面临的外部挑战
美国等西方保守势力一直用有色眼镜看待上合组织。尤其是随着上合组织不断发展壮大，一些抱有冷战思维的西方政客更是将其视为“非西方的政治力量”，对上合组织的某些意志和行为无端猜忌、百般提防。
（一）西方保守势力难以改变对上合组织的偏见
首先，上合组织崇尚的核心价值观客观上对美国等西方国家的“集团思维”和强权政治构成巨大挑战。上合组织在国际关系中秉持的“互信、互利、平等、协作”新安全观以及建立尊重所有国家利益、不可分割的世界安全空间理念与美国等西方保守势力的冷战思维格格不入。上合组织所追求的构建多极和公平合理的新世界秩序与美国试图保持由其长期主导的原有世界秩序相悖。上合组织所坚持的应发挥联合国主导和协调作用的主张，更是与美国和北约在一些问题上绕开联合国单独行事背道而驰。2005年上合组织以声明形式要求美国确认其从中亚撤军时间表，更使西方人士更加确信上合组织并不是西方所需要的组织。上合组织呼吁国际社会应尊重各国的“国家主权和独立、政治和社会制度多样性”的主张很容易使人联想到美国和北约的军事干涉，客观上对西方价值观构成挑战。
其次，西方保守势力对上合组织的偏见短期内难以消除。过去的10多年，有关上合组织是“反北约”组织的报道经常出现在西方媒体平面和报端，一些对中俄有偏见的政客更是认为上合组织是两国携手打造的一个令人“看不透、捉摸不定”的“危险联盟”。巴黎东方语言和文化大学一位教授甚至把上合组织形容成“一个庞大而可怕的组织”。[126]尤其是随着一些“国际名声不好”的国家加入或表示要加入，更加剧了西方人士对上合组织的偏见。英国皇家国际问题研究所亚洲项目高级研究员凯利·布朗认为，上合组织对西方来说是个不易确定甚至引发疑虑的组织。因为它属于少有的几个没有美国参与并发挥作用的国际组织之一。[127]
2012年北京上合组织元首峰会后，西方一些媒体继续大肆渲染“上合”已与西方“分庭抗礼”，称上合组织不再是一个仅局限于解决边境争端的论坛，中俄“两驾马车”正推动该组织不断升级，推进世界多极化和对抗美欧的意图愈加明显。西方一些政治家们也认为，北京上合组织峰会宣言明确反对干涉叙利亚内政，反对在任何国家强行推动政权更迭，在伊朗核问题上力挺德黑兰，反对对伊朗动武，将阿富汗吸收为观察员国，支持其重建等一系列举措表明，中俄正加大力度对本地区国家施加影响，热衷于在本地区打造一个排斥美国的多边机制，甚至企图填补美国撤军后的阿富汗“真空”。西方特别是美国将不得不做好应对上合组织在政治经济和安全方面全方位挑战的准备。可见，美国及其西方保守势力难以根本改变对“上合”的偏见甚至敌意，给“上合”拓展更广阔的国际发展空间带来极大挑战。
（二）美国不断分化和离间上合组织
近年来，美国通过军事政治和经济等手段不断分化和离间上合组织。2005年5月，在乌兹别克斯坦因安集延流血事件被欧美实施制裁后，“吉尔吉斯斯坦和哈萨克斯坦成了美国在上合组织成员国内部的特殊伙伴，华盛顿对它们倾注了很大的注意力”。[128] 2006年6月，美国贸易和发展署避开中俄在伊斯坦布尔召开“电力跨边界”国际研讨会，推动中亚和南亚国家代表提出在阿富汗、巴基斯坦、哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦和土库曼斯坦实施新的大型能源合作项目，以加速落实“新丝绸之路”计划设想。为达到分化和瓦解上合组织目的，美国还采取各个击破的手段，“运用政治手术刀将其成员国分割开来对话”。[129]为拉住乌兹别克斯坦，奥巴马不断游说国会解除自2005年起对其的制裁，还拟将冻结对巴基斯坦8亿美元援助中的一部分转拨给塔什干，旨在既能实现在中国——中亚能源战略通道上打入楔子，也可拆解俄罗斯在中亚构筑战略“篱笆”的“一石二鸟”目的。2012年美国还推动北约首次邀请哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦和乌兹别克斯坦总统参加芝加哥北约峰会，旨在进一步促进中亚国家与北约的关系。可见，“俄中以及上合组织其他成员国面临着谨防西方挑拨导致上合组织解散的艰巨任务”。[130]
