复出非由李鸿章主动奏请
张佩纶娶李鸿章爱女后，一直住天津直隶总督行署。至甲午战争爆发，遭人弹劾，清廷有旨：“革员张佩纶获咎甚重，乃于发遣释回后，又在李鸿章署中，干预公事，屡招物议，实属不安本分。着李鸿章即行驱令回籍，毋许逗留。”(5)随后，他并未回祖籍直隶丰润，而是偕妻子南下，定居金陵，在那里度过了晚年的岁月。辛丑年（1901）入京随办和约事宜，应该是他生命最后几年当中唯一一次复出。陈宝琛（1848—1935）为其撰墓志铭，曾经述及此节：
君生长吴越，爱南中山水，卜居金陵，筑屋著书，不与世人接。顾忧伤君国，往往中夜起立，或被酒泣下，寝以成疾。拳匪祸起，闻外兵犯阙，遽咯血升许。然独累电趣文忠勤王，为画和戎之策，日数千言。刘忠诚亦常使人就决疑事。上在西安念及君，称其心术端正，命以编修入都，随文忠治和约。(6)
张佩纶举家移居金陵后，与李鸿章暌违多年，但仍时有书函往来，互通声息。(7)陈夔龙（1857—1948）尝谓“学士自军台释回，一至北洋，旋作金陵寓公。饱经忧患，绝口不谈时事”(8)。“饱经忧患”，诚为实情；“绝口不谈时事”，则不尽然。庚子义和团事起，张佩纶对朝政时局不仅保持着关注，且有所建言。关于张佩纶北上契机的发端，今存在相异的说法。据上引陈宝琛的记述，乃先有“上在西安念及君”，继而“命以入都”，随同李鸿章办理和谈。《清史稿·张佩纶传》则说张佩纶之复出，系由李鸿章率先主动奏荐，即所谓“庚子议和，鸿章荐其谙交涉，诏以编修佐办和约”(9)。后来的相关史著，似多数沿用后说，并续有发挥，如谓李鸿章对张佩纶之建议“一一采纳，据以电奏朝廷，保荐张佩纶熟于交涉，可以充任他的随员”云云。(10)那么，事实究竟如何？
查清宫电寄档，光绪二十六年十二月二十日（1901年2月8日），西安行在军机处寄有电旨：
张佩纶虽经获咎，其心术尚属端正，办理交涉事宜是否熟谙？当此用人之际，着李鸿章据实具奏。钦此。(11)
按此电旨先发上海，由中国电报局总办盛宣怀（1844—1916）转寄北京，交议和全权大臣李鸿章。盛宣怀在转发电内并有附言：“闻出自慈意，因无人用，自可乘机切实奏保。”(12)
李鸿章接旨后，于十二月二十二日（2月10日）致电西安军机处：
奉号电旨谨悉。张佩纶前在闽省以船政木船当法国铁甲快船，宜其败绩。嗣在天津并未参谋戎幕，言者妄加诬陷，其获咎实有可原。谕旨称其心术尚属端正，仰见知人之明。臣以至戚未便保荐，今蒙垂询，该员曾在总署行走，交涉事宜，尚肯究心。现年逾五旬，阅历深稳，意气已平。若及时起用，不致蹈书生迂腐之习，或于时局稍有俾助。请代奏。李鸿章。养。(13)
复核目前可见此前李鸿章致西安行在相关电、奏各件，均未见有言及张佩纶者，再结合盛宣怀转电之附语，及李鸿章复电内“今蒙垂询”数语，基本可以判定李鸿章之奏请“及时起用”张佩纶，系属对于清廷旨询的一种顺应策略。按，光绪二十六、二十七年之交，列强单方面拟定《议和大纲》十二款，并就“重治首祸”一节向清政府施加极大压力。(14)值此西安、京师两地函电交驰、疲于应付之际，消息灵通的盛宣怀透露和谈“无人用”的窘境，确为实情，而起用张佩纶系“出自慈意”，恰与陈宝琛所说“上在西安念及君”相合，这里的“上”，应指掌握实权的慈禧太后。当时身为议和全权大臣、处在对外交涉第一线的李鸿章，对于干才兼爱婿的张佩纶重获起用、襄助和谈，当然是求之不得。
清廷准其所奏，十二月二十三日（2月11日），发下上谕：
张佩纶着赏给翰林院编修，随同李鸿章办理交涉事宜。钦此。(15)