分别议处存在的问题
尽管如此，在司法理念和司法实践等方面，分别议处均存在问题。
从司法理念来看，明代宗藩作为皇帝的家人，皇帝对其有“亲亲”的义务。在司法领域，依据“亲亲”的原则，朱元璋以家法规范宗藩，使得宗藩群体独立于国家一般司法体系之外，表达对宗藩群体的私亲、恩宠和可能的曲宥。当《祖训》把宗藩独立于国家司法体系和司法官员的控制之外，皇帝及其代表的朝廷、朝臣以及宗藩之间的关系就殊为微妙。国家官员不得轻易涉及宗藩之事。本以监督为职责的风宪官吏，如果上言藩府事情不当，还有“离间亲亲”的罪名，会遭受斩首的惩治。[70]从朝廷来说，上文引用过《皇明祖训》一款规定，“凡朝廷使者至王国……言语非理，故触王怒者”，王可以“拘禁在国，鞫问真情，遣人密报天子”。如果言语非理、故触王怒为真，则朝内必有奸臣。朝内奸臣与出使王国者俱斩。[71]这一规定直接为王府宗藩评论朝廷政策和朝廷官僚提供依据，根据这一规定，王国甚至具有任意拘禁朝廷大臣的权力。显然，分别议处以及《祖训》的相关规定，赋予皇帝更多朱氏皇族家长的特征，更强调宗藩皇族家人的特征，在这一格局下，皇帝与宗藩成为联盟，而朝臣则成为异姓的外人。朝廷和朝臣的权威性受到很大程度的挑战。
这样，分别议处就带来以下难以回答的问题：第一，宗藩是否属于明朝臣民？如果他们也属于明朝的臣民，他们该如何接受朝廷的管理，遵守朝廷统一的法规？第二，分别议处的格局下，皇帝和皇亲族属处理宗藩案件，国家司法官员被排除在外，那么这是否还属于国家的司法行为？
而从司法实践来看，首先，分别议处以《祖训》为依据，主要依靠皇帝和皇亲族属处理宗藩的不法行为，将国家司法体系，包括国家法律、司法程序和司法官员排除在宗藩司法之外，这直接导致了明朝廷对宗藩司法管理的不力。明太祖时期宗藩人口数量有限，洪武末年，全国仅亲王18人就藩各地，全国宗室人数仅58人。[72]以《祖训》为代表的家法还能发挥实际的规范效用。但是明初以后，宗藩数量快速增长，至明末，这一群体的人数可能已经达到了20万之多。[73]随着宗藩人口数量的增加，宗藩违法犯罪的行为也从数量和种类上有相应的增长，明初分别议处格局下对宗藩的司法管理很快出现问题。《大明律》总计460条，而《皇明祖训》总计96条的条目中，只有12条具有司法或者刑法的特征。[74]《祖训》显然承担不了规范这样庞大而复杂的宗藩人口的责任。而朱元璋在洪武后期更明确规定，“后世敢有言更改祖法者，即以奸臣论，毋赦”。[75]终明一代，《皇明祖训》没有新的条目增加。这样更进一步影响了《祖训》在规范宗藩行为上的效力。而从司法程序来说，随着宗藩数量的增加，由皇帝和皇亲族属亲理所有宗藩案件，显然很难落实，但是国家的司法程序和司法官员又不能直接介入，明朝廷在宗藩司法管理上明显薄弱。正德年间鲁王府发生朱当沍案这样的冤案，固然有多方面的原因，但其中与宗藩司法中缺乏足够的程序和固定的司法官员也密切相关。[76]
第二，分别议处的目标在于体现国家对于皇亲的恩宠；而分别议处的格局下，家法对宗藩缺乏足够的约束，宗藩又独立于国家司法体系之外，不受地方官府和国家法律的管理，这一直接后果就是宗藩群体的“豪横纵恣，肆行无忌”。[77]万历年间，崇阳王府奉国中尉景山等与武昌府江夏县张香儿等谋划劫财，张香儿等担心说“这事犯了便害性命，不可做贼”，而宗室景山等回应，“我们是有禄的，事犯只是革禄，无甚么事”。[78]宗室的以上心理，是这一后果的直接体现。