（三）独自应对美国撤军后的阿富汗“战后残局”
随着美国从阿富汗撤军、中亚反恐位置的前移，如何应对阿富汗不断恶化的安全形势已成为上合组织难以回避的又一严峻挑战。美国和北约摧毁不了塔利班势力，想尽快脱身、甩掉战争包袱，将打开的“潘多拉盒子”留给中国和俄罗斯及中亚国家，也无疑是投给上合组织的一块烫手“山芋”。美国及其北约部队历时10余年反恐未能改变阿富汗安全状况，阿富汗军警在其撤走后能否担此重任，不仅是对卡尔扎伊政府的考验，也是对上合组织能否收拾好美国和北约留下的“烂摊子”的现实挑战。
（四）其他地区和国际组织竞相争夺中亚成员国
冷战后，美、苏两大阵营格局虽被打破，但各种地缘政治力量在中亚的博弈却更加激烈。北约、欧盟、欧安组织以及独联体集体安全条约组织、欧亚经济共同体、亚洲安全信任会议、中亚四国、中亚和西亚国家经济合作组织、“突厥语国家”一体化、日本的“中亚5+1外长对话机制”和韩国的“韩—中亚合作论坛”等组织和机制相互交织，扮演着不同的地缘政治角色，导致中亚国家左顾右盼、应接不暇。哈萨克斯坦、乌兹别克斯坦、吉尔吉斯斯坦独立后不久即加入北约“和平伙伴关系计划”，2002年塔吉克斯坦也成为“和平伙伴关系计划”国。2007年以来，欧盟相继出台“欧盟对中亚新伙伴关系战略”和“2014—2020年欧盟对中亚新战略”，并通过“欧盟+中亚外长”会晤等机制不断向中亚渗透，全面介入中亚事务。2009年，美国和北约部分国家出资在哈萨克斯坦成立中亚反毒信息交流与协调中心，并于2012年初抛出“中亚禁毒倡议”，徐图建立“中亚缉毒部队”，使中亚反毒信息交流与协调中心成为美国绕开上合地区安全合作机制向中亚国家强力部门渗透的新渠道，使上合面临原有反恐、缉毒合作机制被分化和对冲的极大挑战。为达到分化和瓦解上合组织的目的，某些外部势力还积极推动“突厥语国家联盟”在中亚的影响，使中亚成员国的选择更加宽泛、外交取向更加灵活。
近年来，日本借“日本—中亚外长对话机制”，不拓展对哈萨克斯坦、乌兹别克斯坦、吉尔吉斯斯坦和塔吉克斯坦的各领域合作渠道，特别是试图借此平台推动与中亚的能源合作。鉴于中亚国家对“日本—中亚外长对话机制”热情渐高的实际情况，普京在2006年6月上合组织元首峰会后即提醒中亚国家，俄罗斯反对在上合组织区域内创建其他有类似职能的组织，反对在该地区复制和创建任何“封闭型的俱乐部”，制造屏障和分界线。[131]2012年5月，哈萨克斯坦、乌兹别克斯坦、吉尔吉斯斯坦和塔吉克斯坦四国总统虽然碍于普京面子，没有应邀出席芝加哥北约峰会，但四国还是分别派外长悉数与会，借机密切与美国和北约的关系。
俄罗斯也有将上合组织逐步纳入其地区战略轨道的考量。2012年，普京明确提出要制定统一经济法规，在后苏空间建立一个可容纳1.6亿—1.7亿人口的统一消费市场，确保区内资本、服务和劳动力自由流动。这无疑给上合组织计划在本地区实现成员国经济一体化的长远目标带来新的挑战。目前，普京推动的俄白哈关税同盟客观上已经使上合区域出现两种一体化贸易规则。由于除中国外上合组织其他成员国都是普京新一轮独联体一体化的主要成员国或对象国，其关税同盟无疑会使中国与中亚国家多边和双边经贸往来面临更高的关税壁垒，冲抵中国在制造业方面的优势，给中国与其他成员国经济合作“人为”设置障碍，也给上合组织深化多边经济合作带来更大挑战。自关税同盟正式运作以来，其对中国同中亚国家贸易往来造成的影响已经显现。2011年，乌兹别克斯坦从中国进口的货物一度因运输和通关等问题在中哈边境大量滞留，极大地影响了中国对给乌兹别克斯坦的正常贸易往来，而乌兹别克斯坦先前经哈萨克斯坦的进出口贸易环境也开始变得复杂起来。