目前相关研究对跟踪审计的原则描述较多，分别从不同的高度、不同的角度加以抽象概括。例如：谁投资，谁审计；依法实施、客观公正、实事求是；审计要有及时性、有效性、指导性；全面审计，突出重点；审计结论要真实清楚、证据充分、定性准确；审计报告要对外保密；等等。
传统的审计方法有对比审计法、抽查审计法、重点审计法、经验审计法等。但对于跟踪审计，中国建设工程造价管理协会明文规定：“严禁采用抽样审查、重点审查、分析对比审查和经验审查的方法，避免审查疏漏现象发生。”[1]