明代亲王就藩，在各地建立藩国，居于王府之中，虽然有进京、出城的限制，但是与当地官府、百姓仍有交往。明代中后期，宗藩人口增加之后，这样的交往就更为频繁。隆庆三年（1569），礼部官员戚元佐议论分别议处的问题，直接指出“宗室不加刑责，原非古道。即宗室有罪而有司刑罚不加，则大乱之道也”。其原因在于，“夫人情有欲，所以平其情而不乱者，恃有司之法绳之耳。今宗室一有小过，不以有司治之，而动必奏请。苟以锱铢斤两，彼必忿争，而遽欲闻之朝廷，则往来劳费，废时妨业，彼小民者，岂愿为此哉？”而宗室则因此而变本加厉，争夺民产。[79]宗藩与地方官府的交往也存在类似的问题。明人于慎行指出，因为宗藩人口的繁衍，“族属益疏”，更因为“禄粮支给仰哺有司”，所以明代中后期宗藩在与地方官员的交往中地位有所下降，[80]但是这一时期，因为禄米供应不及和禄米分派中出现的纰漏等问题，宗室成员聚众滋事，欺凌地方官府，毁伤抚、按官之舆从等事发生频繁。[81]也就是说，对宗藩和非宗藩成员进行分别议处，导致国家司法官员在宗藩司法中无力介入，一个数量相当可观的宗藩人群被置于国家一般司法体系之外，成为国家司法体系很大的漏洞，对明代整体司法实践的有效性造成了负面的影响。这些问题在洪武时期就存在，洪武以后，随着宗藩人口的增加，这些问题就更为突出。
以宗藩奏请一事为例。在朱元璋看来，宗藩与朝廷之间应该有直接和便捷的沟通，这样的沟通不应该受到朝廷机构和官僚的干扰。因此，《皇明祖训》一条规定，“凡王遣使至朝廷，不须经由各衙门，直诣御前，敢有阻挡者，即是奸臣”。[82]这一条文对朝廷规制与官员的忽视还在其次，当宗藩人口增加，各地宗藩为大小事宜奏请无度时，问题的严重性才显露出来，皇帝感到不胜其扰。
为此，天顺年间，相关条例开始形成并颁发各地藩府，尤其对郡王的无度奏请进行限制。除机密重情外，规定一般郡王的奏请应该交由亲王及王府属官先行参详，确定是否应该奏请，其中应该奏请的才遣使奏请。[83]弘治六年（1493），刑部官员再次就此事上奏皇帝，指出尽管禁止随意奏请的条例存在已久，但是朝廷“笃念亲亲”，但凡宗藩有所奏请，朝廷总是予以回应，这样，宗藩随意奏请之事至不可止。这些司法官员提醒皇帝，若长此以往，“各藩效尤，日甚一日，法例具存，有名无实”。他们再次强调条例的重要性，指出，“立法垂训，较若画一，上下相信，令出惟行”，希望皇帝维护已定条例的权威和有效性，“庶得法有定体，人知遵信”。[84]
以上宗藩奏请事例充分反映出上述分别议处带来的问题。同时，也可以看到朝廷试图解决这些问题的努力。首先，这一时期，以条例管理宗藩已经得到一定的落实。《皇明条法事类纂》收集成化与弘治初年的条例，其中涉及王府司法的条例已有25条。宗藩司法显然远远走出了《祖训》的范围。其次，在宗藩司法中，司法官员强调条例的重要性，要求皇帝与宗藩同时遵守已经形成的条例，减少宗藩司法中浓厚的家法特征，对于提高宗藩司法中的程序性和规范性具有重要的意义。上述司法官员表达的理念，是明朝廷宗藩司法政策发生更大变化的先声，反映出明代司法官员试图重新将宗藩纳入国家一般司法体系的最早的努力。