内部存在的问题
“上海合作组织除了外部威胁外，成员国还存在着不少需要解决的内部问题”。[115]对上合组织来说，“后危机世界带来的不仅仅是新的机遇和成员国对全面合作的渴望，还有新的风险、挑战与威胁”。[116]
（一）中俄对上合组织“定位”上的差异影响“双引擎”同速前行
中国视上合组织为扩大对外交往、发展对外合作的唯一可施影响的地区性国际组织，欲将其做强、做大。俄罗斯则将上合组织作为其主导的独联体等地区组织的补充手段，对其重视和投入远不及对其主导的独联体集体安全条约组织和欧亚经济共同体等组织。中国国内鲜有将上合组织打造成类似北约组织的声音。但俄罗斯“某些政界和学术界人士试图建立一个以‘上合’为代表的新‘东方华沙条约’，以抵制北约和‘帝国主义西方’”。[117]
（二）中俄商业竞争掣肘上合组织多边合作
在俄罗斯部分精英看来，目前，“俄罗斯在中亚已经遭到战略上的失败”，中国已将中亚国家置于其经济影响力之下，成了俄罗斯的主要竞争对手。土库曼斯坦的能源出口渠道已不再非俄罗斯莫属，俄罗斯失去了对其天然气的垄断地位。哈萨克斯坦在能源市场开始“排挤西方伙伴，也不迎合俄罗斯，却把好处让给中国”，从而“削弱了俄罗斯和西方的地位”。[118]2001—2010年，中国与中亚五国的贸易增长近20倍，而同期的俄罗斯与中亚五国贸易额仅增加3倍。中国对中亚的出口额增加近30倍，俄罗斯仅增加4.3倍。
（三）成员国诉求不全吻合影响上合组织深入合作
虽然成员国对上合组织的总体发展目标认知一致，但各方在具体合作中仍有不同的利益诉求。中俄对外政策取向鲜明，中亚成员国大多奉行大国平衡的外交政策。此外，“警惕俄罗斯‘帝国野心’和‘中国扩张’而整合在一起的中亚国家面临着心理压力”。[119]它们不愿就某些问题在中俄美间选边站队。
中国和俄罗斯对上合组织的主要任务考量不同，俄方主张政治和安全成分应高于经济，中方则认为经济也应成为上合的重点合作领域。基于不同考量，中方努力增加对上合组织联合经济项目的投入，俄方则热情不高。2007年以来，俄罗斯联邦经济发展和贸易部官员甚至建议“应限制上合组织框架内的经济活动”，因为，“目前上合组织占主导地位的是中国”。在莫斯科看来，俄中经贸合作可以通过双边形式进行，“俄罗斯与中亚的经济合作必须通过欧亚经济共同体等其他组织来进行，上合组织主要解决的是安全问题”。[120]
成员国间的能源利益也非完全一致，中俄、中国与中亚成员国以及俄罗斯与中亚的能源合作互补优势不能自然形成，资源国与消费国在能源价格上存在着客观的不同利益。截至2012年6月普京访华，俄中仍未能就对华出口天然气价格达成一致，双方企业间的马拉松式价格谈判影响了两国能源合作进程。中亚是俄罗斯的重要能源转口来源地，也是中国推进能源进口多元化战略的重要方向之一，两国对中亚油气及其他矿物资源都有较大需求，有限的资源使俄中在中亚客观上形成某种“零和”竞争态势。受内部分歧困扰，上合组织迄今未能建立一个实质性的地区能源组织。虽然普京早就提出建立上合组织能源俱乐部构想，但中方2011年在“上合”能源部长会议上提出的建立一个包括能源生产和消费国组成的开放式“能源俱乐部”方案，没有得到俄方的积极响应，也未能列入当年“上合”组织总理会议议题。
成员国在建立“上合”金融机构问题上的态度也不尽一致，中方从2007年就在推动建立上合开发银行，俄方却出于其他考量坚持先搞低水准的专门账户（上合组织发展基金），即便同意建立上合开发银行，也坚持要由欧亚经济共同体框架内现有的欧亚开发银行来承担这一职能。由于俄哈两国在该行占有绝对份额，实际上不过是拉“中国和乌兹别克斯坦加入欧亚开发银行而已”。[121]此设想遭到乌方的坚决反对，最后上合组织不得不同时设立开发银行和专门账户。
上合组织的隐忧还有短期内难以突破区域经济一体化合作瓶颈，上合组织的“区域经济一体化”和贸易及投资便利化蓝图与俄罗斯重整后苏一体化经济空间战略目标相抵。中国积极筹措资金促进上合组织多边和双边经济合作深化发展，俄罗斯则把精力和财力集中在推动关税同盟及独联体经济一体化进程上。虽然上合组织制定了近40份有关经济合作文件，但“大量计划未能得到充分落实，没有取得应有的效果”，而“上合组织的经济潜力与其落实之间还存在着显著的差距”。[122]由于成员国在中亚地区的能源和交通等经济领域的诉求不同，导致有关《上海合作组织成员国政府间国际道路运输便利化协定》（草案）及其附件的谈判历经近8年仍在商讨中。以致10年来真正意义上的上合多边经济合作项目不多，相当部分是成员国的双边和小多边经济项目算在了“上合组织篮子”里。
俄罗斯及中亚成员国对中国商品对其民族工业冲击的担忧并没完全消除，它们既担心中国商品和劳动力冲击本国市场，又舍不得放弃搭乘中国经济快车拉动本国经济发展的机遇，影响着其放开手脚全方位地深化对华经贸合作。为此，哈萨克斯坦总统纳扎尔巴耶夫坦言，“无论如何必须承认，经济合作仍然是上合组织工作的薄弱环节。数量众多的计划、项目未能全面落实”。而“上合组织的经济潜力与其实际开发之间依然存在着巨大落差，双边合作相对于多边合作仍占据主导地位。然而，只有大型联合项目才能真正实现上合组织经济空间一体化的目标”。[123]“由于俄罗斯政府的坚持，中国提议建立的上合组织框架内的自由贸易区不得不推迟到2020年，因为拆除贸易壁垒可能会导致较便宜的中国商品取代俄罗斯出口产品”。[124]
（四）成员国对扩员问题的不同考量或影响上合组织可持续发展
长久以来，扩员问题始终是上合组织所面临的最难突破的瓶颈。10多年来，上合组织一直以组织机构和法律文件未健全为由，没有吸收正式成员。然而，2010年上合组织扩员法律程序具备后，基于成员国还是各有考量，扩员仍是一个十分棘手的问题。俄罗斯积极主张扩员，其专家甚至建议，应大量扩员并吸收广泛的观察员国，将上合组织同西方机构融为一体。[125]中国官方及学者则持谨慎态度，认为仓促扩员会把一些矛盾引入上合组织，以致影响所有成员国的利益。尤其是在印度和巴基斯坦“转正”问题上，成员国立场各异，中方认为目前还不是吸收其加入上合组织的最佳时机，中亚成员国虽有借扩大新成员来平抑中国影响的考量，但又担心印巴成为正式成员可能削弱其在中亚的原有地位。