从元朝到清朝的完全官方体系
最完善的组织机构建立于元朝到清朝。在这一时期里，不仅官职设置的齐全，并且多数的条例和法规在历史文件中有了详尽描绘。
官方系统在元朝就较完备了。最高行政单位是工部，尚书、侍郎、郎中、员外郎是根据过去的系统所设。但是派出的机构大大加强与扩大了。都水监（Tu Shui Chien）是地方最高权力机构。由两个都水监（Tu Shui Chian），一个都水少监（Tu Shui Shao Chian），两个都水监丞（Tu Shui Cheng）和一个经历（Ching Li），一个知事（Chi Shi）组成。后来，由于事务的繁多，又增补了许多新的官职，如少监（Sao Chien），前丞（Chien Cheng），司水（Chih Shih）和两个都水判官（Tu Shui Pan Kwan）来帮助处理事务。此外新设置了专管大城市水道的大都河道提举司（Ta Tu Ho Tao Ti Chu Shih），他们负责大城市的河工。负责官员称提举（Ti Chu），同提举（Tung Ti Chu）和一个副提举（Fu Ti Chu）。
除了这些特设的官员外，从工部里每年要派出一名大员视察所有的堤岸工作。沿河的府、县必须参与本地区的河工，并派一名官员从六月到八月参加检查。
河流卫士，名义上是很完善的组织了，但由于缺乏史料，他们的人数和详情就不太了解了。但在史料上可见河防卒（Ho Fang Chun）和河防夫（Ho Fang Fu）的名称（即河流卫士和民工）。
到明朝，这些机构稍有变化。工部由名为司（Ssu）的四个部门组成：营缮司（Ying Shan Ssu），负责建造；虞衡司（Yu Heng Ssu），负责度量衡器具；屯田司（Tun Tien Ssu），负责耕地；都水司（Tu Shui Ssu），负责水道和堤坝。每一部门由郎中（Lang Chung）掌管。他们的上司是尚书和侍郎。由于河工的重要性和复杂性，都水司（Tu Shui Ssu）又增加了三个郎中。
前机构都水监（Tu Shui Chien）被废除了。实际上河工由尚书亲自掌管。有时御史（Yu Shih）——省级检查官，也有此责。1542年，嘉靖帝时都御史（Tu Yu Shih）被授予新职位提督，（Ti Tu）管理河南、山东、直隶河道（Ho Tao），负责河工。1570年，军务也交给了他。七年之后，这官职又被废除了，设置了特别的河官，名为总理河漕兼提督军务（Tsung Li Ho Tsao Chien Ti Tu Chun Wu），掌管河道和军务。
除了这些官员外，管理地方的知府（Chih Fu），知县（Chih Hsian）和省级官员都有责任准备所有的河工工程。
河工的最下层是卫士。由民工，士兵和地方百姓组成。士兵负责种树，捕捉破坏堤坝的野兽，收集像秫秸一类的材料修补大堤。民工负有护堤和备料的任务，百姓协助他们工作。他们的总人数不详，每隔三里建一工棚，住30名民工，每人负责180尺的大堤。这就是明朝制度的概况了。
17世纪40年代，满族统治了中国，建立了清王朝。这一时期的历史文献留存很多，也比较完整了，我们有条件了解更多的情况。
清朝所有的河工仍掌握于工部之下，与明朝几乎相同。细小的差别在于多设了一个尚书和侍郎。他们均为一满、一汉。机构的设置则与明朝相同。一个重要的部门是都水丞理司（Tu Shui Ching Li Ssu），在这一部门设置了六个郎中（Lang Chung），六个员外郎（Yuan Wai Lang）和六个主事（Chu Shih）。在郎中和员外郎中只各有一名汉族人。而主事中有四名满族，二名汉族。他们掌管营造船只、建桥、水闸、河道和堤坝等等。
省级机构始1644年建于济宁（Tsining），主要官吏是总河（Tsung Ho），另外是称为县吏（Hsieh Li）的助手。1700年废除了县吏（Hsieh Li）。24年之后，又设置了副总河（Fu Tsung Ho）。后来任命了三个河道总督（Ho Tao Tsung Tu），一个掌管大运河，两个掌管黄河。可是，这在清末也被废除了。
东河河道总督（Tung Ho Ho Tao Tsung Tu）是黄河的总管。他手下掌握有三个道（Tao）。第一个是兖沂曹济道（Yen I Tsao Chi Tao），兖（Yen）州、益（li）州、曹（Tsao）州和济宁（Tsining）的首脑，设置在山东省黄河下游的地段。包括一个检查机关厅（Ting）和两个巡（Hsun）（观察所）。另一个是河北道（Tao）——河北省的首脑。他掌管黄河中部。下属包括三个厅（Ting），四个营（Ying）和九个巡（Hsun）。第三个是开归郑许道（Kai Kwai Cheng Hsu Tao），是开封、归德（Kwai te）、郑州、许昌的首脑，他掌管黄河的上段。他属下有四个厅（Ting），四个营和十五个巡（Hsun）。
河工的最下层是河防营。每营总人数为五百，另二百民工不计在内。五百人分为五哨（Shao），为前、后、左、右、中。每哨一百人，负责防卫六十七里的地段。在春、夏、秋河水上涨有可能泛滥时，他们包办了一切工作。而在冬天他们要进行军训，剿匪和保护百姓。这些护河人员的数字逐渐减少，到晚清时，一个营只有240人了。
除了上述机构外，省级官员和地方官员都有管河的责任，这和明朝相类似。
这一时期的河流管理机构可以称为第三期。组织已经很完善了，无论是朝廷或地方比较合理地设置了官员。一般的百姓，除非是在大泛滥发生且缺乏人力的情况下，否则是没有责任的。有时，河工需要征募百姓，并付一定的工资。这可视为中国河流管理史上的完全官方体制了。