《元史本证》的体例
1.以《元史》纪、传、志、表互证
汪辉祖自序称“学识浅薄，衰病侵寻，不能博考群书，旁搜逸事，为之纠谬拾遗”，遂以《元史》纪、传、志、表互证，“或举先以明后，或引后以定前，无证见则弗与指摘，非本有则不及推详”。钱大昕序此书也指出“专以本史参证，不更旁引”的特点。汪辉祖征引钱大昕《廿二史考异》，“凡以《元史》本书互证，为鄙见所未及者，悉采案词分隶各卷”，而不及其他。除《廿二史考异》外，《元史本证》提及的其他著作只有两种，一为陶宗仪的《南村辍耕录》，另一为吴澄所撰的一篇墓志，列举如下：
《证名八·三公表一》：
泰定帝二年。
（右丞相）塔失帖木儿。塔失铁木儿（《泰定帝纪》四年后及《文宗纪》“帖”、“铁”互见）、答失铁木儿（《明宗纪》）、达识帖睦迩（《乌古孙良桢传》，详陶宗仪《辍耕录》）。
按《元史》没有为塔失帖木儿立传，陶宗仪《辍耕录》卷十三《刚介》则详细地转载了乌古孙良桢对塔失帖木儿的劾文共五百余字。
《证名十·李恒传》：
散术带（《武宗纪》至大二年）。《传》文未详，见吴澄所撰墓志。
按散木带是李恒之子，《元史》卷一二九《李恒传》对其只有12字的记载，而吴澄《吴文正集》卷八十五为散木带所撰的墓志铭，则长达2000多字。
汪辉祖参考了上述两种书籍，并不是用来考证，而是指引读者获取更多的人物资料。可见，汪辉祖是严格遵循本证法的体例。
2.存疑
对于考证中不能确切判断的问题，汪辉祖采取存疑方法，以示慎重，举例如下：
《证误一·世祖纪三》
（至元）五年七月，以右丞相塔察儿为御史大夫。 案中统四年元月以塔察儿为左丞相，《宰相表》同。此云“右丞相”，岂《表》失书抑《纪》误耶？《证误五·仁宗纪一》
卫王阿木哥。案《宗室》、《诸王表》、《顺宗纪》，俱作“魏王”，此与皇庆二年，延祐二年、三年、五年俱作“卫”，未审孰是。
3.提示考证详略之处
对于考证中遇到的同一个问题，汪辉祖采用此详彼略的考证方法，并予以指明，以备读者互参。例如：
《证遗十三·成遵传》
至正十七年，升中书左丞。 案《宰相表》，是年九月除中丞，详《证误》。
《证误九·地理志四》
云南诸路道肃政廉访司。 案《纪》在二年，详《证遗》。
4.征引《廿二史考异》
汪辉祖是用本证法穷考《元史》中有问题的条目，因此将《廿二史考异》中符合这一体例的条目，都引录下来。《元史本证·自序》讲明：“钱官詹《考异》最称精博，……凡以本书（按指《元史》）互证，为鄙见所未及者，悉采案词分隶各卷，不辞诮于窃取，幸免耻于攘善。”《本证》引录《廿二史考异》约97条，约占全书百分之三。汪辉祖引录《廿二史考异》，有全文转录，亦有摘录的，亦有概括其大意而以己意出之，有时直接引用《考异》作为案语，有时在引录原文前后，加上案语，作进一步考证。