朝廷在司法上的努力
与上述朝廷在立法上的努力相呼应，弘治以后，朝臣中不仅讨论宗藩事宜的奏疏增加，[95]在宗藩司法这一问题上，态度也日渐鲜明，宗藩司法，“法在朝廷”的认识更加明确。
成化、弘治间，名臣马文升仍然强调《祖训》对于宗藩的约束作用，指出“亲莫亲于宗室，法莫严于《祖训》”。但是，在马文升看来，《祖训》不是皇帝与宗藩之间结成的一种家法和私法，《祖训》是朝廷约束宗藩的公法。所以，他指出：“宗室奉藩循理，恪遵《祖训》者，朝廷亲亲之恩为益笃；纵欲败度，有违《祖训》者，朝廷黜罚之典所必加。”[96]这里，马文升强调的是朝廷对宗藩的管理，似乎已经有“法在朝廷”的意思。
马文升之后，这样的观念显然有进一步的发展。正德间，代王府潞城、和川郡王府下属的奉国将军朱聪濯等有违法行为。朝廷派钦差勘问，勘问结果上报皇帝，皇帝转发以刑部为首的多位官员进行讨论，提出相应的惩治建议。该建议经内阁票拟，送皇帝做最后的决定。正德皇帝对臣下的决定表示不满，要求内阁重新票拟，在惩治之外，要求将代府藩国内迁。时任内阁大学士的梁储上言，他指出代府事情，“刑部会多官覆奏，臣等谨拟一票封进”，认为如此处治，“已足示戒宗藩，亦在廷众论之公”，[97]所以不能轻易改动。与上述马文升说的一样，在梁储看来，在宗藩的司法中，程序和朝廷的公论应该得到尊重，对于这样的决定，皇帝不应该轻易加以否决。
而另一个涉及宗藩移地的案例也可以成为上述观察的佐证。嘉靖四年（1525），庆王台浤被废为庶人。与上述正德间代府的案例相反，这一次，因为庆王府的重要地理位置以及庆王所犯罪行的性质，很多大臣认为除了将庆王台浤降为庶人，庆王府有内迁的必要。而嘉靖皇帝却不以为然。时任内阁首辅的费宏以《请徙代庶人疏》为题，专门为此事上书皇帝。费宏认为内迁的决定，“揆之事体，稽诸国法，所引代王聪沐事例，最为亲切”。[98]“国法”在这里的内涵可能比较宽泛，但是，在宗藩的司法中，以执行“国法”为理由，似也说明当时朝臣司法理念上与明初的不同。这一时期，宗藩司法也是国法的一个部分，亦即，法在朝廷的观念已经比较明确。
嘉靖前期，宗藩司法中，“事例”或者“先例”仍然重要。比如上述费宏专门把庆庶人内迁的事情与弘治年间代府聪沐的案例进行比较。费宏认为庆庶人所犯罪行远比弘治时期的代王聪沐要严重，而聪沐当时就从大同被内迁到了山西内地。这样庆庶人的案例正可引弘治代王的事例，即“大同之迁山西与宁夏之迁陕西亦正相合”。[99]但是，这一时期，事例积存既多，朝臣在事例运用中体现的主动性已经比较明显。以“追封亲王”一事为例。亲王世子早逝，实未封王，而只是追封亲王，其子奏请加封时，嘉靖间起码有两个事例可以作为处理类似案例的依据。其一，弘治年间事例。根据这一事例，王世子次嫡、庶子授镇国将军，不许加封；其二，正德年间事例。根据这一事例，在同样的情况下，可以给予郡王的封号。这样，到嘉靖年间，但凡宗藩有类似奏请，朝臣中“欲塞其冒滥之求”，则引弘治年间之定例；“苟遂其朦胧之请”，就会引用正德事例。[100]
这种引用不同事例的状况，在很多官吏看来当然是个问题，所以之后有《宗藩条例》的编纂，对既存事例进行整理，以求司法上的统一。但是，也有官吏持不同看法。在他们看来，考察具体情况，引用不同的事例处理宗藩事宜，体现国家在宗藩司法中的主动性，“正以见国法之公耳”。所以在革爵庶人陈乞复爵这一事情上，宗室钟禄等有罪，得以故从末减，而宗室贵燮等，卒不可贷，正说明“……法在朝廷，未尝以亲废者”。[101]
与以上关于宗藩司法认识层面的理解相呼应，宗藩司法实践上也出现变化。明代中期以后，监察官员更多更主动地纠劾犯罪宗室人员，而在审理过程中，刑部等官员的介入也更为频繁。[102]嘉靖三十一年（1552）十月，荆府辅国将军朱厚与都昌王朱载塎有隙，夜率家人进入载塎府邸，将载塎捽缚，劫千余金而出，载塎“发狂，自焚其宫，投一子于井溺死”。抚按以闻，皇帝“诏下法司拟罪”。厚家人吴俸等各处斩、谪戍，厚夺俸禄一年。[103]同样，万历四十三年（1615）七月，河南巡按张至发参不法属宗镇国将军朱朝填报生诡匿、请名矫托等事，认为朝填大干宪彝，法应参降。朝廷也同样明令“命付法司”。[104]以上两个事例中，涉及宗藩的案件直接由法司审理并拟定罪名，虽仍经过皇帝的诏令，国家司法机关在宗藩司法中的作用却似乎更为直接，与以往法司在宗藩案件中主要承担勘案的作用似有不同。
如果说以上的记录仍见简略，那么张问达《抚楚疏稿》所记录的这一时期的宗藩司法实践则更为具体。张问达，字德允，陕西泾阳人，万历十一年（1583）进士。万历年间巡抚湖广，有《抚楚疏稿》成书。其中收录《三宗因赌纠党行劫疏》，又名《宗室纠党行劫招疏》，实际上是将一份由湖广按察司审理的包括宗室成员在内的判决书奏请处置。该案件中，楚府崇阳王府镇国中尉显木朔，又名友志，某夜府邸被劫，实为其未请封男橘洲和奉国中尉蕴鋬，又名景山，等人谋划，橘洲与江夏县民张香儿等联合所为。值得注意的是，张问达上疏中描述，案件审理过程中，友志、景山以及橘洲等均“散拘在官”；而在湖广按察司出具的判决书中，“问得”与“议得”部分均将奉国中尉景山、未请封宗室橘洲以及庶宗朱二包括在内。[105]尽管这三位宗室最后的处罚仍需题请皇帝，但是国家司法官员不仅直接审理宗室案件，而且拟定宗室罪名，与前述《鲁府招》的情形形成差别。这一时期，国家司法程序和司法官吏介入宗藩司法之深，由此可见。
总体来看，弘治以后，宗藩司法层面也出现变化，与立法层面发生的变化相呼应。在这一时期宗藩司法的实践中，不仅在程序上，国家官吏的介入更为明显，更重要的是，宗藩司法，法在朝廷，这样的观念似乎已经广为朝臣接受。《祖训》所规定的宗藩司法，即宗藩违法，由皇帝自理，司法官员被排斥在外的情况，已经有所改变。换言之，在明初设定的格局中，宗藩司法在国家整体司法体系之外，而这一时期，宗藩司法已经被认为属于国家司法体系的一个部分，与立法领域中发生的变化一样，在司法实践中，宗藩司法也在逐渐地被纳入国法的体系。