《元史本证》的主要内容
《元史本证》：“区以三类：一曰《证误》，一事异词，同文叠见，较言得失，定所适从。其字书为刊写脱坏者，弗录焉。二曰《证遗》，散见滋多，宜书转略，拾其要义，补于当篇。其条目非史文故有者，弗录焉。三曰《证名》，译无定言，声多数变，辑以便览，藉可类求。其汉语之彼此讹舛者，弗录焉。”
一是证误，纠正文字的衍、脱、误、倒，指出《元史》人名、地名、年代、官名、机构名、史事等史实之误，指出编撰疏漏失书、重复记载、详略不当、一人两传、自相矛盾、不符史例、曲笔讳饰之处。
二是证遗。《证遗》部分共1015条，补充史实之遗漏。《证遗》篇首序文云：“本史之例，五行、地理、百官、诸王、宰相，《纪》琐悉书之，然事当详于《志》、《表》，不必复举所遗也。录其要者如左。”汪辉祖认为有关五行、地理、百官、诸王、宰相等相关内容，应当是记载于《志》、《表》内的，《纪》详载相关内容仍不免有所遗漏的，不必补充。所以，通观《证遗》全篇，补《本纪》只有2条，重点在补《志》、《表》、《传》之遗漏，其中以《纪》补充的超过一半，其余条目是《志》、《表》、《传》互补。
《证误》部分有不少条目，《元史》本身并无讹误，其实是汪辉祖所做的史实补充，也可以视为证遗，例如：
《证误五·泰定帝纪二》
八月，兀伯都剌、许师敬并以灾变饥欠乞解政柄。 案兀伯都剌为平章政事，许师敬为左臣，此失书官。
《证误九·河渠志一·淀山湖》：
范殿帅、朱、张辈必知其故。 案范殿帅名文虎，朱、张乃朱清、张瑄也。
前者仅具头衔，后者有姓无名，汪辉祖稍作补充，使之明晰。
三是证名。《证名》为《元史本证》最见功力处，亦为全书精华所在，主要是解决同人、同物异译的问题。汪辉祖父子熟读《元史》，共考出同人不同译名、一人二名（汉语姓名、蒙古语姓名）771个，同地不同译名98个，同官不同译名14个，蒙古、色目、汉人同氏族不同译名38个，同物不同译名8个。
《证名一·人》序云：“人名译无定字，今汇而录之：凡见于《后妃》、《宗室》、《诸王》、《公主》、《三公》、《宰相》各《表》及有专《传》者，皆以《表》、《传》为主；有《传》人子孙，亦以《传》为主；余皆以先见者为主，以事定人，以声求字，疑者阙焉。”
汪辉祖父子按照“以事定人，以声求字”的方法，考出大量同名异译者，《证名》部分共14卷，此部分就占11卷。《证名十三·地》98条中，来源自《纪》者75条，《志》9条，《传》14条。内容以地名为主，其次是河川名、海、山名。《证名十四·官》序云：“国语之官，字亦无定，然《纪》、《传》中人名火儿赤、火你赤者往往互书，而名官则别为二（见《兵志二》）。是亦难尽以声求之矣。故录其可知，而阙所疑焉。”本节所辑录异译之官衔仅得14个。《证名十四·氏族》序云：“《传》言某氏而《纪》称某部某军，乃部而族者，故并录之；止称某部而未见称氏，或部而不族也，皆附录于后。”由于蒙古人之部落及氏族极难严格区别，作者乃按照蒙古人、色目人及汉人而分别辑录同一氏族之不同译名。《证名十四·杂录》辑录异译之物名八个，如按答、乞列思等等。
《证名》部分为研读《元史》提供了很大便利。姚景安指出：“如将其与《三史同名录》中有关《元史》部分合在一起，那末，《元史》同名异译问题，大部分解决了。钱大昕的《考异》虽然也做了这方面的工作，但没有超出《本证》范围。汪辉祖在这方面的开创之功，是应充分肯定的，而且为我们今天进一步做这项工作，打下了良好的基础。”[26]