入张之洞幕府的时间及奉旨进京召见
关于钱恂初入张之洞幕府的时间，旧说多与湖北自强学堂之设相关联。有学者认为：“1893年，湖北自强学堂成立，钱恂出任首任提调，直至1897年。”(5)另有研究指出：“（自强学堂）最初总办是蔡锡勇，提调是钱恂……自蔡氏于廿三年（1897）逝世后，由张斯栒接任，后来废总办，由提调钱恂负责，廿四年（1898）钱恂带学生赴日留学，提调由汪凤瀛代理。”(6)按，自强学堂初设于光绪十九年（1893）十月。而《履历档》显示，自光绪十五年（1889）起，钱恂相继随薛福成、许景澄、龚照瑗出使欧洲，回国赴江南办事，则已在二十一年（1895）后。是年闰五月二十七日（7月19日），署理两江总督张之洞奏调钱恂回华的奏片，亦可证实这一点：
再，江南交涉事务最为殷繁，营务筹防亦难懈弛，兼营分应在在需才。查有分省补用知府钱恂，学精才敏，洋务博通，尤能研究中外商务，历经出使德国大臣许景澄、出使英国大臣龚照瑗调充参赞，既经臣电商龚照瑗咨令回华。……以上各员，皆为洋务、防务有用之才。合无仰恳天恩俯准将钱恂、朱滋泽、刘祖桂、联豫四员准臣调来江南差委，以资臂助，实于时局大有裨益。(7)
复按《郑孝胥日记》同年六月初一日（1895年7月22日）条：“钱恂念瞿（劬）新入署，自法国调来者，颇究铁路。”(8)则钱恂入两江督署，已在当年夏间。钱恂在张之洞幕府的第一份差使是“自强军洋操提调”(9)。第二年，张之洞回湖广总督本任，又奏调鄂差委，“历充洋务文案及武备、自强两学堂及护军营、洋务、枪炮局各提调”(10)。值得一提的是，钱恂在江南自强军、湖北武备学堂提调任上，与德籍军官来春石泰（Albin Freiherr Reitzenstein，1852—1927）、法勒根汉（General Eerich Von Falkenkayn，1861—1922）均相处不睦。光绪二十一年（1895）与姚锡光有言：“制府（指张之洞）先颇信来春石泰，现已知其为人不可靠。君言甚是，与我见正同。”(11)越年，致信汪康年谓：“弟办武备学堂已七个月，未得丝毫益处，未取丝毫钱文，见恶于洋人，见慢于学生，而坚守不去者，为此数千年中国兵权之不肯暗移于外人耳。何其妄！”(12)因权力纷争，与德国教习矛盾激化，最终去职。无论如何，钱恂在张之洞幕下任事多年，贡献不菲，仍被后人视为推动湖北地方建设的“重要洋务干部”(13)。他的经验能力确为幕主所器重，张之洞欣赏其“能言能行，切于实用”，赞许为讲求洋务之出色人才，先后两次向朝廷保举。第一次是在甲午战后，清廷下诏破格求才，张之洞上《保荐人才折》言：
奏调湖北差委分省补用知府钱恂学识淹雅，才思精详，平日讲求洋务，于商务考究甚深，嗣两次经出使大臣奏带出洋，经历俄、法、德、英诸国，并此外各国亦经该员自往游历，于外洋政事、学术确能考索要领，贯澈源流，期于有裨实用，不仅传说皮毛，以炫异闻，臣所见今日通晓洋务之员，其密实知要，未有能过之者。凡委办一事，必能澄心渺虑，审度时势，裁断敏速，能言能行，实为切于实用之长才。(14)
钱恂因此获军机处记名。第二次是在戊戌变法期间，张之洞上《保荐使才折》，同折保荐钱恂、陈宝琛、黄遵宪、傅云龙、郑孝胥五人，其中对钱恂办“洋务”的能力评价极高：
该员中学淹通，西学切实，识力既臻坚卓，才智尤为开敏。历充欧洲各国出使大臣随员、参赞，于俄、德、英、法、奥、荷、义、瑞、埃及、土耳其各国俱经游历，博访深思，凡政治、律例、学校、兵制、工商、铁路靡不研究精详，晓其利弊，不同口耳游谈，洵为今日讲求洋务最为出色有用之才。(15)
本年（1894）六月十四日，奉电旨：“来京预备召见。”七月间北上，至迟二十三日前已抵京，(16)宿于孙公园兴胜寺。二十八日（9月13日），被光绪帝召见，奉旨“以出使大臣记名”。当时在华的宗方小太郎（1864—1923），敏锐把握到钱恂入京的动态，向国内报告：
作为张之洞部下“第一手腕家”，也可以说是张之洞的顾问官兼秘书官的钱恂，具备候补知府资格，现为武备学堂提调。此际张之洞以该氏曾有驻德国使馆参赞经历，故以经济特科（不确）保奏。……钱恂已于上月二十二日上京，待考验合格后，应仍为张之洞所聘用。(17)
钱恂入都之际，正值戊戌变法高潮时期，他在京师充当了张之洞的耳目，甚至在一些政治敏感问题上也发挥了作用。在此时期袁世凯奉召抵京，有意荐张之洞入赞军机，钱恂将此消息汇报后，张以当时政局叵测，不敢妄动，电嘱：“袁如拟请召不才入京，务望力阻之。”(18)茅海建先生近期披露的张之洞未刊函稿显示，张之洞“欲通过钱恂此行与荣禄建立特殊关系，并与王文韶加强联络”，当时致王文韶信稿中，对钱恂予以大力推介：
分省补用知府钱守恂，此次奉旨入都预备赐对。该守才识坚卓，昔年叠随使节出洋，通达泰西各国风俗政事，而于今日中国新政，尤能贯通中西，新知其意。在鄂派办学堂、练军以及洋务各要件，均称得力。因遵保荐使才，列入剡章。此次到京晋谒时，尚祈俯赐训诲，俾得直以遵循，无任铭感。俄省近日一切情形，并嘱该守面陈，询之可知详悉。(19)
直到八月初旬，钱恂与张之洞一直保持电报往来，报告京中密情。但不久，因父亲钱振常在苏州去世，钱恂不得不离开北京，南下奔丧。(20)在苏期间致信汪康年，有谓：“弟意在五月以来百日中谕旨及要紧章奏，属日本人编成一书，名曰《支那百日兴盛记》。自八月以后又编一书，名曰《支那衰亡记》。又康案颇有在弟胸中者，亦欲乘此一编，备他日史料。书成，寄日本一刊，此必传之作，兄以为何如？能稍稍助我否？”(21)钱恂有意记录下亲历的百日维新，以存史料，起初计划由自己撰作初稿，再让张元济和汪康年参订，然最终未见下文。至翌年（1899）二月，钱恂即奉张之洞之命，接替张斯栒，成为第二任湖北省“游学日本学生监督”。(22)