综合案例分析结论

根据以上综合案例分析可以得出以下结论：

（1）增值税销项税9%的部分，需向公司所在地主管税务机关扣除可抵扣的进项部分进行纳税申报。

（2）若不愿意缴纳9%的销项税，就需出具含税收入56%以上带17%的进项税额的票据（且符合相关法律可抵扣的规定）。

（3）若只愿意承担3%的增值税（跟以前营业税相比），需出具含税收入48%以上带17%的进项税额的票据（且符合相关法律可抵扣的规定）。

（4）向公司所在地缴纳的增值税额的多少，由进项可抵扣税额的多少决定。在缴纳增值税的同时还要缴纳地税的附加税，附加税的税率根据项目所在地的不同为增值税税额的6%～12%。