员干部条件；正确执行民主集中制，维护党的团结和统一；坚持和加强党的执政地位和作用等六个方面的教育。
按照中共中央《关于加强和改进思想政治工作的若干意见》(中发〔1999〕17号)的精神，1999年11月中旬开始，高密市在全市农村开展以“学科学知识，学法律法规，促发展，促稳定”为主要内容的“双学双促”活动。重点对干部群众进行崇尚科学、反对迷信，科学技术，法制和宗旨观念四个方面的专题教育，着力解决部分村基层班子缺乏凝聚力、号召力、战斗力，致富路子狭窄，经济秩序和社会秩序混乱，民主化和法制化管理不到位等问题。整个活动共分为宣传发动、集中教育，排查问题、解决问题，建章立制、巩固成果三个阶段。活动中，成立市委主要领导任组长、8名市级领导任副组长的领导小组，市乡两级共派出驻村蹲点干部562名，工作队员1551名，加强对活动的指导和协调。利用出动宣传车、张贴标语、印发公开信、办黑板报和专栏、组织赶科普大集等形式进行集中宣传教育。围绕进一步揭露、批判和处理“法轮功”邪教组织，从政法部门抽调人员组成讲法团，到重点乡镇和重点村巡回宣讲。市乡两级分别从省农业厅、省农科院、山东师范大学等单位邀请农业、法律方面专家、教授共300多人次，向干部群众集中讲授现代农业知识，并组织专家、教授深入田间地头，手把手地做示范、传技术。组织集中排查制约经济发展的因素，理清经济发展思路。组织力量对各村历年陈欠进行清理，加大对各类违法犯罪行为的打击力度。通过“双学双促”活动，农村经济和社会秩序得到全面整顿。
4.开展农村基层组织建设“三级联创”活动
根据省委和潍坊市委的部署，2003年5月28日，高密市委印发《关于深入开展农村基层组织建设“三级联创”活动的意见》(高发〔2003〕13号)，开展以创建“五好”村(居)党组织、“五好”镇(街)党(工)委、农村基层组织建设先进市为主要内容的农村基层组织建设“三级联创”活动，并把开展“三级联创”活动作为“进位争先、建设强市”的保障措施来抓。制定了《高密市“五好”镇(街)党(工)委、“五好”村(居)党组织、基层满意的市直部门和群众满意的镇(街)站所创建标准(试行)》，要求力争用4年左右的时间，全市80%以上的镇(街)党(工)委、村(居)党组织和市直部门、镇(街)站所达到“三级联创”活动的目标。活动中，提出突出“两个重点”，破解“一个难题”，把握“一个方向”的工作思路，即突出抓好领导班子建设和党员干部队伍建设，着力破解增强村级集体经济实力这一难点，把握推动农村经济持续快速健康协调发展的大方向。按照围绕中心、促进发展，紧贴实际、务求实效，上下联动、齐抓共管，创新方法、与时俱进的原则，重点做好村级领导班子建设、农村党员干部队伍建设、村级规范化建设、发展壮大集体经济、后进班子治理整顿“五篇文章”。2004年“七一”前夕，高密市首次荣获中共潍坊市委表彰的“潍坊市农村基层组织建设先进市”称号。